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[交流]
【求助】各位高手膜的尺寸是怎樣估算出來的？？(已解決) 已有2人參與
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各位高手膜的尺寸是怎樣估算出來的？？先謝了�，F(xiàn)在人在外面，可老想著這個(gè)事 vmd user guide 也看不起來。 我產(chǎn)生膜的程序： package require membrane membrane -1 -x 30 -y 40 -o mem 可我不知道這個(gè)30 40 是怎么得到的？？ 怎樣根據(jù)我上一步產(chǎn)生的psf pdb估測(cè)出膜的尺寸？？ [ Last edited by nufang19a on 2011-2-26 at 01:55 ] |
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9樓2011-02-25 16:12:54
wally8962
木蟲 (著名寫手)
- 應(yīng)助: 9 (幼兒園)
- 金幣: 5366.7
- 紅花: 2
- 帖子: 1062
- 在線: 471.1小時(shí)
- 蟲號(hào): 600024
- 注冊(cè): 2008-09-12
- 性別: GG
- 專業(yè): 生物力學(xué)
2樓2011-02-23 14:44:28
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在vmd user guide中解釋measure： minmax selection: Returns two vectors, the rst containing the minimum x, y, and z coor- dinates of all atoms in selection, and the second containing the corresponding maxima. 那么我使用vmd先加載沒有加水的aqp1.psf aqp1.pdb 然后set sel [atomselect top all] measure minmix $sel 會(huì)得到【-38.243 17.022 16.185】【38.243 93.509 70.221】 有經(jīng)驗(yàn)者說產(chǎn)生的膜矩形的邊長(zhǎng)應(yīng)比蛋白質(zhì)xy方向的最大尺寸大30-40埃的正方形。那么38.243 93.509是不是xy方向的最大尺寸呢？？ |
3樓2011-02-25 09:36:08
4樓2011-02-25 09:37:32
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