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yxcai鐵桿木蟲 (著名寫手)
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[交流]
求助】vasp計算速度問題----相同CPU 已有8人參與
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在我自己服務(wù)器上的每一電子步時間如下： POTLOK: VPU time 10.08: CPU time 58.46 SETDIJ: VPU time 5.17: CPU time 33.22 EDDIAG: VPU time 63.87: CPU time 74.08 RMM-DIIS: VPU time 101.21: CPU time 107.23 ORTHCH: VPU time 19.62: CPU time 19.45 DOS : VPU time 0.00: CPU time 0.00 CHARGE: VPU time 32.30: CPU time 31.97 MIXING: VPU time 0.24: CPU time 0.24 ------------------------------------------ LOOP: VPU time 232.98: CPU time 325.22 在別人集群上的每一電子步時間如下： POTLOK: VPU time 1.79: CPU time 1.79 SETDIJ: VPU time 0.95: CPU time 0.96 EDDIAG: VPU time 24.09: CPU time 24.11 RMM-DIIS: VPU time 28.17: CPU time 28.20 ORTHCH: VPU time 4.98: CPU time 4.98 DOS : VPU time 0.00: CPU time 0.00 CHARGE: VPU time 7.95: CPU time 7.95 MIXING: VPU time 0.10: CPU time 0.10 ------------------------------------------ LOOP: VPU time 68.04: CPU time 68.09 CPU都是至強5520， 都是2U 8核，內(nèi)存都是16G，體系150個原子左右，為什么我的時間這么長？速度差至少一倍。 尤其是： EDDIAG: VPU time 63.87: CPU time 74.08 RMM-DIIS: VPU time 101.21: CPU time 107.23 都用的是intel數(shù)學(xué)庫。計算速度到底由什么決定的？為何差異如此巨大？ [ Last edited by yxcai on 2011-2-23 at 20:47 ] |
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2樓2011-02-23 21:24:41
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3樓2011-02-24 11:08:48
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5樓2011-02-24 11:44:25
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下面是集群上使用的MKL和編譯器 source /opt/intel/Compiler/11.0/081/bin/iccvars.sh intel64 source /opt/intel/Compiler/11.0/081/bin/ifortvars.sh intel64 source /opt/intel/mpi-rt/3.2.1/bin64/mpivars.sh source /opt/intel/mkl/10.1.2.024/tools/environment/mklvarsem64t.sh export I_MPI_DEVICE=ssm 我的電腦上也是，而且我使用過MPICH也換過OPENMPI，影響很小。 |
6樓2011-02-24 11:56:33
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7樓2011-02-24 12:13:46
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youzhizhe: 謝謝指導(dǎo)。 2011-02-24 19:54:03
zzy870720z(金幣+1): 謝謝總結(jié)，設(shè)個網(wǎng)絡(luò)回環(huán)試試，小木蟲上有，搜一下 2011-02-24 21:49:04
youzhizhe: 謝謝指導(dǎo)。 2011-02-24 19:54:03
zzy870720z(金幣+1): 謝謝總結(jié)，設(shè)個網(wǎng)絡(luò)回環(huán)試試，小木蟲上有，搜一下 2011-02-24 21:49:04
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基本上找出原因了，是因為MPI的問題，現(xiàn)在換成Intel MPI 后，速度大幅度提升，感覺應(yīng)該提升100%。 但Intel MPI 是收費的，適用時間只有30天，不過先使用著，畢竟節(jié)省一倍時間。 另外一個問題，由于使用RHEL6.0， 計算時必須將網(wǎng)線連接上，不知道大家有沒有解決辦法。Intel MPI和MPICH都要連接網(wǎng)線，OpenMPI則不需要。 |
8樓2011-02-24 18:05:39
pro_junjie
禁蟲 (正式寫手)
★ ★ ★
小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖交流
youzhizhe(金幣+2): 謝謝交流。 2011-02-24 19:53:34
小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖交流
youzhizhe(金幣+2): 謝謝交流。 2011-02-24 19:53:34
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本帖內(nèi)容被屏蔽 |
9樓2011-02-24 19:00:44
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10樓2011-02-24 19:36:51
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