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vanewan

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[交流] 【求助/交流】DNA提取方法（用于PCR-DGGE）

我是環(huán)境專(zhuān)業(yè)的，課題做到這里導(dǎo)師要我用PCR-DGGE生物技術(shù)來(lái)做菌群分析。
我的反應(yīng)器是陶粒反應(yīng)器，具體的就是在陶粒上負(fù)載吸附了能處理特定污染物的菌體,導(dǎo)師讓我每個(gè)實(shí)驗(yàn)階段都取樣去做優(yōu)勢(shì)菌群分析。
請(qǐng)問(wèn)各位大蝦我這個(gè)情況，要提取菌的DNA要用怎樣的方法？還有陶粒上的微生物怎樣才能全部洗脫下來(lái)做菌群分析？
在生物方面我只知道皮毛，勞請(qǐng)各位生物方面做過(guò)這方面研究的同仁們了！

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1樓 2011-02-24 17:20:57

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vanewan

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Originally posted by 在雨中 at 2011-02-27 13:43:45:
DGGE就是聚丙烯酰胺凝膠電泳的簡(jiǎn)稱(chēng)嘛。我沒(méi)有聽(tīng)說(shuō)過(guò)還有“變性瓊脂糖凝膠”這個(gè)種DGGE膠。。

DGGE方法有其限制，所使用的PCR產(chǎn)物，帶GC夾，長(zhǎng)度只有小于500bp的PCR產(chǎn)物才能得到最后的分離。所以這么短的PCR產(chǎn) ...

謝謝，接著請(qǐng)問(wèn)，我用超聲波破碎法使陶粒上的微生物洗脫下來(lái)，對(duì)后續(xù)做電泳有沒(méi)有影響？對(duì)DNA片段有沒(méi)有影響？

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9樓2011-02-27 17:01:51

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glidingwater

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amisking(金幣+2): 鼓勵(lì)發(fā)帖交流。 2011-02-24 19:48:07
vanewan(金幣+10): 2011-02-26 18:11:40

使用試劑盒提取總DNA,然后進(jìn)行PCR，就是做個(gè)16s rRNA基因高可變片段的擴(kuò)增，每種菌雖具有相同長(zhǎng)度但具有堿基不同組合的片段，然后進(jìn)行DGGE，得到條帶的多樣性，就是菌群的多樣性了。
條帶粗細(xì)的變化反應(yīng)著優(yōu)勢(shì)菌群的變化

[ Last edited by glidingwater on 2011-2-24 at 19:09 ]

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2樓2011-02-24 18:46:41

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Originally posted by glidingwater at 2011-02-24 18:46:41:
使用試劑盒提取總DNA,然后進(jìn)行PCR，就是做個(gè)16s rRNA基因高可變片段的擴(kuò)增，每種菌雖具有相同長(zhǎng)度但具有堿基不同組合的片段，然后進(jìn)行DGGE，得到條帶的多樣性，就是菌群的多樣性了。
條帶粗細(xì)的變化反應(yīng)著優(yōu)勢(shì)菌 ...

謝謝你的回答，再問(wèn)下做RNA和DNA擴(kuò)增有什么區(qū)別，哪個(gè)更好或者更簡(jiǎn)便？
有必要做GC夾板嗎？

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3樓2011-02-25 10:05:45

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vanewan(金幣+3): 2011-02-26 18:11:30

RNA目前似乎是難以擴(kuò)增的
若要增加其量，還需反轉(zhuǎn)錄為DNA進(jìn)行擴(kuò)增的
引物有必要加上GC-clamp。

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4樓2011-02-25 22:14:42

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