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[交流]
【求助】Alignment of Membrane and Protein選擇中心的問題(已解決) 已有3人參與
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四聚體蛋白加了水盒子，也去刪掉了badwater，POPE也建好了。下面： 第一步：Alignment of Membrane and Protein 我這個蛋白(1YMG)結晶體是單體，通過Substitution Matrix構建成的四聚體，現在這一步有個問題： 通過查詢文獻只知道了單體的中心（NPA），而四聚體的中心查不到，在膜教程第24頁發(fā)現： ①set vest [atomselect $kcsamol "protein and resid 97 to 106"] 在這個命令中，我是否可以直接寫“protein”？？ ②還有就是為什么在這里$kcsa move [transxis z -25]非要旋轉25°嗎？？ ③是否蛋白在鑲嵌到膜中時有一定的規(guī)則，比如必須是卡在某幾個疏水氨基酸上？？ 第二步：Combination of Membrane and Protein ④和第一步銜接時，這一步有沒有需要提醒的。 [ Last edited by nufang19a on 2011-3-3 at 19:32 ] |
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通過搜索發(fā)現了bay_golf618的兩個與膜蛋白的帖子 http://www.mdbbs.org/viewthread. ... mp;highlight=%C4%A4 這個還有腳本 http://www.mdbbs.org/thread-20604-1-1.html 現在都不知道，到底是跟著bay_golf618寫的走還是跟著教程走，因為他寫的都很有說服力，我這菜鳥，暈啊。 其實第一步：Alignment of Membrane and Protein第二步：Combination of Membrane and Protein完全可以參照bay_golf618的http://www.mdbbs.org/viewthread. ... mp;highlight=%C4%A4 這個帖子做完 [ Last edited by nufang19a on 2011-3-2 at 11:57 ] |
2樓2011-03-02 11:41:24
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weishenme
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這篇文獻或許對你有點幫助，雖然其中的方法你用不上。 Setting up and running molecular dynamics simulations of membrane proteins http://dx.doi.org/10.1016/j.ymeth.2006.08.006 |
5樓2011-03-03 09:00:25
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9樓2011-10-13 17:00:54
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