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[交流]
【求助】Alignment of Membrane and Protein選擇中心的問題(已解決) 已有3人參與
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四聚體蛋白加了水盒子，也去刪掉了badwater，POPE也建好了。下面： 第一步：Alignment of Membrane and Protein 我這個蛋白(1YMG)結(jié)晶體是單體，通過Substitution Matrix構(gòu)建成的四聚體，現(xiàn)在這一步有個問題： 通過查詢文獻(xiàn)只知道了單體的中心（NPA），而四聚體的中心查不到，在膜教程第24頁發(fā)現(xiàn)： ①set vest [atomselect $kcsamol "protein and resid 97 to 106"] 在這個命令中，我是否可以直接寫“protein”？？ ②還有就是為什么在這里$kcsa move [transxis z -25]非要旋轉(zhuǎn)25°嗎？？ ③是否蛋白在鑲嵌到膜中時有一定的規(guī)則，比如必須是卡在某幾個疏水氨基酸上？？ 第二步：Combination of Membrane and Protein ④和第一步銜接時，這一步有沒有需要提醒的。 [ Last edited by nufang19a on 2011-3-3 at 19:32 ] |
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- 專業(yè): 熱力學(xué)
9樓2011-10-13 17:00:54
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通過搜索發(fā)現(xiàn)了bay_golf618的兩個與膜蛋白的帖子 http://www.mdbbs.org/viewthread. ... mp;highlight=%C4%A4 這個還有腳本 http://www.mdbbs.org/thread-20604-1-1.html 現(xiàn)在都不知道，到底是跟著bay_golf618寫的走還是跟著教程走，因為他寫的都很有說服力，我這菜鳥，暈啊。 其實第一步：Alignment of Membrane and Protein第二步：Combination of Membrane and Protein完全可以參照bay_golf618的http://www.mdbbs.org/viewthread. ... mp;highlight=%C4%A4 這個帖子做完 [ Last edited by nufang19a on 2011-3-2 at 11:57 ] |
2樓2011-03-02 11:41:24
3樓2011-03-02 12:01:23
4樓2011-03-02 16:52:43
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