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zhangyu08

銅蟲 (小有名氣)

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[交流] 【求助】請大家?guī)兔纯催@篇文獻(xiàn)的環(huán)氧樹脂的模型是怎么建的？

我根據(jù)附件中（http://good.gd/1031395.htm或者直接從學(xué)術(shù)期刊網(wǎng)上下題目：環(huán)氧樹脂的分子模擬研究）的文獻(xiàn)來建交聯(lián)的環(huán)氧樹脂模型，先把文獻(xiàn)29頁的步驟貼下面啊，方便大家討論。
步驟一:基于一個原子一個原子的方式建立DGEBA和IPD的小分子單體的二維活性結(jié)構(gòu)模型。分別對這兩個模型進(jìn)行能量優(yōu)化以獲得合理的三維結(jié)構(gòu)。并用QEq方法[31]分配原子的局部電荷。移除末端官能基團(tuán)上的活性氫，剩下含有碳或氮反應(yīng)位點(diǎn)的分子片段（下稱作反應(yīng)性分子片段）用于下一步。“原始的”、“活性的”
和“反應(yīng)性”官能基團(tuán)的模型化如圖2.7所示。
步驟二:將16個“反應(yīng)性”的DGEBA分子片段和8個反應(yīng)性的IPD分子片段放入預(yù)先定義好的三維盒子內(nèi)（選定的盒子尺寸對應(yīng)的密度值為1.131 g/cm3）。所用
的方法是Theodorou和Suter[2]提出的“隨機(jī)自避行走”方法，這個算法在Cerius2分子模擬軟件的Amorphous Builder模塊中執(zhí)行。為了排除邊界效應(yīng)和使得模型更
“實(shí)際”，在立方元胞盒子上強(qiáng)加了周期邊界條件。產(chǎn)生的模型系統(tǒng)用來代表樹脂
組分和固化劑組分在化學(xué)計(jì)量比1:1（官能團(tuán)的數(shù)目比）下初始的物理熔融混物。
本來想把圖片也貼上來的，但是不知道怎么弄？復(fù)制粘貼不好使。

步驟一中的原子模型我都建完了，其中移除末端官能團(tuán)上的活性氫，我的理解是指把氫刪掉，但是我刪完了之后用amorphous cell 建步驟二的三維盒子時(shí)，失敗，提示原因是：力場不對。文獻(xiàn)中作者用的力場是dreiding,版本是MS4.0；我用的是版本MS4.3，力場compass.（我使用的軟件amorphous cell 模塊沒有dreiding這個力場）
不知道是我對文獻(xiàn)的理解不對還是哪操作錯誤了，請各位牛人幫忙指導(dǎo)一下，謝謝。

[ Last edited by zhangyu08 on 2011-3-8 at 16:48 ]

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1樓 2011-03-08 16:43:27

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zhangyu08

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引用回帖:

Originally posted by xdr at 2011-03-08 20:21:55:
作者用的不是ms吧？

是，論文的第三章就是用MS模擬的，分子模型是用的第二章的方法，我查了作者發(fā)表的英文文獻(xiàn)也是用MS做的。這一點(diǎn)我可以肯定。

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回復(fù)此樓

3樓2011-03-09 15:46:18

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xdr

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★
zhangyu08(金幣+1):謝謝參與
zhangyu08(金幣+1): 2011-03-09 15:44:31
zhangyu08(金幣+1): 2011-04-11 13:54:45

引用回帖:

Originally posted by zhangyu08 at 2011-03-08 16:43:27:
我根據(jù)附件中（http://good.gd/1031395.htm或者直接從學(xué)術(shù)期刊網(wǎng)上下題目：環(huán)氧樹脂的分子模擬研究）的文獻(xiàn)來建交聯(lián)的環(huán)氧樹脂模型，先把文獻(xiàn)29頁的步驟貼下面啊，方便大家討論。
步驟一:基于一個原子 ...

作者用的不是ms吧？

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2樓2011-03-08 20:21:55

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hanpeng972

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★
zhangyu08(金幣+1):謝謝參與

這個過程我是不是可以用到呢~~現(xiàn)在找文獻(xiàn)都不會找啊新手

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7樓2011-04-13 20:58:17

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引用回帖:

Originally posted by xiaoyue1610 at 2011-04-13 20:41:23:
祝君好運(yùn)

文獻(xiàn)有很多，大多是外文的

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8樓2011-04-16 08:42:35

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