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sobereva至尊木蟲 (著名寫手)
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[交流]
【原創(chuàng)】Multiwfn 2.0 正式發(fā)布 已有30人參與
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因?yàn)檫@個(gè)版本比較重要，所以醞釀了很長時(shí)間才發(fā)布。新版本已可以在Multiwfn的網(wǎng)站 http://multiwfn.codeplex.com 下載。 2.0相對于上個(gè)版本(1.5)有如下改進(jìn)和改動(dòng)。 *完全重寫了程序手冊，且為了方便國外用戶，手冊已完全改為英文。 *加入了Fermi穴/Fermi相關(guān)因子函數(shù)（限單行列式波函數(shù)），參考點(diǎn)通過settings.ini里的refx/refy/refz設(shè)置。 *在讀取.fch文件時(shí)不僅占據(jù)軌道被讀取，空軌道也被讀取，因此可以繪制空軌道圖形。 *新支持Gaussian09 B.01開始引入的AIM Extended Wavefunction Files(.wfx)格式，支持Additional Electron Density Function(EDF)以描述ECP計(jì)算的內(nèi)層電子密度，注意所有內(nèi)層電子密度函數(shù)必須寫在同一個(gè)EDF段落中，且只支持s型擬合函數(shù)。 *輸入文件名時(shí)只需直接輸入字母o就可以讀取上次輸入的文件，免得分析同一個(gè)分子時(shí)每次都要輸入路徑。 *在功能7里面新加入Mulliken布居和Lowdin布居，可以獲得每個(gè)基函數(shù)、殼層的布居數(shù)，也可以獲得每個(gè)分子軌道對原子、基函數(shù)布居數(shù)的貢獻(xiàn)。加入了Ros & Schuit(亦稱SCPA)、Stout & Politzer、Bickelhaupt分別提出的三種修改的Mulliken布居方法(MMPA)。這些方法必須以.fch作為輸入。另外還增加了Becke空間劃分的布居方法。 *新增主功能8用于軌道成分分析，可以分析每個(gè)基函數(shù)、殼層、原子的貢獻(xiàn)�？梢宰远x片段以獲取片段對軌道的貢獻(xiàn)，還可以獲得每個(gè)軌道中兩個(gè)片段之間交叉項(xiàng)的成分。這些功能必須以.fch作為輸入，允許用球諧型高斯函數(shù)，但需要同時(shí)讀取用了iop(3/33=1)的Gaussian輸出文件。主功能8也包含通過Hirshfeld方法計(jì)算軌道中各個(gè)原子成分的功能，輸入文件不限于.fch文件。 *新增主功能9用于鍵級分析（必須以.fch作為輸入），包括雙、多中心Mayer鍵級分析、Lowdin正交化基函數(shù)下的Wiberg鍵級分析、廣義化Wiberg鍵級分析、Mulliken鍵級分析及軌道貢獻(xiàn)分解。 *新增主功能10，用于繪制Density-of-states(DOS)、Partial DOS(PDOS)、Overlap population DOS(OPDOS，亦稱COOP)。支持Gaussian、Lorentizan、Pseudo-Voigt展寬，可自定義展寬參數(shù)，可導(dǎo)出數(shù)據(jù)。需要用.fch或者Gaussian用pop=full的輸出文件或者記錄了能級信息的文本文件作為輸入。 *新增功能11，用于從Gaussian輸出文件或者自行編寫的文本文件中讀取數(shù)據(jù)來繪制IR/Raman/UV-Vis光譜圖，各個(gè)峰展寬方式、半高寬等參數(shù)可自定義。 *功能100里加入了計(jì)算alpha和beta軌道波函數(shù)間的重疊積分矩陣功能。加入了監(jiān)視SCF收斂趨勢的功能。加入了從使用pop=full的Gaussian輸出文件中生成含有初猜信息的Gaussian輸入文件功能。加入了通過片段波函數(shù)構(gòu)建整體初猜波函數(shù)的功能。 *Gaussian程序路徑不再通過gaupath.txt定義，而是改成寫在settings.ini里的gaupath里。 *修改了輸出wfn文件的模塊，通過功能-3或-4刪掉一部分不感興趣的原子及其基函數(shù)后，用功能6的功能0保存出的wfn文件將不包含它們的信息，并可被AIM2000等程序正常讀取，可用于減少在這些程序中的運(yùn)算時(shí)間。 *生成格點(diǎn)文件、預(yù)覽軌道、計(jì)算平面及直線上的數(shù)據(jù)等功能通過OpenMP被并行化，計(jì)算速度在多CPU核心計(jì)算機(jī)上有質(zhì)的飛躍！用戶需將settings.ini里的nthreads設(shè)成當(dāng)前計(jì)算機(jī)的CPU核心數(shù)。 *改進(jìn)了第三主族元素球?qū)ΨQ化電子密度的方法，正式支持計(jì)算第一過渡金屬元素的變形/Promolecular密度屬性（即目前可以完整支持計(jì)算前四周期元素的變形密度屬性）。 *功能6里增加了旋轉(zhuǎn)分子波函數(shù)的功能（X->Y，Y->Z，Z->X方式變換） *新支持Tsirelson定義的近似版本的ELF，還新支持兩種尚未發(fā)表的ELF和LOL函數(shù)形式，通過settings.ini里ELFLOL_type設(shè)定。 在新手冊的編纂上，我花了半個(gè)余月時(shí)間寫了90頁，將Multiwfn涉及到的理論、操作進(jìn)行了細(xì)致闡述，并且在手冊里給出了22個(gè)例子，大部分Multiwfn的功能和操作只需要把相應(yīng)例子做一遍就能弄懂。Multiwfn的手冊對于那些不使用Multiwfn的人我想也是有益的，其中一些理論方面的介紹是一般不怎么明確提到，卻很有用的。而例子部分不僅演示每個(gè)功能的基本操作，還解釋了相應(yīng)理論的能說明的問題，例子涉及觀看NBO、計(jì)算Fukui函數(shù)、計(jì)算片段電子密度差、計(jì)算軌道成分、研究弱相互作用、繪制光譜圖、繪制DOS圖、定域性分析等等。 新版本雖然增加了不少功能，但是易用性沒有任何降低，原有功能使用依舊方便。簡潔易用是Multiwfn的開發(fā)永遠(yuǎn)保持的原則。 [ Last edited by sobereva on 2011-3-10 at 03:36 ] |
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3樓2011-03-10 06:39:35
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cationly
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8樓2011-03-10 10:37:06
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