sichuanemily

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[交流] 【討論】gromacs電荷不為整數(shù) 已有5人參與

請(qǐng)問(wèn)誰(shuí)知道，做gromacs時(shí)，加完溶劑水后，電荷不是整數(shù)怎么處理嗎，我處理了好幾次蛋白沒(méi)有用，是不是蛋白還是沒(méi)處理好，還是加的溶劑水不合適，或是沒(méi)加完整啊，求解答！

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1樓 2011-03-22 11:11:27

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come4c

鐵蟲(chóng) (初入文壇)

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ghcacj(金幣+3): 謝謝 2011-03-27 09:18:16

試試改變鏈兩端的基團(tuán)，比如原來(lái)-ter選的是cooh和nh3 換成coo-和nh2-之類的，還有pdb2gmx時(shí)應(yīng)該加上-ignh命令吧，忽略pdb里的h

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2樓2011-03-26 09:49:16

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hhwinhuanghe

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ghcacj(金幣+2): 謝謝 2011-04-02 14:51:18
御劍江湖(金幣+1): 謝謝 2011-04-13 09:22:50

引用回帖:

Originally posted by sichuanemily at 2011-03-22 11:11:27:
請(qǐng)問(wèn)誰(shuí)知道，做gromacs時(shí)，加完溶劑水后，電荷不是整數(shù)怎么處理嗎，我處理了好幾次蛋白沒(méi)有用，是不是蛋白還是沒(méi)處理好，還是加的溶劑水不合適，或是沒(méi)加完整啊，求解答！

一個(gè)可能是你的蛋白卻原子，另一個(gè)可能是你用的力場(chǎng)電荷參數(shù)有些許問(wèn)題。

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3樓2011-04-02 12:37:04

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御劍江湖

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zh1987hs(金幣+2): 謝謝 2011-04-04 22:44:13

如果你的原子類型和相應(yīng)力場(chǎng)原子類型一致的話，pdb2gmx應(yīng)該是可以進(jìn)行的，實(shí)在不行，手動(dòng)改top文件！

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莫問(wèn)前塵事，只憐今世緣，承臨縱橫風(fēng)，御劍凡塵路，蹉跎浮華，嬉笑灑脫。

4樓2011-04-02 18:50:41

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hhwinhuanghe

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御劍江湖(金幣+2): 謝謝回答 2011-04-03 09:24:08

引用回帖:

Originally posted by 御劍江湖 at 2011-04-02 18:50:41:
如果你的原子類型和相應(yīng)力場(chǎng)原子類型一致的話，pdb2gmx應(yīng)該是可以進(jìn)行的，實(shí)在不行，手動(dòng)改top文件！

力場(chǎng)電荷有時(shí)會(huì)有問(wèn)題，我遇到過(guò)一次，后來(lái)查到新的參數(shù)把力場(chǎng)參數(shù)電荷改了就好了。電荷問(wèn)題是不會(huì)影響pdb2gmx，但是gromacs官網(wǎng)上說(shuō)如果電荷不為整數(shù)，說(shuō)明有問(wèn)題，要修正。

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5樓2011-04-03 00:09:22

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引用回帖:

Originally posted by hhwinhuanghe at 2011-04-03 00:09:22:
力場(chǎng)電荷有時(shí)會(huì)有問(wèn)題，我遇到過(guò)一次，后來(lái)查到新的參數(shù)把力場(chǎng)參數(shù)電荷改了就好了。電荷問(wèn)題是不會(huì)影響pdb2gmx，但是gromacs官網(wǎng)上說(shuō)如果電荷不為整數(shù)，說(shuō)明有問(wèn)題，要修正。

我知道應(yīng)該是有問(wèn)題的，但不知如何修正？請(qǐng)問(wèn)這位蟲(chóng)友是否知道？謝謝

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6樓2011-04-08 09:34:01

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bridgeqbf

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御劍江湖(金幣+1): 謝謝 2011-04-13 09:23:10

don't worry about water. Check the topology file of other molecules.

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7樓2011-04-12 21:25:32

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