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bioinfuture

鐵蟲 (小有名氣)

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[交流] 【交流】MEGA構(gòu)建進(jìn)化樹史上最難的問題求助，必有金幣酬謝

就是用MEGA生成進(jìn)化樹后，進(jìn)化樹下面的標(biāo)尺表示什么意思的？他的單位是什么呢？還有根據(jù)進(jìn)化樹采用的方法會得到不同的標(biāo)尺，這些都是什么含義呢？
我認(rèn)為這是MEGA構(gòu)建進(jìn)化樹最難理解的問題，我不是學(xué)習(xí)生物信息專業(yè)的，希望有能夠知道這方面知識的人告訴我哈。
謝謝

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1樓 2011-04-10 10:02:54

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andrewjun15

木蟲 (小有名氣)

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幫忙頂，一直也糊糊涂涂的，

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2樓2011-04-10 10:40:05

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歡迎大家都來討論呀

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3樓2011-04-10 13:15:21

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hitliutao

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這是大家都比較迷惑的問題

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4樓2011-04-10 14:37:59

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看天

木蟲 (知名作家)

是進(jìn)化年大嗎

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5樓2011-04-10 18:29:41

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快來看呀

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6樓2011-04-10 21:20:50

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秋電工

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引用回帖:

Originally posted by bioinfuture at 2011-04-10 21:20:50:
快來看呀

看來大伙都只有這點(diǎn)水，耐心等高人吧，同樣的困惑呀，哎！

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7樓2011-04-15 20:42:51

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reasonspare

木蟲 (著名寫手)

silicare(EPI+1): 2011-04-18 18:59:35

引用回帖:

Originally posted by bioinfuture at 2011-04-10 10:02:54:
就是用MEGA生成進(jìn)化樹后，進(jìn)化樹下面的標(biāo)尺表示什么意思的？他的單位是什么呢？還有根據(jù)進(jìn)化樹采用的方法會得到不同的標(biāo)尺，這些都是什么含義呢？
我認(rèn)為這是MEGA構(gòu)建進(jìn)化樹最難理解的問題，我不是學(xué)習(xí)生物信息專 ...

的確，不同的建樹方法會的不同的遺傳距離。
通常的建樹方法為：Ｎｅｉｂｏｕｇ�。剩椋铮睿�，�。穑幔颍幔螅椋铮�，�。停幔。蹋椋耄澹欤瑁铮铮�，�。眨校牵停粒�

此外大家喜歡加入ｂｏｏｓｔｒａｐ　通常為１００，　或者１０００、。

比如你建了一個樹
The evolutionary history was inferred using the Neighbor-Joining method。

那么這個樹的分支，和分支的長度是有意義的，這分枝的意義通過其長度來表示其遺傳速率，突變率，進(jìn)化率，等等，這些你都可以定義，如果默認(rèn)的情況下：
with branch lengths in the same units as those of the evolutionary distances used to infer the phylogenetic tree。也就是每一突變單位，等于一個單位的進(jìn)化距離，等于一個單位的樹長。

所以一個樹的最主要的參考就是那個標(biāo)尺，這個標(biāo)尺也可以進(jìn)行人文的標(biāo)定：如�。眰€單位樹長度＝兩個突變率，＝０．１％進(jìn)化率，等等，根據(jù)自己試驗(yàn)對象而定，并且一定標(biāo)注參考文獻(xiàn)，否則，就是采用上面的默認(rèn)情況。

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8樓2011-04-16 11:54:32

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簡單回復(fù)

6323624819樓

2015-06-19 10:48 回復(fù)

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