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xwsooo

銀蟲(chóng) (小有名氣)

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[交流] 【求助/交流】限制性內(nèi)切酶保護(hù)堿基

最近要準(zhǔn)備做酶切，我不太懂內(nèi)切酶保護(hù)堿基什么意思？引物已經(jīng)拿給公司合成去了，我并沒(méi)有考慮到設(shè)計(jì)什么保護(hù)堿基，這有關(guān)系么？

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1樓 2011-04-10 22:17:22

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zhaohq1209

鐵桿木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)

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xwsooo(金幣+1):謝謝參與

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Originally posted by 西瓜 at 2011-04-10 22:36:28:
限制性內(nèi)切酶識(shí)別特定的DNA序列，除此之外，酶蛋白還要占據(jù)識(shí)別位點(diǎn)兩邊的若干個(gè)堿基，這些堿基對(duì)內(nèi)切酶穩(wěn)定的結(jié)合到DNA雙鏈并發(fā)揮切割DNA作用是有很大影響的，被稱為保護(hù)堿基。

其實(shí)保護(hù)堿基沒(méi)有必要太糾結(jié) ...

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3樓2011-04-10 23:45:09

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西瓜

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xwsooo(金幣+1):謝謝參與
dhd997(金幣+6, EPI+1): good 2011-04-11 12:40:34

引用回帖:

Originally posted by xwsooo at 2011-04-10 22:17:22:
最近要準(zhǔn)備做酶切，我不太懂內(nèi)切酶保護(hù)堿基什么意思？引物已經(jīng)拿給公司合成去了，我并沒(méi)有考慮到設(shè)計(jì)什么保護(hù)堿基，這有關(guān)系么？

限制性內(nèi)切酶識(shí)別特定的DNA序列，除此之外，酶蛋白還要占據(jù)識(shí)別位點(diǎn)兩邊的若干個(gè)堿基，這些堿基對(duì)內(nèi)切酶穩(wěn)定的結(jié)合到DNA雙鏈并發(fā)揮切割DNA作用是有很大影響的，被稱為保護(hù)堿基。

其實(shí)保護(hù)堿基沒(méi)有必要太糾結(jié)，在引物的酶切位點(diǎn)外面再加3個(gè)以上的堿基就可以了。這里說(shuō)得很詳細(xì)，還五顏六色滴，我就不粘過(guò)來(lái)啦：
http://www.bioask.cn/html/86.html

特別贊成這句：添加保護(hù)堿基時(shí)，最關(guān)心的應(yīng)該是保護(hù)堿基的數(shù)目，而不是種類。
以前NEB弄了個(gè)保護(hù)堿基的表，還放在他們的產(chǎn)品目錄里。不過(guò)現(xiàn)在的產(chǎn)品目錄已經(jīng)沒(méi)有這個(gè)表了，說(shuō)明NEB也意識(shí)到?jīng)]必要糾結(jié)保護(hù)堿基的種類了。

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2樓2011-04-10 22:36:28

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gongeleven

鐵桿木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)

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xwsooo(金幣+1):謝謝參與

引用回帖:

Originally posted by roomofxw at 2011-04-11 09:13:15:
連到T載體上再切

好辦法

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6樓2011-04-11 11:11:28

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天使托

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小木蟲(chóng)(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
dhd997(金幣+5): good 2011-04-11 12:40:48

保護(hù)堿基的目的就是保護(hù)引物的，其是也并不一定要添加什么樣的保護(hù)堿基，只要保證兩條引物的GC含量 TM值神馬的基本一致就可以，但只有一個(gè)目的：就是把目的片段很亮很好的擴(kuò)增出來(lái)，就這個(gè)目的！

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7樓2011-04-11 11:29:57

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