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[交流] 【求助/交流】土壤總DNA的離心柱純化問題

目前我在手工提取土壤總DNA的時候，需要用離心柱純化DNA。DNA粗提液的OD260含量比較低，但230nm的雜質(zhì)較多。我用Mobio公司的試劑盒就不存在這個問題，他們的離心柱的材質(zhì)可能比較好，可以有效除去粗提液中的各種雜質(zhì)。國內(nèi)商用的純化試劑盒一般只對PCR產(chǎn)物（或者說片段<10kb)的核酸比較有效，而對基因組DNA的純化效率比較低(<50%,甚至<30%).各位蟲友，有誰用過成熟的（硅膠或者樹脂）離心柱，可以有效除雜（主要是腐殖酸和鹽類）？不妨給點建議。

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1樓 2011-04-11 11:13:23

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camel315(金幣+1): 2011-07-07 09:39:32

我也想知道這個問題呢，期待高人的解答

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2樓2011-04-11 11:20:28

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天使托

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wolfebst(金幣+1): 謝謝您的參與 2011-04-11 12:24:39
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camel315(金幣+1): 2011-07-07 09:39:19

你看看bioteke的這個多功能DNA試劑盒可以不？
http://www.bioteke.com/chn/showproduct.asp?id=176

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3樓2011-04-11 11:49:36

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camel315

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bioteke的試劑盒我問了，50次的1500元，價格還是非常高的，而且不提供試用裝。跟mobio的power soil DNA isolation kit差不多了。其實是基于zhou（1996）方法，加入了離心柱除雜步驟。但是他的離心柱不單賣。

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4樓2011-04-11 16:23:50

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其實這個東西對有機分析的人員來說，應該不是什么太難的問題。只是沒人或者沒有動力去弄這個。

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5樓2011-04-11 16:24:57

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qyunpeng

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引用回帖:

Originally posted by camel315 at 2011-04-11 11:13:23:
目前我在手工提取土壤總DNA的時候，需要用離心柱純化DNA。DNA粗提液的OD260含量比較低，但230nm的雜質(zhì)較多。我用Mobio公司的試劑盒就不存在這個問題，他們的離心柱的材質(zhì)可能比較好，可以有效除去粗提液中的各種雜 ...

專門用來去除腐殖酸的柱子好像不多

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6樓2011-04-11 21:13:23

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不知哪位蟲友知道，現(xiàn)在試劑盒中用到的硅膠膜的孔徑或者顆粒是多大的？

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7樓2011-04-19 10:24:12

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冼亮淀粉酶

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scelab(金幣+5, EPI+1): 謝謝熱心回復~ 2011-04-20 23:00:11
camel315(金幣+2): 2011-05-30 09:26:54

如果不偷懶，可以用兩天時間獲得無腐殖酸無鹽的DNA。

堆肥中提取得到的腐殖酸比平�；▓@土之類的高幾十倍，但腐殖酸一樣能除去。腐殖酸的分子量很大，（ http://wenku.baidu.com/view/dad59a274b35eefdc8d33303.html http://cdmd.cnki.com.cn/Article/CDMD-10141-2006067999.htm ）只要過凝膠層析柱就能除去腐殖酸，脫鹽也簡單，用多幾次70%乙醇洗就行。

可以看看龐浩的博士論文，文件太大傳不上來。
利用宏基因組技術克隆和鑒定堆肥環(huán)境中的纖維素酶基因
http://d.g.wanfangdata.com.cn/Thesis_Y1600277.aspx

[ Last edited by 冼亮淀粉酶 on 2011-4-19 at 14:37 ]

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8樓2011-04-19 14:32:18

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9樓2011-04-26 10:15:50

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camel315(金幣+1): 2011-07-07 09:38:57

我怎么用MOBIO的也提不出來，愁死了

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10樓2011-07-05 10:28:57

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Mobio對腐殖土還是很對癥的。也許你的樣品中的微生物數(shù)量本來就少。如果是這樣，可以考慮富集。同時考慮在提取前，60~65℃水域處理10分鐘，提高裂解效率。

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11樓2011-07-06 09:22:08

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好像上海生工有種試劑，是用來清除提取的DNA中的腐殖質(zhì)的，但是沒用過，不知道有沒有人試過呢？

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12樓2011-07-08 10:41:01

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我用的也是MOBIO，效果很不好，腫么辦？

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13樓2011-07-22 11:18:17

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mobio有UltroClean和Power Soil DNA之分，后者對腐殖酸效果好。前者不是專門針對高腐殖酸土壤的。其次，它有一個troubleshooting，可以從上面找到一些解決的方法。

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14樓2011-07-24 09:53:42

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引用回帖:

1189957樓: Originally posted by yabing0324 at 2011-07-05 10:28:57
我怎么用MOBIO的也提不出來，愁死了

我也是啊而且總會有濃度純度都對就是電泳沒條帶，你有這種情況嗎？

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15樓2012-11-19 17:35:26

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引用回帖:

15樓: Originally posted by lethebai at 2012-11-19 17:35:26
我也是啊而且總會有濃度純度都對就是電泳沒條帶，你有這種情況嗎？...

我也遇到這種情況了呀，濃度30ng/vl，OD260/280也挺好，但就是260/230只有1.2左右，同樣擴增不到條帶。

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16樓2014-05-05 09:12:22

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