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【求助】grompp出錯
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grompp -f em.mdp -c tempwater.gro -p GLP-1R-Boc5_apo.top -o kor-em.tpr Ignoring obsolete mdp entry 'cpp' Back Off! I just backed up mdout.mdp to ./#mdout.mdp.1# ------------------------------------------------------- Program grompp, VERSION 4.5.1 Source code file: toppush.c, line: 629 Fatal error: Unknown atomtype HW For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors ------------------------------------------------------- "It Wouldn't Hurt to Wipe Once In a While" (Beavis and Butthead) 其中HW是水分子中的氫。 這是我的top文件 ; Include Position restraint file #ifdef POSRES #include "posre.itp" #endif ; Include POPC chain topology #include "popc.itp" ; Include ligand topology #include "Boc5.itp" ; Include water topology #include "./gromos53a6_lipid.ff/spc.itp" #ifdef POSRES_WATER ; Position restraint for each water oxygen [ position_restraints ] ; i funct fcx fcy fcz 1 1 1000 1000 1000 #endif ; Include topology for ions #include "./gromos53a6_lipid.ff/ions.itp" [ system ] ; Name Title card required [ molecules ] ; Compound #mols Protein_chain_A 1 UNK 1 SOL 75128 POP 383 spc.itp文件 [ moleculetype ] ; molname nrexcl SOL 2 [ atoms ] ; nr type resnr residue atom cgnr charge mass #ifndef HEAVY_H 1 OW 1 SOL OW 1 -0.82 15.99940 2 H 1 SOL HW1 1 0.41 1.00800 3 H 1 SOL HW2 1 0.41 1.00800 #else 1 OW 1 SOL OW 1 -0.82 9.95140 2 H 1 SOL HW1 1 0.41 4.03200 3 H 1 SOL HW2 1 0.41 4.03200 gro文件 328SOL HW152696 6.933 8.639 6.114 328SOL HW252697 6.801 8.579 6.188 329SOL OW52698 7.655 9.446 6.221 329SOL HW152699 7.636 9.363 6.273 329SOL HW252700 7.572 9.475 6.173 330SOL OW52701 8.839 9.744 6.410 330SOL HW152702 8.779 9.773 6.335 330SOL HW252703 8.790 9.677 6.467 331SOL OW52704 8.925 11.871 6.960 331SOL HW152705 8.936 11.845 7.056 331SOL HW252706 8.827 11.871 6.937 332SOL OW52707 12.195 8.268 6.612 332SOL HW152708 12.122 8.215 6.569 332SOL HW252709 12.260 8.298 6.541 333SOL OW52710 12.310 6.909 11.525 333SOL HW152711 12.295 6.981 11.458 333SOL HW252712 12.369 6.838 11.486 334SOL OW52713 10.377 10.855 12.640 334SOL HW152714 10.365 10.953 12.652 334SOL HW252715 10.412 10.837 12.548 335SOL OW52716 9.895 11.732 6.991 335SOL HW152717 9.896 11.735 7.091 335SOL HW252718 9.802 11.745 6.959 336SOL OW52719 0.569 1.275 1.165 336SOL HW152720 0.476 1.268 1.128 336SOL HW252721 0.580 1.364 1.209 337SOL OW52722 1.555 1.511 0.703 337SOL HW152723 1.498 1.495 0.784 337SOL HW252724 1.496 1.521 0.623 338SOL OW52725 1.743 0.618 0.856 338SOL HW152726 1.776 0.712 0.856 338SOL HW252727 1.794 0.564 0.922 339SOL OW52728 1.135 0.703 0.717 339SOL HW152729 1.192 0.781 0.692 339SOL HW252730 1.075 0.729 0.793 340SOL OW52731 1.755 0.607 0.231 340SOL HW152732 1.743 0.594 0.132 340SOL HW252733 1.725 0.526 0.280 341SOL OW52734 0.768 1.144 1.023 341SOL HW152735 0.690 1.161 1.083 341SOL HW252736 0.802 1.231 0.987 342SOL OW52737 0.850 0.798 1.823 342SOL HW152738 0.846 0.874 1.888 342SOL HW252739 0.872 0.834 1.732 343SOL OW52740 0.685 1.012 0.665 343SOL HW152741 0.754 0.996 0.735 力場用的是gromos53a6,我自己看了很久也不知道哪里出錯了，哪位高手幫忙指點一下，都卡在那邊動不了了。 |
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