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輕風(fēng)龍騎士新蟲 (初入文壇)
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[交流]
【求助】siesta 做NOSE動力學(xué)出錯，請高手指教 已有4人參與
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| 在做nose的溫控動力學(xué)的時候，我設(shè)置的初始和目標(biāo)溫度分別是2700K和2600K，做降溫的動力學(xué)模擬，但是我的systemlable.MDE文件中怎么顯示的每一步的溫度有問題�。涸诘谌降臅r候就已經(jīng)到了2620K左右，之后溫度更低最低只有1400K左右，然后又開始升高，最高高達(dá)3000K以上，這是為什么？是不是我那個參數(shù)錯了，請高手指教 |
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2樓2011-04-12 23:19:52
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3樓2011-04-13 12:52:16
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我沒有用過nose模塊，不過我在用verletMD計算時出現(xiàn)過類似的溫度起伏，甚至是劇烈起伏的問題。 我想可能有如下的原因給你參考。 首先宏觀體系的溫度就如二樓所說是個統(tǒng)計平均值，實(shí)際上是對分子熱運(yùn)動的一個平均描述。 到了微觀層次，按照能量均分定理，每個原子，每個自由度能量是1/2kBT,簡化考慮就可以采用1/2kBT=1/2mv**2。意思是在一維無轉(zhuǎn)動的情況下，這一個自由度的能量對應(yīng)于粒子平動的動能。在程序中就是這么計算得到的溫度。輸出文件中有一個systemlable.XV里面有各個原子不同方向的速度。通過公式就可以把各個速度對應(yīng)的能量轉(zhuǎn)化為溫度。 你在輸入文件中給定了初始的溫度，程序就給各個原子不同的速度讓其震動起來。但是原子一旦發(fā)生震動，勢能必然變化，那么各個原子的動能（速度）也隨之變化，因?yàn)榭偰芰恳３质睾恪＿@樣就導(dǎo)致了體系溫度的變化。這種漲落是不可避免的，不算是錯誤，但是可能與我們想要的所謂恒定溫度情況有較大的偏差。 |
4樓2011-04-16 22:25:16
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恒溫的動力學(xué)過程我沒有計算過，所以對過程不太了解。至于10%是否合適我覺得也很難界定，這根據(jù)你的體系的大小不同應(yīng)該是不一樣的。體系越小，漲落就越大。計算50個原子時漲落應(yīng)該大于500個原子，兩個體系都用10%應(yīng)該是不合適的。我這里也不敢給你定量的結(jié)論，很不好意思。 還有一個是我認(rèn)為你所說的相變應(yīng)該是宏觀的一個過程，某個溫度下的穩(wěn)定相應(yīng)該是在固體的宏觀尺度范圍內(nèi)進(jìn)行考慮，但是看固體的微觀結(jié)構(gòu)，還是應(yīng)該有很劇烈的漲落的。計算到百十個原子的時候，無論漲落是否很大應(yīng)該都很難反映出宏觀固體狀態(tài)。 我有個想法就是如果你想做一個恒溫的計算，可否考慮計算時間長一點(diǎn)。比如你要一個100K的溫度，你讓體系自己運(yùn)行，跑個2000或者3000個MD過程，然后再看一下他的溫度變化范圍，有可能就是在你100K的溫度上下有較大的波動。但是你把3000個溫度取個平均值試試，也許就是100K左右的溫度。溫度本來就是一個較長時間對能量統(tǒng)計平均值，如果做了這么長那個時間的模擬，溫度平均值能夠是你所希望得到的那個值，我覺得應(yīng)該是比較有說服力了。 |
6樓2011-05-03 10:34:49
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9樓2011-05-05 23:41:13
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10樓2011-05-06 13:25:50
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