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輕風(fēng)龍騎士新蟲 (初入文壇)
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【求助】siesta 做NOSE動力學(xué)出錯，請高手指教 已有4人參與
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| 在做nose的溫控動力學(xué)的時候，我設(shè)置的初始和目標溫度分別是2700K和2600K，做降溫的動力學(xué)模擬，但是我的systemlable.MDE文件中怎么顯示的每一步的溫度有問題啊：在第三步的時候就已經(jīng)到了2620K左右，之后溫度更低最低只有1400K左右，然后又開始升高，最高高達3000K以上，這是為什么？是不是我那個參數(shù)錯了，請高手指教 |
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9樓2011-05-05 23:41:13
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小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖交流
youzhizhe(金幣+2, 1ST強帖+1): 謝謝交流。 2011-05-02 19:56:53
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youzhizhe(金幣+2, 1ST強帖+1): 謝謝交流。 2011-05-02 19:56:53
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我沒有用過nose模塊，不過我在用verletMD計算時出現(xiàn)過類似的溫度起伏，甚至是劇烈起伏的問題。 我想可能有如下的原因給你參考。 首先宏觀體系的溫度就如二樓所說是個統(tǒng)計平均值，實際上是對分子熱運動的一個平均描述。 到了微觀層次，按照能量均分定理，每個原子，每個自由度能量是1/2kBT,簡化考慮就可以采用1/2kBT=1/2mv**2。意思是在一維無轉(zhuǎn)動的情況下，這一個自由度的能量對應(yīng)于粒子平動的動能。在程序中就是這么計算得到的溫度。輸出文件中有一個systemlable.XV里面有各個原子不同方向的速度。通過公式就可以把各個速度對應(yīng)的能量轉(zhuǎn)化為溫度。 你在輸入文件中給定了初始的溫度，程序就給各個原子不同的速度讓其震動起來。但是原子一旦發(fā)生震動，勢能必然變化，那么各個原子的動能（速度）也隨之變化，因為總能量要保持守恒。這樣就導(dǎo)致了體系溫度的變化。這種漲落是不可避免的，不算是錯誤，但是可能與我們想要的所謂恒定溫度情況有較大的偏差。 |
4樓2011-04-16 22:25:16
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