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mophyworld

金蟲 (正式寫手)

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[交流] 【求助】ReaxFF 力場(chǎng)參數(shù)化問題請(qǐng)教

以下是引自Simulations on the Thermal Decomposition of a Poly(dimethylsiloxane) Polymer Using the ReaxFF Reactive Force Field，J. AM. CHEM. SOC. 2005, 127, 7192-7202的一個(gè)片段，是關(guān)于ReaxFF力場(chǎng)參數(shù)化的說明，不知道具體是怎么執(zhí)行的，希望有人可以一起探討下。

The force field was constructed by adding quantum chemical (QC) data for systems relevant to PDMS chemistry to the ReaxFF training set for Si/SiO materials. QC data for nonperiodic systems was obtained from DFT calculations performed using Jaguar (version 5.5) using the B3LYP functional and Pople’s 6-311G**++ basis set.22 The Mulliken charges were obtain using Pople’s 6-31G** basis set. To obtain the equation of state for disiloxane diol (HOMe2Si)2O crystal, DFT calculations were performed with the plane-wave code CASTEP (version 3.8) module in Cerius2. The generalized gradient approximation (GGA) proposed by Perdew, Burke, and Ernzerhof was used for the exchange-correlation energy, and ultrasoft pseudopotentials were used to replace the core electrons. We used the Perdew-Wang implementation of GGA with a kinetic energy cutoff of 380 eV. The Monkhorst-Pack scheme was used to generate the k-space grid with a 0.1 Å-1 spacing

請(qǐng)問以上這些具體是怎么操作的？是不是可以理解成 1）、非周期性體系的QC數(shù)據(jù)用 DFT的 B3LYP/6-311G**++ 模型進(jìn)行計(jì)算；2）、Mulliken電荷從6-31G**基組的頻率計(jì)算獲得 3）、HOMe2Si的狀態(tài)方程用Cerius中的CASTEP模塊的Plane-wave方法獲得；4）、使用PBE-GGA計(jì)算關(guān)聯(lián)-交換能，超軟贗勢(shì)代替核電子；5）PW-GGA計(jì)算中，動(dòng)能截?cái)嗳?80eV；6）使用Monkhorst-Pack方案產(chǎn)生k-space格點(diǎn)，空間間隔為0.1埃？

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1樓 2011-04-13 14:53:31

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liu1102yuan

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9樓2016-01-02 20:54:21

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qphll

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mophyworld(金幣+10): O(∩_∩)O謝謝！ 2011-05-19 09:48:50
heyo_123(金幣+12): 回答問題，LZ（mophyworld）饋贈(zèng)！ 2011-05-20 15:39:34

你這里提到的細(xì)節(jié), 都是量化計(jì)算的, 嚴(yán)格意義上講和ReaxFF力場(chǎng)參數(shù)化的具體細(xì)節(jié)步驟沒啥關(guān)系.很明顯ReaxFF的參數(shù)都是在量化數(shù)據(jù)的基礎(chǔ)上fit得到的. 目前, 才訓(xùn)練參數(shù)的時(shí)候, 可以有這樣的幾類信息可以使用:

Frequency, charge, heat_of_formation, geometry, cell parameter, energy_difference

這其中energy_difference使用得最多.

如果你用量化計(jì)算了反應(yīng)物, 反應(yīng)產(chǎn)物, 那么你就可以得到energy_difference.這樣一來, 對(duì)于訓(xùn)練參數(shù)的數(shù)據(jù)庫而言, 就又增加了一個(gè)target.

先說到這里, 滿意了嗎?

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2樓2011-05-17 15:11:32

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引用回帖:

Originally posted by qphll at 2011-05-17 15:11:32:
你這里提到的細(xì)節(jié), 都是量化計(jì)算的, 嚴(yán)格意義上講和ReaxFF力場(chǎng)參數(shù)化的具體細(xì)節(jié)步驟沒啥關(guān)系.很明顯ReaxFF的參數(shù)都是在量化數(shù)據(jù)的基礎(chǔ)上fit得到的. 目前, 才訓(xùn)練參數(shù)的時(shí)候, 可以有這樣的幾類信息可以使用:

Fr ...

不知道您是否做過這方面的相關(guān)工作，還有個(gè)問題請(qǐng)教：在ReaxFF的眾多參數(shù)中，如covalent radius、vdw radius、electronegativity、hardness等基礎(chǔ)參數(shù)是否是在其他參數(shù)化工作之前完成的，還是跟其他參數(shù)一起擬合完成的呢？如果是兩種方法均可，這兩種方法產(chǎn)生的結(jié)果是否都是可靠的？哪種會(huì)更好點(diǎn)呢？

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3樓2011-05-19 09:52:05

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引用回帖:

Originally posted by mophyworld at 2011-05-19 09:52:05:
不知道您是否做過這方面的相關(guān)工作，還有個(gè)問題請(qǐng)教：在ReaxFF的眾多參數(shù)中，如covalent radius、vdw radius、electronegativity、hardness等基礎(chǔ)參數(shù)是否是在其他參數(shù)化工作之前完成的，還是跟其他參數(shù)一起擬 ...

你說到的這些, 可以算作是General parameter, 或者是第一類atom based patameter, 如果是全新的體系, 那是要首先確定下來的. 不過絕大多數(shù)的情況下, 優(yōu)化多是針對(duì)原子間的相互作用, 比如健長(zhǎng), 鍵角來優(yōu)化的.

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4樓2011-05-19 11:19:30

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