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[交流]
【討論】有什么好的軟件可以比較合理的構(gòu)建分子的立體結(jié)構(gòu)？
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| rt，畫分子結(jié)構(gòu)之后欲變成3D結(jié)構(gòu)，但是用chemdraw 3D轉(zhuǎn)變的話往往結(jié)果并不好，尤其是比較復雜一些的分子都縮成一團了，根本就不是合理的空間結(jié)構(gòu)。大家有沒有好的軟件、方法去構(gòu)建盡可能合理的分子的立體結(jié)構(gòu)呢？尤其是，在與蛋白對接之前的分子3D結(jié)構(gòu)的優(yōu)化。大家能告訴一下嗎？多謝�。。�！ |
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5樓2011-04-19 12:03:25
6樓2011-04-19 15:52:46
7樓2011-04-19 16:59:41
★ ★
小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖
御劍江湖(金幣+1): 謝謝 2011-04-19 19:18:09
pkuchemistry(金幣+7): 2011-04-19 23:17:19
小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖
御劍江湖(金幣+1): 謝謝 2011-04-19 19:18:09
pkuchemistry(金幣+7): 2011-04-19 23:17:19
| 復雜2D結(jié)構(gòu)轉(zhuǎn)3D，你這不是考驗人家寫軟件的人的智商嗎？建議還是別跟軟件較勁，老老實實用GaussView來搭你的分子。你做Docking， 所用的小分子不會大到哪里去，否則也不可能Dock到蛋白上。GaussView搭完了，順便跑個PM6，半經(jīng)驗優(yōu)化，不超過半小時的事情，還能寫到論文里，討論一下其優(yōu)化結(jié)構(gòu)。 |
8樓2011-04-19 17:37:02
9樓2011-04-19 23:29:02
10樓2011-04-20 09:07:59
★ ★ ★ ★
小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖
御劍江湖(金幣+3): 謝謝 2011-04-21 17:12:47
小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖
御劍江湖(金幣+3): 謝謝 2011-04-21 17:12:47
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PM6是一種半經(jīng)驗量子化學方法，是最新發(fā)展起來的。量子化學通過計算電子結(jié)構(gòu)（電子-電子相互作用，電子-原子核相互作用）來獲得能量最低的分子結(jié)構(gòu)，這叫幾何優(yōu)化。通常的量子化學計算要考慮所有的電子，所耗時間較長；半經(jīng)驗量子化學計算則只考慮價層電子（最外層），內(nèi)層電子則使用經(jīng)驗參數(shù)，所以叫半經(jīng)驗量子化學計算。速度非�？�。幾十個原子也只需要幾十分鐘而已。 它的準確程度取決于參數(shù)的質(zhì)量。對于通常的有機分子，其預測的結(jié)構(gòu)是非常接近于實驗值的。 半經(jīng)驗量子化學歷經(jīng)CINDO, ZINDO, AM1, PM3, PM6等發(fā)展，（主要是獲得參數(shù)的方法不同，準確度不斷提高）結(jié)果是比較可靠的。 |
11樓2011-04-21 15:54:25
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