 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 15 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 2620 | 回復(fù): 14 | |||
pkuchemistry捐助貴賓 (著名寫(xiě)手)
|
[交流]
【討論】有什么好的軟件可以比較合理的構(gòu)建分子的立體結(jié)構(gòu)？
|
| rt，畫(huà)分子結(jié)構(gòu)之后欲變成3D結(jié)構(gòu)，但是用chemdraw 3D轉(zhuǎn)變的話(huà)往往結(jié)果并不好，尤其是比較復(fù)雜一些的分子都縮成一團(tuán)了，根本就不是合理的空間結(jié)構(gòu)。大家有沒(méi)有好的軟件、方法去構(gòu)建盡可能合理的分子的立體結(jié)構(gòu)呢？尤其是，在與蛋白對(duì)接之前的分子3D結(jié)構(gòu)的優(yōu)化。大家能告訴一下嗎？多謝�。。�！ |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
0703化學(xué)求調(diào)劑，各位老師看看我�。�！
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
339求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
287求調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
一志愿北京化工大學(xué) 070300 學(xué)碩 336分 求調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
085602 化工專(zhuān)碩 338分 求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
0856，材料與化工321分求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
一志愿北京化工大學(xué)材料與化工 264分各科過(guò)A區(qū)國(guó)家線(xiàn)
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
266求調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
265求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
286求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:
- 求問(wèn)：解讀NCBI 保守結(jié)構(gòu)域分析結(jié)果
已經(jīng)有11人回復(fù)
- 用SwissModel預(yù)測(cè)只能得到蛋白質(zhì)的一大部分的三維結(jié)構(gòu)，why？
已經(jīng)有14人回復(fù)
- 請(qǐng)問(wèn)氫鍵連結(jié)小分子構(gòu)成的三維結(jié)構(gòu)可以畫(huà)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)嗎 用什么軟件畫(huà)
已經(jīng)有10人回復(fù)
- [3D微觀(guān)立體生物分子].Molsoft.ICM-Pro.v3.5-0a
已經(jīng)有29人回復(fù)
- 想問(wèn)一下：用什么軟件可以做小分子在蛋白結(jié)構(gòu)中的運(yùn)動(dòng)視頻？
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 能夠畫(huà)出分子結(jié)構(gòu)圖（三維）的軟件有哪些？
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 什么軟件可以比較快速的模擬反應(yīng)速率的指前因子和活化能
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 【求助/交流】除了swiss-model還有別的預(yù)測(cè)基因蛋白三維結(jié)構(gòu)的工具嗎？
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 【求助】氨基酸序列三維結(jié)構(gòu)的獲得
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 如何根據(jù)已知分子的鍵長(zhǎng)，鍵角和二面角來(lái)畫(huà)出該分子的立體圖
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 【求助】如何根據(jù)已知分子的鍵長(zhǎng)，鍵角和二面角來(lái)畫(huà)出該分子的立體圖
已經(jīng)有11人回復(fù)
» 搶金幣啦！回帖就可以得到:
-
武漢征男友
+1/273
-
馬爾文激光粒度+納米粒徑Zeta電位測(cè)試原始數(shù)據(jù)與Origin繪圖V131/2039/8821
+1/91
-
山東建筑大學(xué) （市政與環(huán)境工程學(xué)院）碩士研究生招生啦 靜電紡絲纖維與鹽水分離應(yīng)用
+1/88
-
西南交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院招收生物醫(yī)學(xué)工程和材料與化工專(zhuān)業(yè)碩士研究生
+1/85
-
資源與環(huán)境專(zhuān)碩
+1/73
-
北京-89175-事業(yè)單位-誠(chéng)征女友
+1/64
-
【全額獎(jiǎng)學(xué)金+英國(guó)博士學(xué)位】國(guó)科大杭高院Nathan課題組招收2026級(jí)聯(lián)培博士生1名！
+1/44
-
福建農(nóng)林大學(xué)材料院招收調(diào)劑碩士生
+1/38
-
哈爾濱工業(yè)大學(xué)（深圳）-何自開(kāi)教授團(tuán)隊(duì)誠(chéng)招化學(xué)工程與技術(shù)專(zhuān)業(yè)博士研究生
+1/30
-
三峽大學(xué)材料與化工學(xué)院調(diào)劑
+1/18
-
雙一流大學(xué)湘潭大學(xué)“化工過(guò)程模擬與強(qiáng)化”國(guó)家地方聯(lián)合工程研究中心招收博士生
+1/17
-
北京石油化工學(xué)院智能防腐涂層課題組招收2026級(jí)調(diào)劑研究生
+1/16
-
26年申博自薦-計(jì)算機(jī)視覺(jué)
+1/11
-
江西水利電力大學(xué)接收調(diào)劑08工學(xué)皆可
+1/10
-
誠(chéng)摯招生（碩士+博士）
+1/9
-
南京林業(yè)大學(xué)化學(xué)工程學(xué)院柏惺峰課題組招收碩士研究生1名
+1/8
-
中國(guó)科學(xué)院上海硅酸鹽研究所招聘科研助理（納米材料與生物應(yīng)用方向）
+1/5
-
26年環(huán)境博士申請(qǐng)
+1/3
-
香港大學(xué) 化學(xué)系 博后招聘
+1/1
-
空間蛋白互作原位檢測(cè)技術(shù)研究進(jìn)展
+1/1
pkuchemistry
捐助貴賓 (著名寫(xiě)手)
- 模擬EPI: 1
- 應(yīng)助: 22 (小學(xué)生)
- 金幣: 2620.4
- 帖子: 2473
- 在線(xiàn): 847.6小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 329690
2樓2011-04-18 12:13:30
pkuchemistry
捐助貴賓 (著名寫(xiě)手)
- 模擬EPI: 1
- 應(yīng)助: 22 (小學(xué)生)
- 金幣: 2620.4
- 帖子: 2473
- 在線(xiàn): 847.6小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 329690
3樓2011-04-18 20:21:53
pkuchemistry
捐助貴賓 (著名寫(xiě)手)
- 模擬EPI: 1
- 應(yīng)助: 22 (小學(xué)生)
- 金幣: 2620.4
- 帖子: 2473
- 在線(xiàn): 847.6小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 329690
4樓2011-04-19 11:51:17
pbfxql
金蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 1229.4
- 帖子: 875
- 在線(xiàn): 51.4小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 1174304
5樓2011-04-19 12:03:25
pkuchemistry
捐助貴賓 (著名寫(xiě)手)
- 模擬EPI: 1
- 應(yīng)助: 22 (小學(xué)生)
- 金幣: 2620.4
- 帖子: 2473
- 在線(xiàn): 847.6小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 329690
6樓2011-04-19 15:52:46
ghcacj
榮譽(yù)版主 (著名寫(xiě)手)
- 模擬EPI: 16
- 應(yīng)助: 26 (小學(xué)生)
- 貴賓: 2.764
- 金幣: 2543.5
- 帖子: 1376
- 在線(xiàn): 1199小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 513281
7樓2011-04-19 16:59:41
ChemiAndy
木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
- 模擬EPI: 40
- 應(yīng)助: 52 (初中生)
- 金幣: 2573.3
- 帖子: 590
- 在線(xiàn): 553.8小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 836907
★ ★
小木蟲(chóng)(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖
御劍江湖(金幣+1): 謝謝 2011-04-19 19:18:09
pkuchemistry(金幣+7): 2011-04-19 23:17:19
小木蟲(chóng)(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖
御劍江湖(金幣+1): 謝謝 2011-04-19 19:18:09
pkuchemistry(金幣+7): 2011-04-19 23:17:19
| 復(fù)雜2D結(jié)構(gòu)轉(zhuǎn)3D，你這不是考驗(yàn)人家寫(xiě)軟件的人的智商嗎？建議還是別跟軟件較勁，老老實(shí)實(shí)用GaussView來(lái)搭你的分子。你做Docking， 所用的小分子不會(huì)大到哪里去，否則也不可能Dock到蛋白上。GaussView搭完了，順便跑個(gè)PM6，半經(jīng)驗(yàn)優(yōu)化，不超過(guò)半小時(shí)的事情，還能寫(xiě)到論文里，討論一下其優(yōu)化結(jié)構(gòu)。 |
8樓2011-04-19 17:37:02
pkuchemistry
捐助貴賓 (著名寫(xiě)手)
- 模擬EPI: 1
- 應(yīng)助: 22 (小學(xué)生)
- 金幣: 2620.4
- 帖子: 2473
- 在線(xiàn): 847.6小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 329690
9樓2011-04-19 23:29:02
10樓2011-04-20 09:07:59
ChemiAndy
木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
- 模擬EPI: 40
- 應(yīng)助: 52 (初中生)
- 金幣: 2573.3
- 帖子: 590
- 在線(xiàn): 553.8小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 836907
★ ★ ★ ★
小木蟲(chóng)(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖
御劍江湖(金幣+3): 謝謝 2011-04-21 17:12:47
小木蟲(chóng)(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖
御劍江湖(金幣+3): 謝謝 2011-04-21 17:12:47
|
PM6是一種半經(jīng)驗(yàn)量子化學(xué)方法，是最新發(fā)展起來(lái)的。量子化學(xué)通過(guò)計(jì)算電子結(jié)構(gòu)（電子-電子相互作用，電子-原子核相互作用）來(lái)獲得能量最低的分子結(jié)構(gòu)，這叫幾何優(yōu)化。通常的量子化學(xué)計(jì)算要考慮所有的電子，所耗時(shí)間較長(zhǎng)；半經(jīng)驗(yàn)量子化學(xué)計(jì)算則只考慮價(jià)層電子（最外層），內(nèi)層電子則使用經(jīng)驗(yàn)參數(shù)，所以叫半經(jīng)驗(yàn)量子化學(xué)計(jì)算。速度非�？�。幾十個(gè)原子也只需要幾十分鐘而已。 它的準(zhǔn)確程度取決于參數(shù)的質(zhì)量。對(duì)于通常的有機(jī)分子，其預(yù)測(cè)的結(jié)構(gòu)是非常接近于實(shí)驗(yàn)值的。 半經(jīng)驗(yàn)量子化學(xué)歷經(jīng)CINDO, ZINDO, AM1, PM3, PM6等發(fā)展，（主要是獲得參數(shù)的方法不同，準(zhǔn)確度不斷提高）結(jié)果是比較可靠的。 |
11樓2011-04-21 15:54:25
pkuchemistry
捐助貴賓 (著名寫(xiě)手)
- 模擬EPI: 1
- 應(yīng)助: 22 (小學(xué)生)
- 金幣: 2620.4
- 帖子: 2473
- 在線(xiàn): 847.6小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 329690
12樓2011-04-22 00:48:53
qianxiao2008
木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 貴賓: 0.005
- 金幣: 6122.9
- 帖子: 477
- 在線(xiàn): 218.9小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 346434
13樓2011-04-22 08:04:29
壯志雄心呵呵
新蟲(chóng) (小有名氣)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 683.4
- 帖子: 86
- 在線(xiàn): 164.5小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 2541811
14樓2016-04-05 21:04:36
壯志雄心呵呵
新蟲(chóng) (小有名氣)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 683.4
- 帖子: 86
- 在線(xiàn): 164.5小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 2541811
15樓2016-04-05 21:05:53
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 pkuchemistry 的主題更新
| 15 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 339求調(diào)劑 +4 | 烤麥芽 2026-03-27 | 5/250 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 287求調(diào)劑 +8 | land xuxu 2026-03-26 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 274求調(diào)劑 +15 | 顧九笙要謙虛 2026-03-24 | 21/1050 |
|
|
|
[考研] 南昌大學(xué)材料專(zhuān)碩311分求調(diào)劑 +10 | 77chaselx 2026-03-20 | 10/500 |
|
|
[考研] 269專(zhuān)碩求調(diào)劑 +9 | 金恩貝 2026-03-21 | 9/450 |
|
|
|
[碩博家園] 北京林業(yè)大學(xué)碩導(dǎo)招生廣告 +6 | kongweilin 2026-03-26 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 340求調(diào)劑 +3 | jhx777 2026-03-27 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 081200-11408-276學(xué)碩求調(diào)劑 +3 | 崔wj 2026-03-26 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 調(diào)劑 +4 | 柚柚yoyo 2026-03-26 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 中國(guó)科學(xué)院深圳先進(jìn)技術(shù)研究院-光纖傳感課題組招生-中國(guó)科學(xué)院大學(xué)、深圳理工大學(xué)聯(lián)培 +5 | YangTyu1 2026-03-26 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 296求調(diào)劑 +5 | www_q 2026-03-20 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 打過(guò)很多競(jìng)賽，085406控制工程300分，求調(diào)劑 +3 | askeladz 2026-03-26 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 材料與化工328分調(diào)劑 +6 | 。，。，。，。i 2026-03-23 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 290分調(diào)劑求助 +3 | 吉祥止止陳 2026-03-25 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 生物技術(shù)與工程 +3 | 1294608413 2026-03-25 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 上海電力大學(xué)材料防護(hù)與新材料重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室招收調(diào)劑研究生（材料、化學(xué)、電化學(xué)，環(huán)境） +4 | 我愛(ài)學(xué)電池 2026-03-23 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿南航材料專(zhuān)317分求調(diào)劑 +5 | 炸呀炸呀炸薯?xiàng)l 2026-03-23 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 材料專(zhuān)碩331求調(diào)劑 +4 | 鮮當(dāng)牛 2026-03-24 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿國(guó)科過(guò)程所081700，274求調(diào)劑 +3 | 三水研0水立方 2026-03-23 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)297求調(diào)劑 +3 | Daisy☆ 2026-03-20 | 3/150 |
|