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京人會木蟲 (正式寫手)
京蟲子
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請問一下DS做分子對接的步驟？
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2樓2011-04-20 15:54:23
ts2009
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★
京人會(金幣+2): 謝謝 2011-04-20 19:58:26
御劍江湖(金幣+2): 謝謝 2011-04-20 21:09:29
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御劍江湖(金幣+2): 謝謝 2011-04-20 21:09:29
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基于結(jié)構(gòu)的藥物設(shè)計技術(shù)在藥物研發(fā)中起著非常重要的作用。在藥物分子產(chǎn)生藥效反應(yīng)的過程中，藥物分子與靶標相互結(jié)合，首先就需要兩個分子充分接近，采取合適的取向，使兩者在必要的部位相互契合，發(fā)生相互作用，繼而通過適當(dāng)?shù)臉?gòu)象調(diào)整，得到一個穩(wěn)定的復(fù)合物構(gòu)象。 基于結(jié)構(gòu)的藥物設(shè)計主要采用的是分子對接技術(shù)。分子對接就是把配體分子放在受體活性位點的位置，然后按照幾何互補、能量互補以及化學(xué)環(huán)境互補的原則來實時評價配體與受體相互作用好壞，并找到兩個分子之間最佳的結(jié)合模式。分子對接是從整體上考慮配體與受體結(jié)合的效果，能比較好地避免其他方法中容易出現(xiàn)的局部作用較好而整體結(jié)合欠佳的情況。在藥物設(shè)計中，分子對接方法主要用來從小分子數(shù)據(jù)庫中搜尋與受體生物大分子有較好親和力的小分子，進行藥理測試，從中發(fā)現(xiàn)新的先導(dǎo)化合物。 簡單介紹DS中的CDOCKER: 具體步驟為： 1. 定義蛋白為受體分子 2. 尋找受體中可能的結(jié)合部位 3. 從結(jié)合位點定義sphere球 4. 修改活性部位球半徑 5. 打開配體小分子文件 6. 打開流程，修改參數(shù) 7. 運行分子對接計算，查看結(jié)果 8. 瀏覽對接poses 9.分析對接結(jié)果 |
3樓2011-04-20 19:22:10
京人會
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5樓2011-04-24 15:33:46
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請問Ds中蛋白質(zhì)pdb文件從哪里下載，網(wǎng)上有嗎 9樓2014-02-05 21:05:47
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10樓2014-06-14 20:22:11
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