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京人會(huì)木蟲 (正式寫手)
京蟲子
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請(qǐng)問一下DS做分子對(duì)接的步驟？
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2樓2011-04-20 15:54:23
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【答案】應(yīng)助回帖
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京人會(huì)(金幣+2): 謝謝 2011-04-20 19:58:26
御劍江湖(金幣+2): 謝謝 2011-04-20 21:09:29
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御劍江湖(金幣+2): 謝謝 2011-04-20 21:09:29
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基于結(jié)構(gòu)的藥物設(shè)計(jì)技術(shù)在藥物研發(fā)中起著非常重要的作用。在藥物分子產(chǎn)生藥效反應(yīng)的過程中，藥物分子與靶標(biāo)相互結(jié)合，首先就需要兩個(gè)分子充分接近，采取合適的取向，使兩者在必要的部位相互契合，發(fā)生相互作用，繼而通過適當(dāng)?shù)臉?gòu)象調(diào)整，得到一個(gè)穩(wěn)定的復(fù)合物構(gòu)象。 基于結(jié)構(gòu)的藥物設(shè)計(jì)主要采用的是分子對(duì)接技術(shù)。分子對(duì)接就是把配體分子放在受體活性位點(diǎn)的位置，然后按照幾何互補(bǔ)、能量互補(bǔ)以及化學(xué)環(huán)境互補(bǔ)的原則來實(shí)時(shí)評(píng)價(jià)配體與受體相互作用好壞，并找到兩個(gè)分子之間最佳的結(jié)合模式。分子對(duì)接是從整體上考慮配體與受體結(jié)合的效果，能比較好地避免其他方法中容易出現(xiàn)的局部作用較好而整體結(jié)合欠佳的情況。在藥物設(shè)計(jì)中，分子對(duì)接方法主要用來從小分子數(shù)據(jù)庫中搜尋與受體生物大分子有較好親和力的小分子，進(jìn)行藥理測試，從中發(fā)現(xiàn)新的先導(dǎo)化合物。 簡單介紹DS中的CDOCKER: 具體步驟為： 1. 定義蛋白為受體分子 2. 尋找受體中可能的結(jié)合部位 3. 從結(jié)合位點(diǎn)定義sphere球 4. 修改活性部位球半徑 5. 打開配體小分子文件 6. 打開流程，修改參數(shù) 7. 運(yùn)行分子對(duì)接計(jì)算，查看結(jié)果 8. 瀏覽對(duì)接poses 9.分析對(duì)接結(jié)果 |
3樓2011-04-20 19:22:10
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