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invincibly金蟲(chóng) (小有名氣)
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[交流]
模擬鍵的斷裂是不是不需要做過(guò)渡態(tài)的計(jì)算？
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本人在算單鍵斷裂形成兩個(gè)自由基的反應(yīng)能壘的計(jì)算，本來(lái)是想像算化學(xué)反應(yīng)一樣算過(guò)渡態(tài)與原料的能量差來(lái)得到，但是看到有人這樣說(shuō)： “對(duì)于沒(méi)有過(guò)渡態(tài)的反應(yīng)，一是從化學(xué)背景上可以判斷是沒(méi)有過(guò)渡態(tài)的，二是計(jì)算中確實(shí)找不到，若滿(mǎn)足這兩個(gè)條件，則可以肯定其是沒(méi)有過(guò)渡態(tài)了。這時(shí)就不用作 IRC 了！用 SCAN 直接對(duì)斷裂的鍵（比如穩(wěn)定分子分解為兩個(gè)自由基的反應(yīng)）進(jìn)行掃描�！蹦窃阪I斷裂的過(guò)程中是不是壓根就沒(méi)有過(guò)渡態(tài)的存在？而我在實(shí)際計(jì)算中用TS計(jì)算（把鍵拉長(zhǎng)20%）是可以得到一個(gè)虛頻的過(guò)渡態(tài)，還請(qǐng)大家給指條路。 [ Last edited by invincibly on 2011-5-18 at 16:40 ] |
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kaegi
金蟲(chóng) (小有名氣)
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invincibly(金幣+1):謝謝參與
gmy1990(金幣+1): 非常感謝你對(duì)論壇的貢獻(xiàn)，獎(jiǎng)勵(lì)一下！ 2011-05-18 21:38:47
invincibly(金幣+15): 謝謝你的回復(fù)，這對(duì)我的幫助很大，我覺(jué)得也應(yīng)該做一下IRC。我也是才做過(guò)渡態(tài)，很多事情不清楚，希望有經(jīng)驗(yàn)的蟲(chóng)子們能解答你的疑惑�？傊浅８兄x你！ 2011-05-18 22:03:05
invincibly(金幣+1):謝謝參與
gmy1990(金幣+1): 非常感謝你對(duì)論壇的貢獻(xiàn)，獎(jiǎng)勵(lì)一下！ 2011-05-18 21:38:47
invincibly(金幣+15): 謝謝你的回復(fù)，這對(duì)我的幫助很大，我覺(jué)得也應(yīng)該做一下IRC。我也是才做過(guò)渡態(tài)，很多事情不清楚，希望有經(jīng)驗(yàn)的蟲(chóng)子們能解答你的疑惑�？傊浅８兄x你！ 2011-05-18 22:03:05
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個(gè)人認(rèn)為這個(gè)過(guò)程簡(jiǎn)單來(lái)看無(wú)非是3種情況。 第一，無(wú)過(guò)渡態(tài)且體系的能量在鍵的斷裂過(guò)程中是不斷下降的。一般要這個(gè)鍵非常不穩(wěn)定才可能出現(xiàn)這種情況。不過(guò)我猜樓主想模擬的鍵應(yīng)該不是這種情況。 第二，無(wú)過(guò)渡態(tài)且體系能量在鍵的斷裂過(guò)程中是不斷上升的，直到生成的兩個(gè)自由基被分離到無(wú)窮遠(yuǎn)。一般這就是鍵能ＢＤＥ的計(jì)算，用斷裂之后形成的兩個(gè)獨(dú)立的自由基分子碎片的能量減去反應(yīng)物的能量。 第三，有過(guò)渡態(tài)存在，體系能量隨著鍵的斷裂先升后降低。樓主既然找到了一個(gè)過(guò)渡態(tài)，那么可以看看虛頻的震動(dòng)模式是否正確，如果正確可以做個(gè)IRC分析看看是否此過(guò)渡態(tài)真的連接你的反應(yīng)物和產(chǎn)物。 在做iRC分析的時(shí)候我有點(diǎn)疑惑，對(duì)于IRC分析所找到的過(guò)渡態(tài)之后的類(lèi)產(chǎn)物分子可能需要指定自旋多重度為3才對(duì)。至于勢(shì)能面掃描為什么沒(méi)有過(guò)渡態(tài)我就不太清楚了，是否勢(shì)能曲線(xiàn)屬于直升或直降，沒(méi)有一點(diǎn)幅度？還是說(shuō)掃描的間距太寬，漏過(guò)了過(guò)渡態(tài)？ 我屬菜鳥(niǎo)，如果有錯(cuò)誤歡迎高手指明，以免誤人子弟 |
3樓2011-05-18 20:26:53
invincibly
金蟲(chóng) (小有名氣)
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還是想請(qǐng)問(wèn)一下你關(guān)于鍵斷裂的問(wèn)題。之前算過(guò)渡態(tài)的時(shí)候發(fā)現(xiàn)虛頻比較小，只有-16，聽(tīng)說(shuō)這樣是不能確認(rèn)為過(guò)渡態(tài)的。所以就重算過(guò)渡態(tài)。在做過(guò)渡態(tài)的輸入文件時(shí)，我的產(chǎn)物（即把鍵拉伸20%）坐標(biāo)是沒(méi)有優(yōu)化計(jì)算而人為做進(jìn)去的，后來(lái)想想這樣做不對(duì)，應(yīng)該優(yōu)化后再算過(guò)渡態(tài)。但是今天發(fā)現(xiàn)拉伸了之后優(yōu)化完它又變回去了，請(qǐng)問(wèn)這種情況應(yīng)該怎么辦？！ 非常感謝！ |
4樓2011-05-23 09:58:38
kaegi
金蟲(chóng) (小有名氣)
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樓主要找的是一個(gè)鍵斷裂的過(guò)渡態(tài)，一般虛頻不會(huì)這么小。但是要看振動(dòng)的方向是否正確，如果振動(dòng)模式的確為鍵的斷裂，接下來(lái)可以做一下IRC分析，看看是否確為聯(lián)系你反應(yīng)物和產(chǎn)物。如果是，那么我個(gè)人覺(jué)得這個(gè)可以作為你的過(guò)渡態(tài)的。 另外找過(guò)渡態(tài)樓主可以根據(jù)你的直覺(jué)來(lái)判斷這個(gè)過(guò)渡態(tài)到底是更接近于反應(yīng)物還是產(chǎn)物。假設(shè)更接近于產(chǎn)物，那么你可以把產(chǎn)物中形成的那個(gè)鍵拉長(zhǎng)（多少說(shuō)不定）。然后直接按關(guān)鍵詞opt=(ts,calcfc,noeigentest)進(jìn)行計(jì)算，而不要再按穩(wěn)態(tài)進(jìn)行優(yōu)化了，否則你就回到某一穩(wěn)定結(jié)構(gòu)了，及背道而馳。 |
5樓2011-05-23 10:05:23
tiechong
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7樓2011-07-02 00:16:25
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