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mirror3895

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[求助] NCBI登錄號(hào)申請(qǐng)相關(guān)問題

分離的菌株想在NCBI上申請(qǐng)序列號(hào)，用sequin提交相關(guān)資料后，對(duì)方給我發(fā)回這么一封信：
Dear Dr. Huang:

We are currently processing your GenBank records JF772465-JF772548
and have come across a point that requires your attention.

BLAST similarity search analysis indicates that the following sequence
may be misassembled:

JF772520

This sequence contains a mixture of plus and minus strand sequence which
is biologically incorrect. We have appended an example BLAST result below
for your information. Please provide a revised FASTA file with the
corrected sequence.

In addition, BLAST similarity search analysis indicates that many
of your sequences contain little or no similarity to ribosomal RNA
sequences in the database at the 5' and 3' ends. Ribosomal RNAs are
generally highly conserved and thus, we would expect to see similarity
to other rRNA sequences over the entire length.

這是信的內(nèi)容。以前也申請(qǐng)過，但是沒遇到過這個(gè)問題，看不太懂。不知道哪位高手能幫忙解答一下嗎？先謝謝了

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大蝦救命！求助關(guān)于NCBI登錄號(hào)申請(qǐng)過程中要求提交“clone name”問題。已經(jīng)有3人回復(fù)

1樓 2011-05-23 15:00:29

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scelab

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【答案】應(yīng)助回帖

mirror3895(金幣+2): 謝謝解答呵呵 2011-05-23 19:07:14
amisking(EPI+1): 鼓勵(lì)應(yīng)助 2011-05-23 20:22:36
mirror3895(金幣+1): 2011-05-30 13:54:20

This sequence contains a mixture of plus and minus strand sequence which
is biologically incorrect. We have appended an example BLAST result below
for your information. Please provide a revised FASTA file with the
corrected sequence.
這個(gè)說你正負(fù)鏈有拼錯(cuò)的地方，根據(jù)他推薦的seq，看看自己到底哪里錯(cuò)了（如果確定沒問題，可以回復(fù)說就是這樣）

In addition, BLAST similarity search analysis indicates that many
of your sequences contain little or no similarity to ribosomal RNA
sequences in the database at the 5' and 3' ends. Ribosomal RNAs are
generally highly conserved and thus, we would expect to see similarity
to other rRNA sequences over the entire length.
你的3,5端的序列是測(cè)出來的嗎？還是引物加上去的？因?yàn)檫@部分的相當(dāng)保守，而admin認(rèn)為你的seq理由非正常的序列。
你的seq是全長(zhǎng)嗎？
他問到這些問題，之前可能就混過去了，現(xiàn)在不行了，呵呵，大家都很牛的~

ps：對(duì)admin的專業(yè)及敬業(yè)表示欽佩~~~

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2樓2011-05-23 18:42:48

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引用回帖:

Originally posted by scelab at 2011-05-23 18:42:48:
This sequence contains a mixture of plus and minus strand sequence which
is biologically incorrect. We have appended an example BLAST result below
for your information. Please provide a revise ...

再問一下，我的序列是測(cè)序公司拼接好后直接返給我的，難道要一個(gè)個(gè)去檢查嗎？

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3樓2011-05-23 19:08:13

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scelab

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【答案】應(yīng)助回帖

mirror3895(金幣+1): 2011-05-24 18:51:05

引用回帖:

Originally posted by mirror3895 at 2011-05-23 19:08:13:
再問一下，我的序列是測(cè)序公司拼接好后直接返給我的，難道要一個(gè)個(gè)去檢查嗎？

最好，不能全信公司。。。
而且，你的序列有載體序列嗎？要去掉哦~

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4樓2011-05-23 19:33:42

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引用回帖:

Originally posted by scelab at 2011-05-23 19:33:42:
最好，不能全信公司。。。
而且，你的序列有載體序列嗎？要去掉哦~

確定載體都去掉了，因?yàn)槭怯胹equin提交的，可以檢測(cè)載體污染

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5樓2011-05-23 19:57:37

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引用回帖:

Originally posted by mirror3895 at 2011-05-23 19:57:37:
確定載體都去掉了，因?yàn)槭怯胹equin提交的，可以檢測(cè)載體污染

感覺你是高手啊，請(qǐng)教一下，我現(xiàn)在該怎么做呢？

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6樓2011-05-23 19:59:25

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mirror3895(金幣+1): 2011-05-23 22:01:33

引用回帖:

Originally posted by mirror3895 at 2011-05-23 19:59:25:
感覺你是高手啊，請(qǐng)教一下，我現(xiàn)在該怎么做呢？

不高~
JF772465-JF772548。。。你的是批量生產(chǎn)啊。。。
不明真相，沒法提供意見~
建議自己把每條seq都比對(duì)分析下~~~（這樣最好）
但是admin只指出一條來，那就重點(diǎn)搞這一條吧，請(qǐng)教下身邊的高手，看看到底問題在哪里？（個(gè)人感覺公司拼錯(cuò)的可能性大）
祝好運(yùn)~

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7樓2011-05-23 21:03:01

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引用回帖:

Originally posted by scelab at 2011-05-23 21:03:01:

不高~
JF772465-JF772548。。。你的是批量生產(chǎn)啊。。。
不明真相，沒法提供意見~
建議自己把每條seq都比對(duì)分析下~~~（這樣最好）
但是admin只指出一條來，那就重點(diǎn)搞這一條吧，請(qǐng)教下身邊的高手，看看到 ...

因?yàn)闇y(cè)了很多嘛，所以一起申請(qǐng)的。我們每次測(cè)序結(jié)果都是別人幫拼接好的，哎

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8樓2011-05-23 22:02:33

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