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mirror3895鐵桿木蟲 (正式寫手)
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[求助]
NCBI登錄號申請相關(guān)問題
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分離的菌株想在NCBI上申請序列號，用sequin提交相關(guān)資料后，對方給我發(fā)回這么一封信： Dear Dr. Huang: We are currently processing your GenBank records JF772465-JF772548 and have come across a point that requires your attention. BLAST similarity search analysis indicates that the following sequence may be misassembled: JF772520 This sequence contains a mixture of plus and minus strand sequence which is biologically incorrect. We have appended an example BLAST result below for your information. Please provide a revised FASTA file with the corrected sequence. In addition, BLAST similarity search analysis indicates that many of your sequences contain little or no similarity to ribosomal RNA sequences in the database at the 5' and 3' ends. Ribosomal RNAs are generally highly conserved and thus, we would expect to see similarity to other rRNA sequences over the entire length. 這是信的內(nèi)容。以前也申請過，但是沒遇到過這個問題，看不太懂。不知道哪位高手能幫忙解答一下嗎？先謝謝了 |
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mirror3895
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3樓2011-05-23 19:08:13
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【答案】應助回帖
mirror3895(金幣+2): 謝謝解答呵呵 2011-05-23 19:07:14
amisking(EPI+1): 鼓勵應助 2011-05-23 20:22:36
mirror3895(金幣+1): 2011-05-30 13:54:20
amisking(EPI+1): 鼓勵應助 2011-05-23 20:22:36
mirror3895(金幣+1): 2011-05-30 13:54:20
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This sequence contains a mixture of plus and minus strand sequence which is biologically incorrect. We have appended an example BLAST result below for your information. Please provide a revised FASTA file with the corrected sequence. 這個說你正負鏈有拼錯的地方，根據(jù)他推薦的seq，看看自己到底哪里錯了（如果確定沒問題，可以回復說就是這樣） In addition, BLAST similarity search analysis indicates that many of your sequences contain little or no similarity to ribosomal RNA sequences in the database at the 5' and 3' ends. Ribosomal RNAs are generally highly conserved and thus, we would expect to see similarity to other rRNA sequences over the entire length. 你的3,5端的序列是測出來的嗎？還是引物加上去的？因為這部分的相當保守，而admin認為你的seq理由非正常的序列。 你的seq是全長嗎？ 他問到這些問題，之前可能就混過去了，現(xiàn)在不行了，呵呵，大家都很牛的~ ps：對admin的專業(yè)及敬業(yè)表示欽佩~~~  |
2樓2011-05-23 18:42:48
scelab
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4樓2011-05-23 19:33:42
mirror3895
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5樓2011-05-23 19:57:37
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