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meteoric30

木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)

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[求助] 計(jì)算orbital composition

我簡(jiǎn)單計(jì)算了甲醇的單點(diǎn)能基組6-31g** pop=reg得到
Molecular Orbital Coefficients
                        5       6       7       8       9
                     (A)--O (A)--O (A)--O (A)--O (A)--O
   EIGENVALUES -- -0.50123  -0.43327  -0.41890  -0.32941  -0.26492
1 1 C  1S       0.02599 0.00000  -0.00543 0.01363 0.00000
2       2S       -0.04962 0.00001 0.01119  -0.03358 0.00000
3       2PX       -0.23161 0.00004  -0.27326 0.11697 0.00000
4       2PY       0.21363 0.00003  -0.30666  -0.26989 0.00001
5       2PZ       0.00001 0.42015 0.00004 0.00000  -0.17876
6       3S       -0.05786 0.00002 0.02227  -0.03258 0.00000
7       3PX       -0.07912 0.00002  -0.11207 0.03513 0.00000
8       3PY       0.09332 0.00000  -0.15399  -0.07930 0.00000
9       3PZ       -0.00001 0.17326 0.00003 0.00000  -0.02244
  10       4XX       0.02178 0.00000 0.01845  -0.00832 0.00000
  11       4YY       -0.00188  -0.00002  -0.02006  -0.00488 0.00002
  12       4ZZ       -0.01434 0.00002 0.00052 0.01518  -0.00002
  13       4XY       -0.00986 0.00000  -0.00836  -0.02462 0.00000
  14       4XZ       0.00000 0.00249 0.00000 0.00000  -0.03162
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  16 2 H  1S       0.02750  -0.00013  -0.23672  -0.17711 0.00011
  17       2S       0.01577  -0.00009  -0.18684  -0.18524 0.00015
  18       3PX       -0.00412 0.00000 0.00113 0.00336 0.00000
  19       3PY       0.00185 0.00001 0.00617 0.00333  -0.00001
  20       3PZ       0.00000 0.00779  -0.00001  -0.00001  -0.00486
  21 3 H  1S       -0.11948  -0.20300 0.03706 0.11400 0.14852
  22       2S       -0.07696  -0.17200 0.02421 0.13849 0.19822
  23       3PX       -0.00066 0.00461  -0.00480 0.00065 0.00034
  24       3PY       0.00006  -0.00539  -0.00425  -0.00360 0.00311
  25       3PZ       -0.00584  -0.00226 0.00174 0.00534 0.00115
  26 4 H  1S       -0.11936 0.20314 0.03689 0.11378  -0.14863
  27       2S       -0.07687 0.17210 0.02406 0.13825  -0.19837
  28       3PX       -0.00066  -0.00461  -0.00480 0.00065  -0.00034
  29       3PY       0.00007 0.00539  -0.00425  -0.00361  -0.00311
  30       3PZ       0.00584  -0.00227  -0.00174  -0.00533 0.00116
  31 5 O  1S       -0.03947 0.00000 0.03131  -0.06665 0.00000
  32       2S       0.09216 0.00000  -0.05801 0.12995 0.00000
  33       2PX       0.28346  -0.00003 0.34108  -0.19977 0.00000
  34       2PY       0.31776 0.00001  -0.12932 0.42084 0.00000
  35       2PZ       0.00000 0.25642 0.00003 0.00001 0.59486
  36       3S       0.14668 0.00001  -0.14062 0.32712  -0.00001
  37       3PX       0.12762  -0.00002 0.19338  -0.14321 0.00000
  38       3PY       0.16321 0.00001  -0.08316 0.28146 0.00000
  39       3PZ       0.00000 0.16208 0.00002 0.00000 0.45628
  40       4XX       0.01207 0.00000 0.00965  -0.00899 0.00000
  41       4YY       -0.02116 0.00000 0.00558  -0.03088 0.00000
  42       4ZZ       0.00150 0.00000 0.00106  -0.00012 0.00000
  43       4XY       0.00010 0.00000  -0.02405 0.00764 0.00000
  44       4XZ       0.00000 0.01420 0.00000 0.00000 0.00830
  45       4YZ       0.00000  -0.01107 0.00000 0.00000  -0.02046
  46 6 H  1S       -0.21191 0.00001  -0.04498  -0.15220 0.00000
  47       2S       -0.13754 0.00000  -0.04682  -0.12187 0.00001
  48       3PX       -0.00194 0.00000 0.01073  -0.01014 0.00000
  49       3PY       -0.01180 0.00000  -0.00761 0.00213 0.00000
  50       3PZ       0.00000 0.00855 0.00000 0.00000 0.01974
可是如何才能得到原子或者基團(tuán)在HOMO LUMO中所占百分比？
如看文獻(xiàn)中
Ru HOMO 25.3% NSC 32.8%
      LOMO 6.96%             0.727%

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【其他】征集第一性原理計(jì)算方面牛人的主頁(yè)【活動(dòng)結(jié)束】已經(jīng)有80人回復(fù)

1樓 2011-05-24 17:29:15

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meteoric30(金幣+10): 能詳細(xì)些么 2011-05-26 11:30:16

pop=nbo

111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111

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更痛苦的是夢(mèng)沒(méi)醒路已經(jīng)不能走了

2樓2011-05-26 05:13:33

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kaegi

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【答案】應(yīng)助回帖

meteoric30(金幣+5): 3q a lot 2011-05-26 11:20:40
meteoric30(金幣+5): 2011-05-26 16:13:52

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Originally posted by meteoric30 at 2011-05-24 17:29:15:
我簡(jiǎn)單計(jì)算了甲醇的單點(diǎn)能基組6-31g** pop=reg得到
Molecular Orbital Coefficients
5 6 7 8 9
(A)--O (A)--O ( ...

http://web.rfeda.net/dp-bbsthread-793103.html
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3樓2011-05-26 10:54:31

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Originally posted by mchen10 at 2011-05-26 05:13:33:
pop=nbo

111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111

我用甲烷分子簡(jiǎn)略的做了一下HOMO分析：它的HOMO是第５個(gè)軌道 Molecular Orbital Coefficients 1 2 3 4 5 (A1)--O (A1)--O (T2)--O (T2)--O (T2)--O EIGENVALUES -- -10.14326-0.70258-0.39844-0.39844-0.39844 1 1 C1S 0.56289-0.10958 0.00000 0.00000 0.00000 2 2S 0.46308-0.16939 0.00000 0.00000 0.00000 3 2PX 0.00000 0.00000 0.20725 0.00000 0.00000 4 2PY 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.20725 5 2PZ 0.00000 0.00000 0.00000 0.20725 0.00000 6 3S 0.02002 0.43848 0.00000 0.00000 0.00000 7 3PX 0.00000 0.00000 0.29256 0.00000 0.00000 8 3PY 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.29256 9 3PZ 0.00000 0.00000 0.00000 0.29256 0.0000010 4S -0.00309 0.25481 0.00000 0.00000 0.00000（后面的就不貼出來(lái)了）　　我把第HOMO（第５列）的所有數(shù)平方后求和，然后分辨把1C，2H，3H，4H，5H的軌道的平方和除以HOMO（第5列）的所有系數(shù)的平方和，從而得到各原子在甲烷分子的HOMO中所占比例： 1C占了0.527013397 2H占了0.118246651 3H占了0.118246651 4H占了0.118246651 5H占了0.118246651請(qǐng)教大俠們，具體是不是這樣算的？

大俠，這樣對(duì)嗎？
我做了 pop=nbo，但是輸出文件中如何才能得到homo中每個(gè)原子的所占的比例呢？請(qǐng)大俠指明。

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4樓2011-05-26 11:29:43

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Originally posted by kaegi at 2011-05-26 10:54:31:
http://web.rfeda.net/dp-bbsthread-793103.html
以供參考

我覺(jué)得他的平方和不等于一是因?yàn)橛行┸壍浪急壤?因此被省略導(dǎo)致但是我計(jì)算了甲醇的才0.729，如果用部分除以不等于1的那一項(xiàng)（0.729）總感覺(jué)不是太對(duì) 更傾向于直接平方和所得的數(shù)。

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5樓2011-05-26 11:33:51

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Originally posted by meteoric30 at 2011-05-26 11:33:51:
我覺(jué)得他的平方和不等于一是因?yàn)橛行┸壍浪急壤?因此被省略導(dǎo)致但是我計(jì)算了甲醇的才0.729，如果用部分除以不等于1的那一項(xiàng)（0.729）總感覺(jué)不是太對(duì) 更傾向于直接平方和所得的數(shù)。

我猜是因?yàn)樗谐龅能壍啦⒉皇撬熊壍溃瑯侵魅绻胣bo=full看看會(huì)怎么樣。不過(guò)這個(gè)其實(shí)我也不會(huì)，期待有人可以研究出來(lái)。

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6樓2011-05-26 14:14:47

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Originally posted by kaegi at 2011-05-26 14:14:47:
我猜是因?yàn)樗谐龅能壍啦⒉皇撬熊壍�，樓主如果用nbo=full看看會(huì)怎么樣。不過(guò)這個(gè)其實(shí)我也不會(huì)，期待有人可以研究出來(lái)。

full的話輸出的軌道比reg多 nbo 我實(shí)在是不懂如何尋找前線軌道組成。

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7樓2011-05-26 15:15:14

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http://www.gaoyang168.com/html/200811/1078422.html
這個(gè)不知道能否符合你的要求

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8樓2011-05-26 15:28:02

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9樓2011-05-26 16:10:09

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meteoric30

木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)

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回復(fù)此樓

10樓2011-05-26 16:10:17

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