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spring965

金蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)

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[求助] [求助] 高斯尋找過(guò)渡態(tài)

尋找金屬離子Be2+與單個(gè)配體反應(yīng)的過(guò)渡態(tài) ，
可能初始猜測(cè)結(jié)構(gòu)給的不太好，opt=ts未找到，
1)opt=ts，在過(guò)渡態(tài)結(jié)構(gòu)輸入時(shí)有什么經(jīng)驗(yàn)可循嗎？哪位高手給點(diǎn)建議？
2）直接scan可以嗎？scan時(shí)只掃描“Be-C”鍵長(zhǎng)的變化，還是需要綜合考慮其它？

配合物結(jié)構(gòu)如下：

6          0       0.610963 -1.196107 0.000000
1          0       1.236514 -2.077356 0.000000
6          0       0.000000 0.922808 0.000000
7          0    -1.051904 0.080234 0.000000
7          0       1.069047 0.081581 0.000000
1          0    -2.045785 0.300642 0.000000
1          0       2.051648 0.340885 0.000000
7          0    -0.704260 -1.201145 0.000000
4          0    -0.024584 2.587732 0.000000

[ Last edited by spring965 on 2011-5-25 at 14:39 ]

回復(fù)此樓

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1樓 2011-05-25 12:09:26

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

kaegi

金蟲(chóng) (小有名氣)

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spring965(金幣+10): 謝謝 2011-06-03 08:51:22
spring965(金幣+10): O(∩_∩)O謝謝 2011-06-17 07:39:30

引用回帖:

Originally posted by spring965 at 2011-05-25 12:09:26:
尋找金屬離子Be2+與單個(gè)配體反應(yīng)的過(guò)渡態(tài) ，
可能初始猜測(cè)結(jié)構(gòu)給的不太好，opt=ts未找到，
1)opt=ts，在過(guò)渡態(tài)結(jié)構(gòu)輸入時(shí)有什么經(jīng)驗(yàn)可循嗎？哪位高手給點(diǎn)建議？
2）直接scan可以嗎？scan時(shí)只掃描“Be-C”鍵長(zhǎng) ...

從樓主的描述來(lái)看，這個(gè)應(yīng)該是要找一個(gè)兩個(gè)化合物結(jié)合過(guò)程中的過(guò)渡態(tài)。樓主可以用opt=modredundant命令，掃描這個(gè)成鍵的鍵長(zhǎng)，看看是否真的存在一個(gè)過(guò)渡態(tài)。用scan也可以。如果掃描過(guò)程中有一個(gè)能量頂點(diǎn)，說(shuō)明可能是有一個(gè)過(guò)渡態(tài)。把這個(gè)能量頂點(diǎn)對(duì)應(yīng)的結(jié)構(gòu)作為你的過(guò)渡態(tài)起始結(jié)構(gòu)，用opt=(ts,calcfc,noeigentest) freq命令進(jìn)行計(jì)算尋找。最后通過(guò)freq計(jì)算的頻率是否有虛頻以及該虛頻對(duì)應(yīng)的震動(dòng)模式是否合理來(lái)判斷。

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回復(fù)此樓

2樓2011-05-26 14:28:17

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