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spring965

金蟲 (正式寫手)

應助: 0 (幼兒園)
金幣: 924.7
散金: 218
紅花: 1
帖子: 332
在線: 133.6小時
蟲號: 519290
注冊: 2008-03-06
專業(yè): 理論和計算化學

[求助] [求助] 高斯尋找過渡態(tài)

尋找金屬離子Be2+與單個配體反應的過渡態(tài) ，
可能初始猜測結構給的不太好，opt=ts未找到，
1)opt=ts，在過渡態(tài)結構輸入時有什么經驗可循嗎？哪位高手給點建議？
2）直接scan可以嗎？scan時只掃描“Be-C”鍵長的變化，還是需要綜合考慮其它？

配合物結構如下：

6          0       0.610963 -1.196107 0.000000
1          0       1.236514 -2.077356 0.000000
6          0       0.000000 0.922808 0.000000
7          0    -1.051904 0.080234 0.000000
7          0       1.069047 0.081581 0.000000
1          0    -2.045785 0.300642 0.000000
1          0       2.051648 0.340885 0.000000
7          0    -0.704260 -1.201145 0.000000
4          0    -0.024584 2.587732 0.000000

[ Last edited by spring965 on 2011-5-25 at 14:39 ]

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1樓 2011-05-25 12:09:26

已閱回復此樓關注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

kaegi

金蟲 (小有名氣)

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專業(yè): 物理有機化學

【答案】應助回帖

spring965(金幣+10): 謝謝 2011-06-03 08:51:22
spring965(金幣+10): O(∩_∩)O謝謝 2011-06-17 07:39:30

引用回帖:

Originally posted by spring965 at 2011-05-25 12:09:26:
尋找金屬離子Be2+與單個配體反應的過渡態(tài) ，
可能初始猜測結構給的不太好，opt=ts未找到，
1)opt=ts，在過渡態(tài)結構輸入時有什么經驗可循嗎？哪位高手給點建議？
2）直接scan可以嗎？scan時只掃描“Be-C”鍵長 ...

從樓主的描述來看，這個應該是要找一個兩個化合物結合過程中的過渡態(tài)。樓主可以用opt=modredundant命令，掃描這個成鍵的鍵長，看看是否真的存在一個過渡態(tài)。用scan也可以。如果掃描過程中有一個能量頂點，說明可能是有一個過渡態(tài)。把這個能量頂點對應的結構作為你的過渡態(tài)起始結構，用opt=(ts,calcfc,noeigentest) freq命令進行計算尋找。最后通過freq計算的頻率是否有虛頻以及該虛頻對應的震動模式是否合理來判斷。

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