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zct2008至尊木蟲 (著名寫手)
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[求助]
求助：基因組文庫構(gòu)建時一般用什么Marker？
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| 本人正在構(gòu)建一個細(xì)菌基因組文庫，按照《分子克隆實(shí)驗(yàn)指南》，提取全基因組以后用Sau3AI進(jìn)行部分酶切，然后電泳分離30-45kb大小的片段。想請教一下大家：電泳分離30-45kb大小的片段時一般用什么Marker？一般常用的Marker沒有這么大的，不知道大家都是用什么作為分子量標(biāo)準(zhǔn)的？請做過基因組文庫構(gòu)建的朋友幫忙，非常感謝！ |
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srlee
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★
zct2008(金幣+1): 謝謝幫助！ 2011-07-08 15:37:06
西瓜(金幣+6, EPI+1): 一起獎勵了！ 2011-07-08 19:15:28
zct2008(金幣+1): 謝謝幫助！ 2011-07-08 15:37:06
西瓜(金幣+6, EPI+1): 一起獎勵了！ 2011-07-08 19:15:28
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1）如果是建BAC文庫的話，分離DNA用脈沖場跑效果很好，根據(jù)你自己實(shí)驗(yàn)的需要選擇合適的marker。 2）如果是建fosmid文庫的話，用低電壓過夜電泳足夠了，在沒有control marker的條件下，選用λHindIII 也可以用。 3）在脈沖場電泳中，由于λHindIII marker太小我沒有用過，所以對其在跑電泳過程中的遷移距離也沒有概念，不好意思！ 4）分離大片段DNA是不是一定要用脈沖場電泳？我只能說根據(jù)自己的實(shí)驗(yàn)需求來合理安排實(shí)驗(yàn)！ |
10樓2011-07-08 15:12:26
zct2008
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2樓2011-06-01 20:35:28
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5樓2011-07-07 07:36:21
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★
zct2008(金幣+2): 謝謝！有構(gòu)建文庫的試劑盒嗎？能否推薦幾個比較好的公司？另外，λHindIII marker最大只有23130bp，還是不太合適。 2011-07-07 15:52:53
西瓜(金幣+3): Good！可否回答樓主下面的追問？ 2011-07-07 22:36:08
zct2008(金幣+2): 謝謝！有構(gòu)建文庫的試劑盒嗎？能否推薦幾個比較好的公司？另外，λHindIII marker最大只有23130bp，還是不太合適。 2011-07-07 15:52:53
西瓜(金幣+3): Good！可否回答樓主下面的追問？ 2011-07-07 22:36:08
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1）用試劑盒構(gòu)建文庫可能比較快速和高效，好多公司也都有賣。 2）至于marker，在cosmid或fosmid試劑盒中會提供一個42kb的control DNA。 3）其實(shí)，要是建cosmid這樣30-40kb的文庫的話，用λHindIII marker也可以用的。 |
6樓2011-07-07 12:18:45
7樓2011-07-07 21:33:30
srlee
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【答案】應(yīng)助回帖
zct2008(金幣+2): 謝謝您的回復(fù)！我試一試，如有問題再請教你，呵呵…… 2011-07-08 15:35:05
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λHindIII 最大條帶確實(shí)是23Kb，如果是低電壓過夜電泳（脈沖場電泳就另說了）的話，建文庫要割膠回收的30-40K條帶也就在23kb上面一點(diǎn)點(diǎn)，如果建文庫時找不到40kb左右的marker完全可以用它指示一下，等你做的多了就明白了。 另，回答樓上zct2008關(guān)于試劑盒問題，我們實(shí)驗(yàn)室常用EPICENTRE公司的cosmid或fosmid試劑盒。 |
8樓2011-07-08 10:46:14
9樓2011-07-08 14:34:02
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