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[交流] 那些基因可以反映組織內(nèi)ATP的濃度？

如果細(xì)胞內(nèi)ATP合成途徑中某部分受阻，ATP含量下降，那些基因可以被ATP減少所誘導(dǎo)，迅速反映出這種變化呢？就想Mt4基因可以受到磷酸鹽濃度的影響，作為一種指示基因，那些可以作為ATP的指示基因？

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1樓 2011-06-17 14:36:50

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7788945(金幣+1): 2011-06-18 12:09:57

我覺得應(yīng)該這樣理解這個(gè)問題，ATP是所有細(xì)胞必須的，相關(guān)基因可能是管家基因。管家基因表達(dá)水平受環(huán)境因素影響較小，而是在個(gè)體各個(gè)生長(zhǎng)階段的大多數(shù)、或幾乎全部組織中持續(xù)表達(dá)，或變化很小。它的表達(dá)只受啟動(dòng)序列或啟動(dòng)子與RNA聚合酶相互作用的影響，而不受其他機(jī)制調(diào)節(jié)。

我的說法只是一個(gè)猜測(cè)。請(qǐng)專家回答這個(gè)深度問題。

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2樓2011-06-17 15:50:39

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Originally posted by gwbk at 2011-06-17 15:50:39:
我覺得應(yīng)該這樣理解這個(gè)問題，ATP是所有細(xì)胞必須的，相關(guān)基因可能是管家基因。管家基因表達(dá)水平受環(huán)境因素影響較小，而是在個(gè)體各個(gè)生長(zhǎng)階段的大多數(shù)、或幾乎全部組織中持續(xù)表達(dá)，或變化很小。它的表達(dá)只受啟動(dòng)序 ...

合成ATP的基因肯定是恒定表達(dá)，比如ATP合成酶的各亞基恒定表達(dá)，但如果人為的加上某條件去阻斷ATP的合成，比如使用魚藤酮，氰化物阻斷正常的呼吸鏈，ATP的合成應(yīng)該減少（即使抗氰呼吸增強(qiáng)，ATP的量也應(yīng)比正常呼吸少），這個(gè)時(shí)候哪些基因會(huì)響應(yīng)ATP的減少，而在轉(zhuǎn)錄水平發(fā)生較大變化？

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3樓2011-06-17 16:22:12

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西瓜(金幣+2): 鼓勵(lì)交流。樓主說的不是ATP合成相關(guān)基因的變化啦，而是受ATP濃度影響的基因有哪些。 2011-06-18 10:28:41
7788945(金幣+1): 2011-06-18 12:09:49

你腫么老想著轉(zhuǎn)錄水平變化呢

1，這個(gè)問題看起來很復(fù)雜。從ATP合成機(jī)制上看，無論是底物水平磷酸化，還是氧化磷酸化的ATP合成酶合成ATP，這些相關(guān)基因在組織細(xì)胞內(nèi)表達(dá)不會(huì)受環(huán)境變化而變化。之所以這么想，是因?yàn)槠咸烟�、脂肪降解是ATP的最終來源。最終實(shí)現(xiàn)ATP或者NADH、FADH2轉(zhuǎn)化的是糖酵解、TCA、脂肪氧化進(jìn)入TCA。沒有考證TCA各個(gè)酶受誘導(dǎo)情況，但是我覺得，這些基因的表達(dá)，不受外界信號(hào)變化而變化。

2，你說的加一些抑制劑，解偶聯(lián)劑，解除氧化磷酸化歐聯(lián)從而降低ATP合成，ATP合成減少，隨著ATP被利用，ADP增多，肯定會(huì)引起組織細(xì)胞一些列變化，但我了解到的都是生理生化上的變化。比如線粒體的緊縮態(tài)和活動(dòng)態(tài)的轉(zhuǎn)變。但是好像沒有進(jìn)一步誘導(dǎo)ATP合酶、NADH、FADH2氧化磷酸化電子傳遞鏈蛋白對(duì)應(yīng)的這些管家基因的變化。

3，ATP好像與第二信使cAMP信號(hào)傳導(dǎo)除了底物與產(chǎn)物的關(guān)系，并沒有信號(hào)上的關(guān)系。

總結(jié)：
1，無論是糖酵解、TCA、脂肪氧化，還是ATP合酶、電子遞鏈蛋白系統(tǒng)、cAMP。細(xì)胞生理生化變化，轉(zhuǎn)錄水平好像沒有什么變化。
2，ATP減少會(huì)引起葡萄糖、脂肪的加速降解，但是資料上找不到轉(zhuǎn)錄水平的變化。
3，水平有限，期待高手。

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4樓2011-06-17 22:58:15

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西瓜

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7788945(金幣+1): 2011-06-18 12:09:44

ATP不清楚，個(gè)人認(rèn)為應(yīng)該是有不少基因受ATP濃度影響的。

剛試了下google“ATP-dependent gene"有不少結(jié)果，樓主可以試試。

可以在相關(guān)文獻(xiàn)中查找“ATP level”，看看別人是怎么確定"ATP level"的，如果用的是某些基因的表達(dá)量（熒光定量PCR或者Western Blot”的結(jié)果），那么這些基因就是樓主需要的啦。

外行意見，僅供參考

[ Last edited by 西瓜 on 2011-6-18 at 10:39 ]

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5樓2011-06-18 10:32:19

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7788945(金幣+1): 2011-06-18 12:10:03

頂起來！

分子高手們，這個(gè)話題我也很感興趣，期待有比較好的線索、文獻(xiàn)，idea

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6樓2011-06-18 11:58:36

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引用回帖:

Originally posted by 西瓜 at 2011-06-18 10:32:19:
ATP不清楚，個(gè)人認(rèn)為應(yīng)該是有不少基因受ATP濃度影響的。

剛試了下google“ATP-dependent gene"有不少結(jié)果，樓主可以試試。

可以在相關(guān)文獻(xiàn)中查找“ATP level”，看看別人是怎么確定"ATP level&qu ...

sciencedirect上查了下，間接聯(lián)系的居多，下了幾篇還沒看完，開始覺得ATP分解代謝的可能受些影響，但是看了樓上蟲友說的，即使分解代謝的也是看家基因，轉(zhuǎn)錄水平上不會(huì)變化太大

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7樓2011-06-18 12:15:02

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Originally posted by gwbk at 2011-06-17 22:58:15:
你腫么老想著轉(zhuǎn)錄水平變化呢

1，這個(gè)問題看起來很復(fù)雜。從ATP合成機(jī)制上看，無論是底物水平磷酸化，還是氧化磷酸化的ATP合成酶合成ATP，這些相關(guān)基因在組織細(xì)胞內(nèi)表達(dá)不會(huì)受環(huán)境變化而變化。之所以這么想，是因 ...

轉(zhuǎn)錄水平的確不容易變化，一開始覺得ATP分解代謝相關(guān)的基因可能會(huì)減少，但是它們也是看家基因，轉(zhuǎn)錄水平應(yīng)該變化不大，活性降低通過別的途徑降低可能性較大，比如蛋白的修飾。糖和脂肪酸的分解會(huì)被ATP減少引發(fā)，但又不是唯一原因

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8樓2011-06-18 12:20:29

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1949stone(金幣+6): 鼓勵(lì) 學(xué)習(xí)下 2011-06-19 20:23:51

1，細(xì)胞質(zhì)的ATP水平是細(xì)胞凋亡或壞死的一個(gè)重要因素，當(dāng)ATP低于某個(gè)水平時(shí)，細(xì)胞就會(huì)激活凋亡機(jī)制。（細(xì)胞凋亡家族基因相關(guān)）。細(xì)胞凋亡時(shí)，需要葡萄糖分解保持較高的ATP水平（激光誘導(dǎo)癌細(xì)胞凋亡）
2，抑制底物水平磷酸化、氧化磷酸化（魚藤酮、放線菌素D、寡霉素），ATP水平下降，細(xì)胞3h內(nèi)啟動(dòng)凋亡機(jī)制。當(dāng)超過8h，細(xì)胞就會(huì)通過凋亡而死亡。ATP水平進(jìn)一步下降，細(xì)胞不是通過凋亡或者谷氨酸誘導(dǎo)的凋亡機(jī)制死亡，而是直接破裂壞死（氰化鉀）。
3，ATP通過激活轉(zhuǎn)錄抑制子抑制基因的表達(dá)。這個(gè)過程是可逆的。當(dāng)ATP量減少時(shí)，相關(guān)基因表達(dá)。
4，ATP可以激活NF-kB信號(hào)體系，啟動(dòng)免疫應(yīng)答和炎癥反應(yīng)。
5，線粒體中，基因轉(zhuǎn)錄通過ATP sensing 機(jī)制調(diào)節(jié)。

6，ATP水平影響固氮酶的開啟和關(guān)閉。

零零碎碎查了一些文獻(xiàn)，希望有更多的補(bǔ)充~~~~~

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10樓2011-06-18 13:18:20

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簡(jiǎn)單回復(fù)

li2219189樓

2011-06-18 12:27 回復(fù)

7788945(金幣+1):謝謝參與
1949stone: 這都可以啊 2011-06-19 20:23:35

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