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[求助]
新手想知道如何用Amber做蛋白質(zhì)分子固定某兩個(gè)或多個(gè)氨基酸距離的MD計(jì)算
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大家好，我是最近剛接觸Amber。 想對(duì)蛋白質(zhì)分子做一些MD模擬計(jì)算，基本操作會(huì)一些。 現(xiàn)在想把某兩個(gè)氨基酸之間的距離固定起來做計(jì)算。不知道有沒有可能。 如果有可能的話是要在mdin文件里寫入什么參數(shù)？ |
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3樓2011-07-05 10:48:28
2樓2011-06-29 06:26:02
futing1229
木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 2572.1
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- 帖子: 431
- 在線: 380.5小時(shí)
- 蟲號(hào): 942726
- 注冊(cè): 2010-01-15
- 性別: MM
- 專業(yè): 生物大分子結(jié)構(gòu)與功能
4樓2011-07-21 10:28:03
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★
御劍江湖(金幣+5, 模擬EPI+1): 鼓勵(lì)提供解決方案！ 2011-08-04 20:36:50
御劍江湖(金幣+5, 模擬EPI+1): 鼓勵(lì)提供解決方案！ 2011-08-04 20:36:50
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問題基本解決貼出我的input文件給有同樣問題的朋友參考一下： ＃md.in &cntrl nstlim = 30000, dt = 0.002, ntt = 1, ntb = 2, ntp = 1, tempi =300, temp0 = 300,ntc =2, ntf = 2, ntpr =100, ntwx = 100, iwrap = 1, nmropt = 1, / &wt type= 'END' / LISTOUT = POUT DISANG = RST.f #RST.f # 我這里要限制的是59 和1297兩原子的距離。 &rst iat = 59, 1297, r1=1.3, r2=1.8, r3=8, r4=16, rk2= 0,rk3=10, / 詳細(xì)的請(qǐng)參考這個(gè)教程：http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial4/ |
5樓2011-08-04 14:50:55
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