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全原子力場與RDF的分析是否有關(guān)系？如何對原子基團或者分子進行RDF分析？
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吉布斯系統(tǒng)Monte Carlo模擬的新手，想問大俠們一個問題。選擇全原子力場NERD進行的輕烴類氣液相平衡的模擬，想對平衡的液相進行RDF分析，不知是分析分子（或者原子基團）之間的RDF還是原子之間的RDF？這與所選的力場是否有關(guān)系，選擇全原子力場就必須對原子基團之間進行分析還是可以對單一原子分析？ 還有一個很頭疼的問題，選擇原子作為SETS比較容易，但是選擇分子或者基團的話，通過find patterns 可以選擇分子，但不能選擇基團，而且 這種sets 在RDF 或者是PCF中不能分析啊, 如何選擇原子基團或者是分子并進行RDF分析呢?   |
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yahoohoo
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4樓2011-06-29 13:10:35
yahoohoo
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2樓2011-06-29 01:32:28
 嗯，就是說用如果用NERD（全原子力場）是可以分析原子之間的RDF的，我想分析基團之間的RDF，但是不會選中原子基團作為SETS，使用的是MS4.0中Forcite/Anaysisi/Radial distribution function,用edit/select atoms還是edit/find patterns來選擇基團? 具體怎么怎么選? 大俠能指點一下嗎? 還想問大俠一個問題。下圖是我分析原子之間的一個RDF，怎么調(diào)整都是很粗糙，我看文獻上的都是很平滑的漂亮的曲線，由于畢業(yè)限制需要發(fā)文章，所以很急，能糊弄過去就行啊 ，希望您能提出寶貴意見.提這么多的問題，真是麻煩大俠了，大俠肯相助，我可以把所以的金幣都贈送給你  不勝感激！ |
3樓2011-06-29 07:40:52
5樓2011-06-29 16:07:20
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