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youcaoke銀蟲 (著名寫手)
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[交流]
請教一個southern blot問題 已有1人參與
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最近看了一篇文章，用southern來檢測某一基因在基因組中的拷貝數(shù)，提取基因組后，用三個酶（Eco R1 ， Hind III and Pst I）分別做了酶切，雜交結(jié)果為：Eco R1 和Hind III 酶切得到三條雜交帶，Pst I酶切得到5條雜交帶。 作者作了如下分析： “An examination of restriction sites within the genomic sequence indicated the presence of one Hind III site, three Pst I sites (two of the three fall into the same intron), but no Eco R1 site within the genomic sequence.” “Therefore, if the genome contains a single copy gene, a single band was expected from Eco R1 digestion; two bands were expected from Hind III digestion; and three bands were expected from Pst I digestion.” 如作者所說，基因組中只有一個Hind III site，為什么“two bands were expected from Hind III digestion”？基因組中不含Eco R1 site ，又怎么得到“a single band ”？ 求各位大蝦指點！感激不盡！ |
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youcaoke
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3樓2011-07-06 17:04:58
阿修羅Axuro
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silicare(EPI+1): 2011-07-07 17:41:25
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silicare(EPI+1): 2011-07-07 17:41:25
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首先，你要弄清楚一個概念，那就是他說的是基因中有幾個酶切位點，而不是基因組�；蚪M中各個酶的位點都是十分多十分多的。 他的意思是他的目的基因中不含ECOR1，那么他的目的基因的序列是不會被切斷的，而切斷的是目的基因外的基因組，假設(shè)目的基因叫A，那么A的前面和后面一定會有ECOR1的酶切位點，只是A的里面沒有，那么酶切后，A就是一個完整的片段，經(jīng)過與A相匹配的探針雜交，只能得到A這個片段的一條帶。 同理，A中間含有HIND3，那么A前面和后面的HIND3會將A切成一條片段，而A中間的HIND3又會將A切斷，把A切成了兩段，雜交時，探針會與這兩段去雜交，結(jié)果得到兩條帶。 |
2樓2011-07-06 11:21:32
阿修羅Axuro
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4樓2011-07-07 11:28:12
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