 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 查看: 3439 | 回復(fù): 41 | ||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點(diǎn)擊這里查看本話題的所有回帖 | ||
jianqin金蟲 (正式寫手)
|
[求助]
Gaussian幾何優(yōu)化后的鍵長(zhǎng)不合理
|
|
|
用Gaussian 09做分子幾何優(yōu)化。分子的部分結(jié)構(gòu)見圖1，具有兩個(gè)手性中心（C3和C6）。幾何優(yōu)化分步過程如下：先用chem3D MM2做初步優(yōu)化，再用PM3優(yōu)化（包括頻率分析），接下來用RHF 6-31G做優(yōu)化（包括頻率分析），計(jì)算均成功完成。但是分子中的碳硫鍵C3-S1（圖1），經(jīng)PM3優(yōu)化后，鍵長(zhǎng)1.882埃，基本合理，經(jīng)RHF 6-31G優(yōu)化后竟然變成3.172埃，顯然是不合理的。我的疑問如下： 我的這種分步優(yōu)化應(yīng)該是合理的吧？ 鍵長(zhǎng)不合理的情況是否與分子中包含手性中心有關(guān)？因?yàn)镃3是手性的，導(dǎo)致gaussian對(duì)碳硫鍵的處理不合理？（另一個(gè)手性中心C6周圍的鍵長(zhǎng)均在合理范圍內(nèi)） gaussian中對(duì)手性分子的幾何優(yōu)化有什么需要特別注意的嗎？ 6-31G的基組對(duì)于處理硫這樣的原子足夠嗎？ 補(bǔ)充：剛看到其他的帖子，認(rèn)為初始分子的構(gòu)型是否合理，對(duì)找到正確的優(yōu)化結(jié)構(gòu)很關(guān)鍵？那么我的分步優(yōu)化產(chǎn)生的構(gòu)型是否是比較合理的構(gòu)型呢？ [ Last edited by jianqin on 2011-7-15 at 09:40 ] |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
cif求助下載
已經(jīng)有1人回復(fù)
-
高效微納米儲(chǔ)能材料與產(chǎn)業(yè)化推進(jìn)實(shí)驗(yàn)室 蘇州 招收碩士研究生（含調(diào)劑）
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
物理化學(xué)論文潤(rùn)色/翻譯怎么收費(fèi)?
已經(jīng)有62人回復(fù)
-
高效微納米儲(chǔ)能材料與產(chǎn)業(yè)化推進(jìn)實(shí)驗(yàn)室 蘇州 招收碩士研究生（含調(diào)劑）
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
高效微納米儲(chǔ)能材料與產(chǎn)業(yè)化推進(jìn)實(shí)驗(yàn)室 蘇州 招收碩士研究生（含調(diào)劑）
已經(jīng)有2人回復(fù)
-
化學(xué)化工學(xué)院 招收化工、化學(xué)、材料等相關(guān)方向研究生（學(xué)碩、專碩都有調(diào)劑名額）
已經(jīng)有1人回復(fù)
-
高效微納米儲(chǔ)能材料與產(chǎn)業(yè)化推進(jìn)實(shí)驗(yàn)室 蘇州 招收碩士研究生（含調(diào)劑）
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
溫州大學(xué)新能源材料微觀溯源課題組招收2026級(jí)博士研究生（材料、化學(xué)方向）
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
材料與化工 323 英一+數(shù)二+物化，一志愿：哈工大 本人本科雙一流
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
26申博
已經(jīng)有2人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
jianqin
金蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 7 (幼兒園)
- 金幣: 3729.9
- 紅花: 2
- 帖子: 627
- 在線: 394小時(shí)
- 蟲號(hào): 863555
- 注冊(cè): 2009-10-05
- 專業(yè): 質(zhì)譜分析
22樓2011-07-18 13:54:25
jianqin
金蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 7 (幼兒園)
- 金幣: 3729.9
- 紅花: 2
- 帖子: 627
- 在線: 394小時(shí)
- 蟲號(hào): 863555
- 注冊(cè): 2009-10-05
- 專業(yè): 質(zhì)譜分析
24樓2011-07-18 19:53:01
jianqin
金蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 7 (幼兒園)
- 金幣: 3729.9
- 紅花: 2
- 帖子: 627
- 在線: 394小時(shí)
- 蟲號(hào): 863555
- 注冊(cè): 2009-10-05
- 專業(yè): 質(zhì)譜分析
25樓2011-07-19 09:18:44
jianqin
金蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 7 (幼兒園)
- 金幣: 3729.9
- 紅花: 2
- 帖子: 627
- 在線: 394小時(shí)
- 蟲號(hào): 863555
- 注冊(cè): 2009-10-05
- 專業(yè): 質(zhì)譜分析
26樓2011-07-20 10:16:07
jianqin
金蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 7 (幼兒園)
- 金幣: 3729.9
- 紅花: 2
- 帖子: 627
- 在線: 394小時(shí)
- 蟲號(hào): 863555
- 注冊(cè): 2009-10-05
- 專業(yè): 質(zhì)譜分析
28樓2011-07-21 22:29:26
jianqin
金蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 7 (幼兒園)
- 金幣: 3729.9
- 紅花: 2
- 帖子: 627
- 在線: 394小時(shí)
- 蟲號(hào): 863555
- 注冊(cè): 2009-10-05
- 專業(yè): 質(zhì)譜分析
29樓2011-07-23 13:16:28
jianqin
金蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 7 (幼兒園)
- 金幣: 3729.9
- 紅花: 2
- 帖子: 627
- 在線: 394小時(shí)
- 蟲號(hào): 863555
- 注冊(cè): 2009-10-05
- 專業(yè): 質(zhì)譜分析
32樓2011-07-23 14:39:13
jianqin
金蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 7 (幼兒園)
- 金幣: 3729.9
- 紅花: 2
- 帖子: 627
- 在線: 394小時(shí)
- 蟲號(hào): 863555
- 注冊(cè): 2009-10-05
- 專業(yè): 質(zhì)譜分析
|
幾何優(yōu)化未完成，計(jì)算就結(jié)束了。我把最后幾行出錯(cuò)的粘貼如下： Petite list used in FoFCou. Requested convergence on RMS density matrix=1.00D-08 within 128 cycles. Requested convergence on MAX density matrix=1.00D-06. Requested convergence on energy=1.00D-06. No special actions if energy rises. Integral accuracy reduced to 1.0D-05 until final iterations. Restarting incremental Fock formation. Restarting incremental Fock formation. Restarting incremental Fock formation. Restarting incremental Fock formation. Restarting incremental Fock formation. >>>>>>>>>> Convergence criterion not met. SCF Done: E(UHF) = -1289.08035487 A.U. after 129 cycles Convg = 0.2150D-04 -V/T = 2.0010 Annihilation of the first spin contaminant: S**2 before annihilation 2.1029, after 2.0035 Convergence failure -- run terminated. Error termination via Lnk1e in /home/kss/g09/l502.exe at Sat Jul 23 17:29:37 2011. |
33樓2011-07-23 18:10:32
jianqin
金蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 7 (幼兒園)
- 金幣: 3729.9
- 紅花: 2
- 帖子: 627
- 在線: 394小時(shí)
- 蟲號(hào): 863555
- 注冊(cè): 2009-10-05
- 專業(yè): 質(zhì)譜分析
|
謝謝！雖然我不知道這個(gè)E(uhf)=-1289.08035487代表的物理意義，但是這個(gè)值應(yīng)該比單重態(tài)的小。 單重態(tài)，rhf 6-31g能量結(jié)果： Zero-point correction= 0.358864 (Hartree/Particle) Thermal correction to Energy= 0.379415 Thermal correction to Enthalpy= 0.380359 Thermal correction to Gibbs Free Energy= 0.305788 Sum of electronic and zero-point Energies= -1288.405788 Sum of electronic and thermal Energies= -1288.385237 Sum of electronic and thermal Enthalpies= -1288.384293 Sum of electronic and thermal Free Energies= -1288.458864 |
36樓2011-07-25 08:42:08
jianqin
金蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 7 (幼兒園)
- 金幣: 3729.9
- 紅花: 2
- 帖子: 627
- 在線: 394小時(shí)
- 蟲號(hào): 863555
- 注冊(cè): 2009-10-05
- 專業(yè): 質(zhì)譜分析
送鮮花一朵 39樓2011-08-06 10:45:30
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 jianqin 的主題更新
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 材料專碩326求調(diào)劑 +6 | 墨煜姒莘 2026-03-15 | 7/350 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 277調(diào)劑 +4 | 自由煎餅果子 2026-03-16 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 303求調(diào)劑 +3 | 睿08 2026-03-17 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 085601專碩，總分342求調(diào)劑，地區(qū)不限 +3 | share_joy 2026-03-16 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 311求調(diào)劑 +5 | 26研0 2026-03-15 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 0856求調(diào)劑 +3 | 劉夢(mèng)微 2026-03-15 | 3/150 |
|
|
|
[考研]
 機(jī)械專碩調(diào)劑
+3
|
笨笨兔子 2026-03-12 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 297一志愿上交085600求調(diào)劑 +5 | 指尖八千里 2026-03-14 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 【0703化學(xué)調(diào)劑】-一志愿華中師范大學(xué)-六級(jí)475 +5 | Becho359 2026-03-11 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 材料080500調(diào)劑求收留 +3 | 一顆meteor 2026-03-13 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 學(xué)碩285求調(diào)劑 +13 | Wisjxn 2026-03-12 | 46/2300 |
|
|
|
[考研] 材料371求調(diào)劑 +9 | 鱷魚? 2026-03-11 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑（材料與化工327） +4 | 愛吃香菜啦 2026-03-11 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 336求調(diào)劑 +6 | Iuruoh 2026-03-11 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 26調(diào)劑/材料/英一數(shù)二/總分289/已過A區(qū)線 +6 | 步川酷紫123 2026-03-13 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 304求調(diào)劑 +7 | 7712b 2026-03-13 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)一志愿211 總分320求調(diào)劑 +5 | 瑪卡巴卡啊哈 2026-03-11 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +7 | 18880831720 2026-03-11 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 308求調(diào)劑 +3 | 是Lupa啊 2026-03-12 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 290求調(diào)劑 +3 | 柯淮然 2026-03-10 | 8/400 |
|