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jianqin金蟲 (正式寫手)
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Gaussian幾何優(yōu)化后的鍵長(zhǎng)不合理
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用Gaussian 09做分子幾何優(yōu)化。分子的部分結(jié)構(gòu)見圖1，具有兩個(gè)手性中心（C3和C6）。幾何優(yōu)化分步過程如下：先用chem3D MM2做初步優(yōu)化，再用PM3優(yōu)化（包括頻率分析），接下來(lái)用RHF 6-31G做優(yōu)化（包括頻率分析），計(jì)算均成功完成。但是分子中的碳硫鍵C3-S1（圖1），經(jīng)PM3優(yōu)化后，鍵長(zhǎng)1.882埃，基本合理，經(jīng)RHF 6-31G優(yōu)化后竟然變成3.172埃，顯然是不合理的。我的疑問如下： 我的這種分步優(yōu)化應(yīng)該是合理的吧？ 鍵長(zhǎng)不合理的情況是否與分子中包含手性中心有關(guān)？因?yàn)镃3是手性的，導(dǎo)致gaussian對(duì)碳硫鍵的處理不合理？（另一個(gè)手性中心C6周圍的鍵長(zhǎng)均在合理范圍內(nèi)） gaussian中對(duì)手性分子的幾何優(yōu)化有什么需要特別注意的嗎？ 6-31G的基組對(duì)于處理硫這樣的原子足夠嗎？ 補(bǔ)充：剛看到其他的帖子，認(rèn)為初始分子的構(gòu)型是否合理，對(duì)找到正確的優(yōu)化結(jié)構(gòu)很關(guān)鍵？那么我的分步優(yōu)化產(chǎn)生的構(gòu)型是否是比較合理的構(gòu)型呢？ [ Last edited by jianqin on 2011-7-15 at 09:40 ] |
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幾何優(yōu)化未完成，計(jì)算就結(jié)束了。我把最后幾行出錯(cuò)的粘貼如下： Petite list used in FoFCou. Requested convergence on RMS density matrix=1.00D-08 within 128 cycles. Requested convergence on MAX density matrix=1.00D-06. Requested convergence on energy=1.00D-06. No special actions if energy rises. Integral accuracy reduced to 1.0D-05 until final iterations. Restarting incremental Fock formation. Restarting incremental Fock formation. Restarting incremental Fock formation. Restarting incremental Fock formation. Restarting incremental Fock formation. >>>>>>>>>> Convergence criterion not met. SCF Done: E(UHF) = -1289.08035487 A.U. after 129 cycles Convg = 0.2150D-04 -V/T = 2.0010 Annihilation of the first spin contaminant: S**2 before annihilation 2.1029, after 2.0035 Convergence failure -- run terminated. Error termination via Lnk1e in /home/kss/g09/l502.exe at Sat Jul 23 17:29:37 2011. |
33樓2011-07-23 18:10:32
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2樓2011-07-15 10:20:09
jianqin
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3樓2011-07-15 10:33:52
fatpig8832
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