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jianqin金蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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[求助]
Gaussian幾何優(yōu)化后的鍵長(zhǎng)不合理
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用Gaussian 09做分子幾何優(yōu)化。分子的部分結(jié)構(gòu)見(jiàn)圖1，具有兩個(gè)手性中心（C3和C6）。幾何優(yōu)化分步過(guò)程如下：先用chem3D MM2做初步優(yōu)化，再用PM3優(yōu)化（包括頻率分析），接下來(lái)用RHF 6-31G做優(yōu)化（包括頻率分析），計(jì)算均成功完成。但是分子中的碳硫鍵C3-S1（圖1），經(jīng)PM3優(yōu)化后，鍵長(zhǎng)1.882埃，基本合理，經(jīng)RHF 6-31G優(yōu)化后竟然變成3.172埃，顯然是不合理的。我的疑問(wèn)如下： 我的這種分步優(yōu)化應(yīng)該是合理的吧？ 鍵長(zhǎng)不合理的情況是否與分子中包含手性中心有關(guān)？因?yàn)镃3是手性的，導(dǎo)致gaussian對(duì)碳硫鍵的處理不合理？（另一個(gè)手性中心C6周?chē)逆I長(zhǎng)均在合理范圍內(nèi)） gaussian中對(duì)手性分子的幾何優(yōu)化有什么需要特別注意的嗎？ 6-31G的基組對(duì)于處理硫這樣的原子足夠嗎？ 補(bǔ)充：剛看到其他的帖子，認(rèn)為初始分子的構(gòu)型是否合理，對(duì)找到正確的優(yōu)化結(jié)構(gòu)很關(guān)鍵？那么我的分步優(yōu)化產(chǎn)生的構(gòu)型是否是比較合理的構(gòu)型呢？ [ Last edited by jianqin on 2011-7-15 at 09:40 ] |
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jianqin
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謝謝！雖然我不知道這個(gè)E(uhf)=-1289.08035487代表的物理意義，但是這個(gè)值應(yīng)該比單重態(tài)的小。 單重態(tài)，rhf 6-31g能量結(jié)果： Zero-point correction= 0.358864 (Hartree/Particle) Thermal correction to Energy= 0.379415 Thermal correction to Enthalpy= 0.380359 Thermal correction to Gibbs Free Energy= 0.305788 Sum of electronic and zero-point Energies= -1288.405788 Sum of electronic and thermal Energies= -1288.385237 Sum of electronic and thermal Enthalpies= -1288.384293 Sum of electronic and thermal Free Energies= -1288.458864 |
36樓2011-07-25 08:42:08
fatpig8832
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2樓2011-07-15 10:20:09
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3樓2011-07-15 10:33:52
fatpig8832
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