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[交流]
關于真菌鑒定的問題
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正在鑒定一株真菌,18s rDNA和ITS測序比對,顯示和地絲霉屬同源性很近,99%以上。檢索地絲霉屬是子囊菌門,子囊菌門應該都有隔膜的!但顯微觀察該菌卻沒有隔膜,不知該如何分類?附上圖片 [ Last edited by 木羊易 on 2011-7-15 at 20:34 ] |
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NCBI上的序列長短不一,有的是完全包括兩個間隔區(qū),有的不是。我曾經(jīng)用自己篩選得到的青霉的一條序列上去比對,發(fā)現(xiàn)18S和28S的區(qū)間都不好區(qū)分,這說明了兩個可能性: 1、真菌的18S和28S也是有很大很大的變異性的,使得它們的基因與間隔區(qū)的界限都不清晰,這顯然不可能。 2、很多科研工作者已提交到NCBI上的序列在測定的時候就已經(jīng)出錯,導致遞交了不正確的序列,而NCBI的員工是不負責鑒定序列是否正確,只會接收而已。其實真菌的18S和28S也是沒有多大變異性的,問題出在測序上。 3、在向NCBI提交序列時,序列來源的微生物是提交者自己填寫的,可以寫屬也可以寫種,但是NCBI的員工不會追究這一項數(shù)據(jù)的準確性,所以有的提交者就寫了種,但是其實并沒有通過更詳細的手段來鑒定到種,甚至有可能是自以為是某個種就填寫。以后的提交者比對上這條不準確的序列時,可能又以其為標準來鑒定自己的菌株,這就是一錯百錯,以訛傳訛。 4、微生物的種的鑒定并不是僅依靠ITS,況且ITS存在不確定性,所以還應該以其它手段來鑒定,ITS只是輔助手段。即使是已經(jīng)發(fā)表了文章的也不算,不是不可信,而是不算。 |
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例如生理生化,主要是看對多種物質的利用情況如何,與數(shù)據(jù)庫中的資料比對,可以確定 http://wenku.baidu.com/view/c7466b1ca300a6c30c229f2a.html http://www.docin.com/p-114079002.html 用16S鑒定可以到屬,這一項數(shù)據(jù)是應該獲得的。 用掃描電鏡觀察和測量孢子、孢子梗、菌絲形態(tài)和大小,與模式菌株比較。 上述三項至少可以得到兩項,最好三項全得,發(fā)表文章把握就大了。 |
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