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zhangyonghu木蟲 (小有名氣)
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[求助]
有做AFLP的么?
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最近老師讓做AFLP。我一點也不了解,好做么?我看還得酶切什么的,好像很麻煩的!這個實驗的成功率怎么樣?以后號處理么? 好心人幫幫我吧,有相關(guān)的東西給我發(fā)一下,我的郵箱是:zhangyonghu0815@126.com 謝謝了,就算是救命吧!呵呵 |
金蟲 (小有名氣)
金蟲 (小有名氣)
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鐵桿木蟲 (正式寫手)
木蟲 (職業(yè)作家)
哲學@草根
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Protocol 3.1 實驗材料 3.1.1材料 第2章提取的mtDNA 3.1.2儀器 Eppendorf 離心機 T-Gradient Thermoblock PCR擴增儀(Biometra公司); Siqu-Gen Cell 38×30垂直電泳儀(Bio-Rad公司);國產(chǎn)北京六一廠垂直電泳儀 PowerPca3000電泳電源(Bio-Rad公司); PowerPca300電泳電源、Bio-Rad公司水平電泳槽(Bio-Rad公司); 凝膠電泳成像系統(tǒng)(Bio-Rad公司) 3.1.3 藥品 Tri、EDTA、硼酸、丙烯酰胺、甲叉丙烯酰胺、超純尿素、PCR相關(guān)試劑為進口或進口分裝;過硫酸胺、MgCl2、冰醋酸、甲醛、NaOH、Na2CO3、硝酸銀及其它試劑均為國產(chǎn)分析純。 3.2 實驗方法 3.2.1 水稻mtDNA基因組的酶切 每個DNA樣品酶切的混合液包括: DNA(100ng/μl) 5μl MseⅠ 5單位 EcoRI 5單位 Y+/TANGOTMBuffer 8μl 加ddH2O至40μl 37℃酶切2h,65℃酶切2h,85℃滅活15min。 3.2.2 DNA片段接頭的連接 酶切完成的每個DNA樣品,加入如下反應液: EcoRⅠ接頭(5Pmol/μl) 1.0μl MseⅠ接頭(50Pmol/μl) 1.0μl ATP(10mM) 1.0μl T4-DNA連接酶(10U/μl) 0.1μl Y+/TANGOTMBuffer 2.0μl ddH2O 4.9μl 共10μl 22℃連接過夜,取5ul樣品用瓊脂糖電泳檢測,其余保存?zhèn)溆谩?br /> 3.2.3 引物的篩選 將各種引物分別與已知的mtDNA樣本進行PCR預擴和選擴,然后進行聚丙烯酰胺凝膠電泳和銀染,觀察特異性條帶,特異性條帶較多(一般3-5個)者,則為較好引物,可用作本實驗的擴增引物。 3.2.4 DNA片段的預擴增 連接產(chǎn)物用10mMTris-HCl、0.1mMEDTA(PH8.0)混合液稀釋10倍。再加入如下體系進行PCR擴增: DNA: 5μl EcoRⅠ-MR: 0.1μl MseⅠ-MR: 1μl PCR mix: 12.5μl ddH2O : 6.4μl 共25μl 混合后,在如下PCR條件下擴增: step1 94℃ 30sec step2 56℃ 30sec step3 72℃ 1min step4 go to 1 for 30 cycles step5 4℃ forever 預擴增完成后,取5μl預擴增產(chǎn)物,在1.0%瓊脂糖凝膠中檢測預擴增的效果,將余下物-20℃保存。 3.2.5 DNA片段的選擇性擴增 預擴產(chǎn)物加ddH2O稀釋10倍,再按下列體系配制混合液,準備PCR擴增: DNA: 5μl EcoR-P: 0.1μl Mse-P: 1μl dNTPs: 0.5μl 10×buffer: 2.5μl Tap酶: 0.5μl ddH2O: 15.4μl 共25μl PCR擴增程序如下: step1 94℃ 30sec step2 65℃ 30sec(-0.7℃/cycle) step3 72℃ 1min step4 go to 1 for 11 cycles step5 94℃ 30sec step6 56℃ 30sec step7 72℃ 1min step8 go to 5 for 22 cycles step9 4℃ forever 3.2.6 聚丙烯酰胺變性凝膠電泳 將玻璃板用洗潔精徹底洗凈,用酒精擦干、干燥。其中一塊玻璃板(底板)涂上1ml剝離硅烷,另一塊玻璃板(蓋板)涂上0.5%親和硅烷(1ml 95%乙醇,5ul冰醋酸,5μl 親和硅烷;涂一塊玻璃板用量用隨配)。操作過程中,嚴格防止兩塊玻璃板互相污染,電吹風吹干,干燥后進行電泳槽組裝,組裝時用水平儀檢測水平。將6%丙烯酰胺膠儲存液(丙烯酰氨58g、10 × TBE 緩沖液、100ml、尿素480g、甲叉丙稀酰氨、2g)按如下比例配置: 6%PA膠 100ml 10%過硫酸銨(AP) 500μl TEMED 100μl 輕輕搖勻后,迅速將膠沿灌膠口邊灌邊輕輕敲打,防止出現(xiàn)氣泡。待膠流動到底部時,在灌膠口輕輕插入梳子,讓其聚合至少1h(若讓膠過夜,在膠的兩頭鋪上保濕膜或蓋上濕毛巾以防止膠干)。 70W恒功率電泳30min,使膠的溫度高于45℃,清除氣泡。取5l選擴產(chǎn)物與等體積變性Loading Buffer(去離子甲酰氨49 ml、0.5 M EDTA1ml、溴酚蘭50mg、二甲苯氰50mg)混合,95℃變性10min后,迅速轉(zhuǎn)移冰浴10min后點樣,70W恒功率電泳至第二條帶(二甲苯氰)至膠板的底沿(約2h)。電泳結(jié)束冷卻后,小心分開兩塊玻璃板,膠會緊貼涂有親和硅烷的玻璃板上。 3.2.7銀染 脫色:取合適大小的塑料盒,倒入2L新配制的10%冰醋酸溶液(固定/停止液),輕輕搖動5min。 漂洗:用蒸餾水(約2L)浸沒玻璃板在搖床上漂洗膠板3次,每次2分鐘。 染色:染色液(1.5g 硝酸銀加入2L水)中,取出玻璃板快速浸入染色液中,搖床上輕輕搖動染色5min。 沖洗:用蒸餾水沖洗膠板不超過5sec。 顯影: 2L顯影液(30gNaOH加入2L水中,事先輕搖使之溶解,)加入37%甲醛8ml,把膠板快速轉(zhuǎn)移到顯影顯影液中,并輕輕搖動,直到帶紋出現(xiàn)。 定影:加入10%冰醋酸固定/停止液并輕搖3min。 沖洗:用蒸餾水沖洗2min 干燥:室溫下自然干燥 |

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