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liuyq6069

新蟲 (初入文壇)

應(yīng)助: 0 (幼兒園)
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專業(yè): 生物大分子結(jié)構(gòu)與功能

[求助] 應(yīng)用wincoot 和CCP4i 解決蛋白和小分子化合物共結(jié)晶時，小分子化合物的定位問題

請教：我需要解決蛋白和小分子化合物共結(jié)晶時，小分子化合物的定位問題。當(dāng)應(yīng)用wincoot把小分子化合物插到蛋白中可能的電子云密度里，merge分子，生成新的PDB文件，請問這樣有沒有錯？然后當(dāng)我再把生成的PDB文件和此蛋白的MTZ文件輸入到CCP4i中時，CCP4i運行顯示Fail，不知這其中的癥結(jié)在何處？是我的方法不正確，還是缺少其他的軟件？       錯誤顯示如下：
  ERROR : UNK    : duplicated atom_name : "C ".
      chain: XX residue: 0
  ERROR : UNK    : duplicated atom_name : "C ".
      chain: XX residue: 0
  ERROR : UNK    : duplicated atom_name : "C ".
      chain: XX residue: 0
  ERROR : UNK    : duplicated atom_name : "C ".
      chain: XX residue: 0
  ERROR : UNK    : duplicated atom_name : "C ".
............................................

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1樓 2011-08-01 22:48:53

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子非魚ys

鐵蟲 (初入文壇)

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專業(yè): 植物生理與生化

導(dǎo)入小分子得時候也要輸入cif文件，merge后再保存PDB。后面refine我用的phenix,也要加上小分子的cif文件，我沒用ccp4i處理過，所以不懂你的問題

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回復(fù)此樓

2樓2020-01-02 20:59:10

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