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jacber木蟲 (正式寫手)
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[求助]
關(guān)于生物進(jìn)化發(fā)育樹之類的分析
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| 我最近才接觸這方面的內(nèi)容，很多原理性的東西都不是很了解，特別是在微生物鑒定后怎么分析其同源性，生物進(jìn)化發(fā)育樹等，有沒(méi)有人提供下相關(guān)的統(tǒng)計(jì)分析之類的資料啊 ，萬(wàn)分感激，有合適提供者再追加大獎(jiǎng) |
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jinkui960
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【答案】應(yīng)助回帖
1949stone(MolEPI+1): 果然很辛苦啊 2011-08-03 17:42:28
jacber(金幣+5): 謝謝 2011-08-03 18:31:34
jacber(金幣+5): 1 2011-08-06 02:17:02
jacber(金幣+5): 謝謝 2011-08-03 18:31:34
jacber(金幣+5): 1 2011-08-06 02:17:02
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一般來(lái)說(shuō)，在克隆得到微生物的保守序列，真菌如ITS序列，細(xì)菌如16S rRNA序列以后，先在NCBI上進(jìn)行Blast檢索，確定哪些序列和哪些微生物的相似性比較高，然后下載相似性比較高的序列，最好是下載標(biāo)準(zhǔn)菌株的序列，這樣結(jié)果更可信。 序列下載了以后，就可以用Clustal軟件進(jìn)行序列比對(duì)，并根據(jù)自己的目的利用不同的軟件構(gòu)件系統(tǒng)發(fā)育樹，一般新手常用的構(gòu)樹軟件是Mega（4.0）。由于一種軟件或者方法構(gòu)出來(lái)的樹可能存在一些偏差（Bias）,所以一般采用不同的軟件和不同的方法構(gòu)樹，如果不同軟件、不同方法構(gòu)出的樹的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)一致的話，結(jié)果會(huì)更可信。 不同的進(jìn)化發(fā)育樹選擇不同的方法，構(gòu)建NJ樹，可以用PHYLIP或MEGA；構(gòu)建MP樹，最好的工具是PAUP；構(gòu)建ML樹可以使用PHYML；貝葉斯樹用MrBayes軟件。ML樹和貝葉斯樹要花很長(zhǎng)的時(shí)間，尤其是貝葉斯樹還需要專用電腦。一般的雜志用MEGA也被認(rèn)可！ 網(wǎng)上有很多這方面的文獻(xiàn)，可以參考： 1）進(jìn)化樹構(gòu)建需要哪些工具 http://zhidao.baidu.com/question/145295640 2）分子進(jìn)化樹構(gòu)建及數(shù)據(jù)分析的簡(jiǎn)介 http://wenku.baidu.com/view/0f4c852c2af90242a895e541.html 希望對(duì)你有幫助！ |
2樓2011-08-03 16:56:04
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3樓2011-08-14 09:53:15
JessieDai
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4樓2011-08-25 14:57:32
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