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chinayhb金蟲 (正式寫手)
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[求助]
gromacs做mdrun中出現(xiàn)Segmentation fault
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我用gromacs做MD之前先做一個EM，可總是出現(xiàn)Segmentation fault，求助高手幫忙解決. 命令行為： grompp -f minim.mdp -c solv_ions.gro -p topol.top -o em.tpr mdrun -v -deffnm em 錯誤結(jié)果如下： Starting 8 threads Loaded with Money Making 2D domain decomposition 4 x 2 x 1 Back Off! I just backed up em.trr to ./#em.trr.3# Back Off! I just backed up em.edr to ./#em.edr.3# Steepest Descents: Tolerance (Fmax) = 1.00000e+03 Number of steps = 50000 Segmentation fault1.0e-03 nm, Epot= nan Fmax= 5.40951e+30, atom= 388 我的minim.mdp文件就是copy的例子中的： ; minim.mdp - used as input into grompp to generate ions.tpr ; Parameters describing what to do, when to stop and what to save integrator = steep ; Algorithm (steep = steepest descent minimization) emtol = 1000.0 ; Stop minimization when the maximum force < 1000.0 kJ/mol/nm emstep = 0.01 ; Energy step size nsteps = 50000 ; Maximum number of (minimization) steps to perform ; Parameters describing how to find the neighbors of each atom and how to calculate the interactions nstlist = 1 ; Frequency to update the neighbor list and long range forces ns_type = grid ; Method to determine neighbor list (simple, grid) rlist = 1.0 ; Cut-off for making neighbor list (short range forces) coulombtype = PME ; Treatment of long range electrostatic interactions rcoulomb = 1.0 ; Short-range electrostatic cut-off rvdw = 1.0 ; Short-range Van der Waals cut-off pbc = xyz ; Periodic Boundary Conditions (yes/no) |
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已經(jīng)有6人回復(fù)
chinayhb
金蟲 (正式寫手)
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4樓2020-08-19 22:22:18
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