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patent至尊木蟲 (正式寫手)
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[求助]
怎樣限制鍵角，謝謝
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我的體系是含金屬離子的蛋白酶，如圖，鋅離子與三個組氨酸的氮螯合，距離為0.22nm左右，角度為96度左右，請問模擬時怎樣限制鍵角呢，謝謝�。。∮胓romacs [ Last edited by patent on 2011-8-15 at 18:29 ] |
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patent
至尊木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 3 (幼兒園)
- 金幣: 14714.5
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- 蟲號: 57321
- 注冊: 2005-01-29
- 性別: GG
- 專業(yè): 合成藥物化學(xué)
3樓2011-08-18 16:32:43
patent
至尊木蟲 (正式寫手)
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- 專業(yè): 合成藥物化學(xué)
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根據(jù)manual,我用下面的方ro法 [ angle_restraints ] ; i j k l type theta0 fc mult 651 1211 1683 1211 1 96.0 1500 1 但grompp時報(bào)錯 WARNING 1 [file test1.top, line 18] Duplicate atom index (1211) in angle_restraints 又改用 [ angle_restraints ] ; i j k l type theta0 fc mult 651 1211 1211 1 96.0 1500 1 但grompp時報(bào)錯 Incorrect number of parameters - found 2, expected 3 or 6 for Angle Rest.. 我用gromacs4.5.4版，期待高人解答，萬分感謝�。�！ |
4樓2011-08-20 08:12:19
5樓2011-08-31 10:39:49
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