 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 2 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 348 | 回復(fù): 1 | ||
leon583520新蟲 (初入文壇)
|
[求助]
求助 我的腳本運(yùn)行不了，求高手指點(diǎn)
|
|
我寫的腳本如下： #!/bin/bash -x # Two Step RESP script #cp AAadd.dat add.dat espgen -i $1_resp.out -o $1.esp antechamber -fi gout -fo ac -i $1_resp.out -o $1.ac -j $2 > antechamber.out respgen -i $1.ac -o RESP.INPUT1 -a add.dat -f resp1 -n 1 respgen -i $1.ac -o RESP.INPUT2 -a add.dat -f resp2 -n 1 sed '/ioutopt/ a\ qwt = 0.005, ' RESP.INPUT1 > RESP.INPUT1a resp -O -i RESP.INPUT1a -o RESP.OUTPUT1a -q QIN -e $1.esp #resp -O -i RESP.INPUT1 -o RESP.OUTPUT1 -q QIN -e $1.esp resp -O -i RESP.INPUT2 -o RESP.OUTPUT2 -q qout -e $1.esp antechamber -fi ac -fo ac -i $1.ac -o $1_out.ac -c rc -cf qout -at amber -j $2 >> antechamber.out cp RESP.OUTPUT2 $1.respout #tar -czf $1.tgz RESP* $1*.out $1*.ac $1.respout grep "Dipole Moment" RESP.OUTPUT2 grep ' Tot=' $1_resp.out grep ATOM $1_out.ac |cut -c 55-69 > 5k.q cat 5k.q 然后把高斯的輸出文件和add.dat文件一并拷貝到一個(gè)文件夾里，運(yùn)行腳本后，出現(xiàn)到結(jié)果是： + espgen -i HFO-1234yf00._resp.out -o HFO-1234yf00..esp Cannot open the input file HFO-1234yf00._resp.out, exit+ antechamber -fi gout -fo ac -i HFO-1234yf00._resp.out -o HFO-1234yf00..ac -j Cannot open the input file HFO-1234yf00._resp.out in rgout(), exit + respgen -i HFO-1234yf00..ac -o RESP.INPUT1 -a add.dat -f resp1 -n 1 Cannot open the ac input file: HFO-1234yf00..ac, exit + respgen -i HFO-1234yf00..ac -o RESP.INPUT2 -a add.dat -f resp2 -n 1 Cannot open the ac input file: HFO-1234yf00..ac, exit + sed '/ioutopt/ a\ qwt = 0.005, ' RESP.INPUT1 sed: can't read RESP.INPUT1: No such file or directory + resp -O -i RESP.INPUT1a -o RESP.OUTPUT1a -q QIN -e HFO-1234yf00..esp At line 334 of file resp.f (unit = 5, file = 'RESP.INPUT1a') Fortran runtime error: End of file + resp -O -i RESP.INPUT2 -o RESP.OUTPUT2 -q qout -e HFO-1234yf00..esp Unit 5 Error on OPEN: RESP.INPUT2 + antechamber -fi ac -fo ac -i HFO-1234yf00..ac -o HFO-1234yf00._out.ac -c rc -cf qout -at amber -j Cannot open the ac input file: HFO-1234yf00..ac, exit + cp RESP.OUTPUT2 HFO-1234yf00..respout + grep 'Dipole Moment' RESP.OUTPUT2 + grep ' Tot=' HFO-1234yf00._resp.out grep: HFO-1234yf00._resp.out: No such file or directory + grep ATOM HFO-1234yf00._out.ac + cut -c 55-69 grep: HFO-1234yf00._out.ac: No such file or directory + cat 5k.q zhengxy@zhengxy-ThinkCentre-XXXX:~/src/amber10/HFO-1234yf_resp/pop=mk$ ./one5k.sh HFO-1234yf00 + espgen -i HFO-1234yf00_resp.out -o HFO-1234yf00.esp Cannot open the input file HFO-1234yf00_resp.out, exit+ antechamber -fi gout -fo ac -i HFO-1234yf00_resp.out -o HFO-1234yf00.ac -j Cannot open the input file HFO-1234yf00_resp.out in rgout(), exit + respgen -i HFO-1234yf00.ac -o RESP.INPUT1 -a add.dat -f resp1 -n 1 Cannot open the ac input file: HFO-1234yf00.ac, exit + respgen -i HFO-1234yf00.ac -o RESP.INPUT2 -a add.dat -f resp2 -n 1 Cannot open the ac input file: HFO-1234yf00.ac, exit + sed '/ioutopt/ a\ qwt = 0.005, ' RESP.INPUT1 sed: can't read RESP.INPUT1: No such file or directory + resp -O -i RESP.INPUT1a -o RESP.OUTPUT1a -q QIN -e HFO-1234yf00.esp At line 334 of file resp.f (unit = 5, file = 'RESP.INPUT1a') Fortran runtime error: End of file + resp -O -i RESP.INPUT2 -o RESP.OUTPUT2 -q qout -e HFO-1234yf00.esp Unit 5 Error on OPEN: RESP.INPUT2 + antechamber -fi ac -fo ac -i HFO-1234yf00.ac -o HFO-1234yf00_out.ac -c rc -cf qout -at amber -j Cannot open the ac input file: HFO-1234yf00.ac, exit + cp RESP.OUTPUT2 HFO-1234yf00.respout + grep 'Dipole Moment' RESP.OUTPUT2 + grep ' Tot=' HFO-1234yf00_resp.out grep: HFO-1234yf00_resp.out: No such file or directory + grep ATOM HFO-1234yf00_out.ac + cut -c 55-69 grep: HFO-1234yf00_out.ac: No such file or directory + cat 5k.q 請(qǐng)教下這是什么原因呢，我設(shè)置了PATH環(huán)境變量，把AMBER的bin路徑也加了進(jìn)來(lái)，還是算不出來(lái)，小弟菜鳥，求高手指點(diǎn)，不勝感激 另：我到高斯輸出文件名是HFO-1234yf00.out [ Last edited by ghcacj on 2011-8-16 at 06:50 ] |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
考研調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
317分 一志愿南理工材料工程 本科湖工大 求調(diào)劑
已經(jīng)有9人回復(fù)
-
297求調(diào)劑
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
一志愿武漢理工，總分321，英一數(shù)二，求老師收留。
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
343求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
085601材料工程找調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
求調(diào)劑，一志愿 南京航空航天大學(xué) ，080500材料科學(xué)與工程學(xué)碩，總分289分
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
一志愿南航 335分 | 0856 | GPA 4.07 | 有科研經(jīng)歷
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
340求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
一志愿北化求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:
- 【求助】XRD測(cè)試分析，求高手指點(diǎn)
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 【求助成功】MS5.5的Gateway連接問(wèn)題，求高手指點(diǎn)！
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 【求助】如何根據(jù)cell文件寫poscar
已經(jīng)有11人回復(fù)
- 【求助】vasp優(yōu)化晶格參數(shù)a
已經(jīng)有13人回復(fù)
- 【求助】用castep計(jì)算合金phonons老出錯(cuò)的原因是什么？
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 【求助】有哪位高手能夠在這兒給大家講解一下siesta中如何通過(guò)simplex去優(yōu)化基組！
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 【求助】求有機(jī)合成高手指點(diǎn)下
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 【交流】VC++, C#, VB答疑專貼
已經(jīng)有145人回復(fù)
leon583520
新蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 1
- 帖子: 4
- 在線: 2.5小時(shí)
- 蟲號(hào): 1214865
- 注冊(cè): 2011-02-27
- 性別: GG
2樓2011-08-15 22:06:18
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 leon583520 的主題更新
| 2 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 一志愿雙一流機(jī)械285分求調(diào)劑 +3 | 幸運(yùn)的三木 2026-03-29 | 4/200 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 085600，專業(yè)課化工原理，321分求調(diào)劑 +5 | 大饞小子 2026-03-28 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 一志愿華東師范大學(xué)有機(jī)化學(xué)專業(yè)，初試351分，復(fù)試被刷求調(diào)劑! +3 | 真名有冰 2026-03-29 | 4/200 |
|
|
[考研] 305求調(diào)劑 +8 | RuiFairyrui 2026-03-28 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué) +11 | 妮妮ninicgb 2026-03-27 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)調(diào)劑，求導(dǎo)師收 +9 | 天天好運(yùn)來(lái)上岸?/a> 2026-03-24 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 學(xué)碩274求調(diào)劑 +9 | Li李魚 2026-03-26 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 一志愿華理，數(shù)一英一285求A區(qū)調(diào)劑 +8 | AZMK 2026-03-25 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 化學(xué)0703 調(diào)劑 306分 一志愿211 +4 | 26要上岸 2026-03-28 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿北京工業(yè)大學(xué)，324分求調(diào)劑 +4 | 零八# 2026-03-28 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 308求調(diào)劑 +7 | 墨墨漠 2026-03-27 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 一志愿吉大071010，316分求調(diào)劑 +3 | xgbiknn 2026-03-27 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 081200-11408-276學(xué)碩求調(diào)劑 +4 | 崔wj 2026-03-26 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 281求調(diào)劑 +3 | 亞克西good 2026-03-26 | 5/250 |
|
|
|
[考研]
 085602 289分求調(diào)劑
+8
|
WWW西西弗斯 2026-03-24 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 一志愿天津大學(xué)339材料與化工求調(diào)劑 +3 | 江往賣魚 2026-03-26 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 生物學(xué)學(xué)碩求調(diào)劑 +7 | 小羊睡著了? 2026-03-23 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 一志愿武理085500機(jī)械專業(yè)總分300求調(diào)劑 +3 | an10101 2026-03-24 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 300分，材料，求調(diào)劑，英一數(shù)二 +5 | 超贊的 2026-03-24 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 一志愿國(guó)科過(guò)程所081700，274求調(diào)劑 +3 | 三水研0水立方 2026-03-23 | 3/150 |
|