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xrhinoceros金蟲 (小有名氣)
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[求助]
mpich2殺進(jìn)程的問題
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不知道各位大俠有沒有遇到這樣的情況，自己搭建的小型cluster，用mpich2做并行環(huán)境，然后并行vasp，如果想殺死作業(yè)，在一臺(tái)機(jī)器上killall -9 vasp之后，有時(shí)候其他結(jié)點(diǎn)的相關(guān)進(jìn)程也會(huì)終止，這是我們想要的情況。可有些時(shí)候，其他節(jié)點(diǎn)的vasp進(jìn)程還在，要一臺(tái)機(jī)器一臺(tái)機(jī)器的去殺！ 請(qǐng)問這是為什么？有什么解決的辦法沒有？ |
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★
franch(金幣+3): 謝謝回帖交流 2011-08-15 23:46:32
xrhinoceros(金幣+2): 2011-08-16 02:27:17
franch(金幣+3): 謝謝回帖交流 2011-08-15 23:46:32
xrhinoceros(金幣+2): 2011-08-16 02:27:17
| 首先你的節(jié)點(diǎn)文件可能導(dǎo)致你在一臺(tái)節(jié)點(diǎn)上運(yùn)行了多個(gè)Vasp任務(wù)（如你啟用8個(gè)進(jìn)程，提供了8個(gè)節(jié)點(diǎn)，則在每臺(tái)機(jī)子上只啟動(dòng)一個(gè)進(jìn)程，如果你的計(jì)算機(jī)是多核的，則還可以有為其它任務(wù)提供CPU。），你用killall命令則會(huì)殺死所用名為vasp的進(jìn)程，如果此時(shí)，在某一節(jié)點(diǎn)機(jī)上運(yùn)行了多個(gè)任務(wù)，就都?xì)⑺懒�。你可以在啟�?dòng)任務(wù)的時(shí)候記錄任務(wù)號(hào)來(lái)精確殺死一個(gè)任務(wù)，另外就是自己保證在每個(gè)節(jié)點(diǎn)上只運(yùn)行一個(gè)相關(guān)任務(wù)。最好的辦法是結(jié)合PBS系統(tǒng)。 |
2樓2011-08-15 23:32:11
xrhinoceros
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3樓2011-08-16 02:27:52
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★ ★
youzhizhe(金幣+2): 謝謝交流。 2011-08-17 15:12:50
youzhizhe(金幣+2): 謝謝交流。 2011-08-17 15:12:50
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很少情況下會(huì)出現(xiàn)這個(gè)問題，不是很經(jīng)常。好像是系統(tǒng)bug。估計(jì)是linux系統(tǒng)本身的穩(wěn)定性問題。這個(gè)東西在系統(tǒng)過(guò)忙運(yùn)行程序較多時(shí)，比較容易出現(xiàn)。而且我感覺貌似可視化的Xterm比文字界面的ssh更容易出現(xiàn)這種問題。 另外mpiboot之后，mpich本身會(huì)建一個(gè)python進(jìn)程，那個(gè)進(jìn)程不能動(dòng)，一旦kill后果很嚴(yán)重。 |
» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
xrhinoceros4樓2011-08-17 12:00:11
xrhinoceros
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5樓2011-08-18 01:43:12
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