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xrhinoceros金蟲 (小有名氣)
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[求助]
mpich2殺進程的問題
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不知道各位大俠有沒有遇到這樣的情況，自己搭建的小型cluster，用mpich2做并行環(huán)境，然后并行vasp，如果想殺死作業(yè)，在一臺機器上killall -9 vasp之后，有時候其他結點的相關進程也會終止，這是我們想要的情況。可有些時候，其他節(jié)點的vasp進程還在，要一臺機器一臺機器的去殺！ 請問這是為什么？有什么解決的辦法沒有？ |
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youzhizhe(金幣+2): 謝謝交流。 2011-08-17 15:12:50
youzhizhe(金幣+2): 謝謝交流。 2011-08-17 15:12:50
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很少情況下會出現(xiàn)這個問題，不是很經(jīng)常。好像是系統(tǒng)bug。估計是linux系統(tǒng)本身的穩(wěn)定性問題。這個東西在系統(tǒng)過忙運行程序較多時，比較容易出現(xiàn)。而且我感覺貌似可視化的Xterm比文字界面的ssh更容易出現(xiàn)這種問題。 另外mpiboot之后，mpich本身會建一個python進程，那個進程不能動，一旦kill后果很嚴重。 |
xrhinoceros4樓2011-08-17 12:00:11
【答案】應助回帖
★ ★ ★
franch(金幣+3): 謝謝回帖交流 2011-08-15 23:46:32
xrhinoceros(金幣+2): 2011-08-16 02:27:17
franch(金幣+3): 謝謝回帖交流 2011-08-15 23:46:32
xrhinoceros(金幣+2): 2011-08-16 02:27:17
| 首先你的節(jié)點文件可能導致你在一臺節(jié)點上運行了多個Vasp任務（如你啟用8個進程，提供了8個節(jié)點，則在每臺機子上只啟動一個進程，如果你的計算機是多核的，則還可以有為其它任務提供CPU。），你用killall命令則會殺死所用名為vasp的進程，如果此時，在某一節(jié)點機上運行了多個任務，就都殺死了。你可以在啟動任務的時候記錄任務號來精確殺死一個任務，另外就是自己保證在每個節(jié)點上只運行一個相關任務。最好的辦法是結合PBS系統(tǒng)。 |
2樓2011-08-15 23:32:11
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3樓2011-08-16 02:27:52
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5樓2011-08-18 01:43:12
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