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adslye銀蟲 (正式寫手)
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[求助]
文章被人搶先發(fā)了！想用信息學分析改變文章方向。問：信息學分析相關(guān)。
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 背景：辛苦做的東西，被洋人先發(fā)了！�。。。。�！悲劇~~~~~~~~ 有一部分數(shù)據(jù)是一定數(shù)量的基因表達量real-time pcr數(shù)據(jù)和LC-MS數(shù)據(jù)。測了一個代謝通路中大部分基因，大約20個基因在兩種條件，9個連續(xù)時間點的表達量（20*2*9=360個數(shù)據(jù)），以及在這些時間點每個基因?qū)?yīng)作用的化合物的含量(360）。這是一個有價值的代謝通路，但很多基因功能研究不深。 本人藥學出生，研究生轉(zhuǎn)生物，對于生物信息學，實在是殺不動了 目的：能否通過生物信息學手段從這些數(shù)據(jù)中挖出點東西，做一篇實驗與信息學結(jié)合的文章。 想問： 1.這種樣本量做聚類分析有意義嗎？想把一些各時間點表達趨勢相似的基因和化合物聚類。這樣可能說明它們受同一些因素調(diào)控。 2.同樣關(guān)聯(lián)分析可做嗎？因為很多基因的功能沒被研究，但有幾個潛在的轉(zhuǎn)錄因子被報道�？梢愿鶕�(jù)轉(zhuǎn)錄因子和可能目的基因的表達趨勢做關(guān)聯(lián)分析嗎？（就是說很可能這個轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控這些基因） 3.如果1或2可行，有哪些軟件可以做。 4.有沒有其他的信息學手段分析下以上那些數(shù)據(jù)？因為很可能我病急亂投醫(yī)想的點子其 實不可行。 5.這樣的文章應(yīng)該發(fā)什么樣的雜志，因為結(jié)合了生物，化學，信息學，但都不深入。有過來人嗎？ 自己已有思路（重復的想法就不用回復了，多謝）： 1.通過化合物的含量以及基因的表達量，基本可以確定哪些地方是調(diào)控的節(jié)點。 2.兩種誘導條件誘導機制上的差異與關(guān)系。調(diào)控哪些基因和化合物這個也可以知道。 這次有力的回答的獎勵都>10!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!獎池不時補充�。。。。� 感謝各位了�。。。。。。。。。。。。。。。。。。�！ [ Last edited by adslye on 2011-8-27 at 15:27 ] |
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【答案】應(yīng)助回帖
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lstt09nk(金幣+3): 感謝交流， 2011-08-27 10:36:33
adslye(金幣+15): 感謝！思路我懂了。聚類用什么軟件做呢？ 2011-08-27 12:21:17
adslye(金幣+20): 后面那兩貼不是應(yīng)助，不能給金幣。非常感謝！ 2011-08-27 15:25:14
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adslye(金幣+20): 后面那兩貼不是應(yīng)助，不能給金幣。非常感謝！ 2011-08-27 15:25:14
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做關(guān)聯(lián)分析要有群體以及相關(guān)群體結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)（軟件Tassel， Structure ），如果沒有的話，那還不如做轉(zhuǎn)基因研究功能。 聚類是要做，聚類可以對功能的分析提供參考，不過需要多個植物物種包括水稻擬南介的基因序列，這樣根據(jù)水稻擬南芥的功能情況以及聚類的結(jié)果分析你的物種。 |
6樓2011-08-27 09:17:04
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