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kekexiliwolf金蟲 (正式寫手)
小屁蟲
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[求助]
旋光值計(jì)算結(jié)果分析
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本人在波長589nm下計(jì)算旋光，但是結(jié)果和實(shí)驗(yàn)值有點(diǎn)差距，可能是計(jì)算值和實(shí)驗(yàn)值的單位和濃度不一樣，我想問問計(jì)算值給出的結(jié)果是比旋光度嗎？如何得來的， w= 0.000000 a.u., Optical Rotation Beta= -0.2141 au. Molar Mass = 308.3304 grams/mole, [Alpha]D = -26.84 deg. G' tensor for W= 0.077357: 7.37664212-15.65843256 -9.02937206 26.58281053 -6.75150182 -7.26231548 0.61589955 1.31519761 0.17403044 w= 0.077357 a.u., Optical Rotation Beta= -0.2664 au. Molar Mass = 308.3304 grams/mole, [Alpha] ( 5890.0 A) = -33.43 deg. G*W tensor for W= 0.077357: 實(shí)驗(yàn)值是-13 |
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【答案】應(yīng)助回帖
kekexiliwolf(金幣+3): 非常感謝，受益匪淺 2011-08-29 08:09:40
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可見計(jì)算得到的是-33那個(gè)，589nm。這差別不算大，最主要的是符號要相同。因?yàn)樵趯?shí)驗(yàn)中一是溶劑，二是溫度等等條件，而計(jì)算是在氣相�？隙〞捎绊�。另外計(jì)算所用基組方法的那個(gè)也會由影響。還有就是實(shí)驗(yàn)也沒有標(biāo)出ee值。 參見如下： 第一，由于采用的基組不是完備基組，計(jì)算精度不夠高，第二，計(jì)算的假定條件為氣相孤立分子，氣相孤立分子的分子間距較大，而實(shí)驗(yàn)測定則在溶液中，分子間距較近，此外，計(jì)算的旋光度僅是最穩(wěn)定構(gòu)象體的，還有一些亞穩(wěn)定的構(gòu)象體，原則上需要采用波子曼分布來求各種可能構(gòu)象體的旋光度貢獻(xiàn)總和。第三，在實(shí)驗(yàn)上測定旋光度時(shí)，沒有指出過量對映異構(gòu)體的（ee，Excess Enantiomer）含量，也沒有指出光學(xué)異構(gòu)體之間能否相互轉(zhuǎn)化。如果樣品含有一定量的外消旋體，測定的旋光度定然會偏小。 |
2樓2011-08-28 21:11:50
libugou
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3樓2013-12-03 23:26:04
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4樓2013-12-04 08:43:59
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非常感謝樓主kekexiliwolf及時(shí)的回復(fù)！ 我對用Gaussian程序直接提交工作任務(wù)很不熟悉，因此想繼續(xù)問您幾個(gè)用GaussianView提交工作任務(wù)的幾個(gè)問題： 1.是不是計(jì)算ECD(電子圓二色譜)和ORD(旋光度或比旋光度)時(shí)， “Job tye”選項(xiàng)的下拉菜單中，都必須選“Frequency”? 2. Gaussian中文手冊關(guān)于“Freq”計(jì)算中有一句話：“推薦的方法是在前一個(gè)幾何優(yōu)化的結(jié)構(gòu)上，使用同樣的方法進(jìn)行頻率計(jì)算�！蔽覀冊谧鼋Y(jié)構(gòu)優(yōu)化時(shí)，“Method“第一個(gè)選項(xiàng)的下拉菜單中，選擇的是“Ground State”。我想問：在計(jì)算ECD和ORD時(shí)，是否必須選“Ground State”，還是也可以選“TD-SCF”? 3. 在計(jì)算ORD時(shí)，在“additional keywords”中輸入“Polar=OptRot，cphf=rdfreq ”，還是只輸入“Polar=OptRot”就可以了？ 4. 如果只想計(jì)算589nm波長下的ORD，如何在additional keywords輸入相關(guān)的數(shù)值？是輸入5890.0（您的計(jì)算結(jié)果中以A（埃）為單位的數(shù)值），還是輸入0.077357（您提到的“常用的鈉燈是0.077357”的數(shù)值）？ 5.您提到的“常用的鈉燈是0.077357”的數(shù)值，請問能否告知這個(gè)數(shù)值和589nm這個(gè)值之間的轉(zhuǎn)換關(guān)系？ 6. 讀過“Gaussian中文手冊”，“Exploring Chemistry with Electronic Structure Method”，還有郭勇的“高斯使用指南”，這些書中關(guān)于如何計(jì)算ECD和ORD的內(nèi)容非常少，不知道樓主能否分享一些這方面計(jì)算的資料？或者給點(diǎn)建議也行？ 本人知識淺薄，問題有點(diǎn)多，可能還非常膚淺，但是求助無門，只能向樓主求救了！ |
5樓2013-12-04 14:48:38
daiyang
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6樓2015-05-11 12:19:36
daiyang
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7樓2015-05-11 12:21:58
Jasminer
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幫回答： 1、不是 2、分情況 3、前者 4、5、這是原子單位，請查相關(guān)資料 6、ECD、ORD本人不是很熟，但高斯入門后憑網(wǎng)上能搜到的資料很快上手是沒問題的 重復(fù)一個(gè)建議： 輸入文件中，除了分子結(jié)構(gòu)用GV來畫，其它部分都自己手寫，不然如依靠GV或網(wǎng)友模板，永遠(yuǎn)都是未入門的水平。 如果覺得自己沒必要學(xué)這些東西，那就干脆一點(diǎn)都不學(xué)，計(jì)算全部外包出去，合作也好出錢也好，這樣自己和幫你的人都省心。 不是批評您，你的學(xué)習(xí)態(tài)度還是非常好的，但至少包括本人在內(nèi)的大部分網(wǎng)友已經(jīng)沒有動(dòng)力重復(fù)“Exploring Chemistry with Electronic Structure Method”以及高斯說明書上的內(nèi)容了，你需要的是身邊一個(gè)權(quán)威性的、隨時(shí)能告訴你翻哪本書哪幾頁的師兄/師姐  |
8樓2015-05-12 18:23:32
Jasminer
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9樓2015-05-12 18:25:56
遠(yuǎn)志小草
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10樓2016-03-02 15:10:07
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