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csi505新蟲 (初入文壇)
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[求助]
vasp 在parallel 3dFFT wavefunction 后死掉
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各位大蝦，小弟vasp剛?cè)腴T， 最近嘗試編譯了VASP，編譯沒出錯， 但是運行時有問題。 提交直接： /usr/local/openmpi/bin/mpirun -np 40 -machinefile ~/machines.LINUX /home/chenshi/softwares/vasp/vasp.4.6/vasp machines.LINUX 內(nèi)容如下: node01 slots=8 node02 slots=8 node03 slots=8 node04 slots=8 node05 slots=8 node06 slots=8 node07 slots=8 一，算小體系Si（兩個原子） 核數(shù) 2 4 8 16 計算用時/秒 2.537 4.798 8.934 275.012 32核的沒算完，估計要一兩千秒，似乎是核越多越慢... 二，算大體系（一百個原子左右） 提交32個核，可以運行； 提交40個核，OUTCAR里進行到： parallel 3dFFT wavefunction: minimum data exchange during FFTs selected (reduces bandwidth) 不再繼續(xù)，但vasp也不報錯，死在那里... 有時連 OUTCAR 都沒有產(chǎn)生，直接就死在那里， 不知什么原因？ 還有一個異常的地方，我在 machines.LINUX 里沒有把主節(jié)點 libin 寫進去， 按理在主節(jié)點不應該有進程運行 vasp ， 但是在主節(jié)點上 top 310 chenshi 20 0 252m 15m 9280 R 100.0 0.0 10055:21 vasp 312 chenshi 20 0 252m 15m 9256 R 100.0 0.0 10055:35 vasp 315 chenshi 20 0 252m 16m 9244 R 100.0 0.0 10055:41 vasp 27401 chenshi 20 0 252m 16m 9276 R 100.0 0.0 10767:00 vasp 27416 chenshi 20 0 252m 16m 9308 R 100.0 0.0 10767:26 vasp 32759 chenshi 20 0 252m 15m 9304 R 100.0 0.0 10056:04 vasp 323 chenshi 20 0 252m 16m 9272 R 99.7 0.0 10055:48 vasp 27400 chenshi 20 0 252m 16m 9284 R 99.7 0.0 10767:47 vasp 27408 chenshi 20 0 252m 15m 9256 R 99.7 0.0 10767:27 vasp 22973 chenshi 20 0 13312 1408 860 R 0.7 0.0 0:01.06 top 1 root 20 0 23480 1100 896 S 0.0 0.0 0:14.41 init 2 root 20 0 0 0 0 S 0.0 0.0 0:00.01 kthreadd 卻發(fā)現(xiàn)9個進程在運行 vasp ， 而且奇怪的是 MEM 利用率為零... 現(xiàn)在真是迷惑。安裝并行版本一定要有 scalapack庫 嗎？ 我的編譯用的庫: BLASLAPACK=-L$(MKLROOT)/lib/intel64 -lmkl_blas95_lp64 -lmkl_lapack95_lp64 -lmkl_cdft_core -lmkl_intel_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_core -lmkl_blacs_intelmpi_lp64 -lpthread -limf -lm -lsvml LIB = -I/usr/local/openmpi/include/mpif.h \ -L../vasp.4.lib -ldmy \ $(BLASLAPACK) \ ../vasp.4.lib/linpack_double.o FFT3D = fftmpi.o fftmpi_map.o fft3dlib.o /export/opt/intel/composerxe/mkl/lib/intel64/libfftw3xf_intel.a MKL庫和Intel編譯器都只在主節(jié)點安裝，放在 /export 文件夾， 共享給其他節(jié)點； 在各節(jié)點都裝了 opnempi 和 hpmpi（裝MS要用）。 MKL庫和fft庫是不是在各節(jié)點都裝，并行會快些？ VASP 裝在我家里，整個 /home 目錄都共享出去了。 現(xiàn)在不知是 vasp 沒編譯好， 還是 并行系統(tǒng)的問題，或者是 其他問題？ |
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2樓2011-09-02 15:46:53
csi505
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【答案】應助回帖
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youzhizhe(金幣-1): 看不懂？！從哪里復制過來的嗎？ 2011-09-04 00:14:00
youzhizhe(金幣+5, 1ST強帖+1): 謝謝交流。授予epi一個。 2011-09-05 07:56:45
youzhizhe(金幣-1): 看不懂？！從哪里復制過來的嗎？ 2011-09-04 00:14:00
youzhizhe(金幣+5, 1ST強帖+1): 謝謝交流。授予epi一個。 2011-09-05 07:56:45
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32核的沒算完，估計要一兩千秒，似乎是核越多越慢... -------------------------------- 對于兩個原子的小體系來說，用32核跑。。。。哎，資源不能這么浪費，我這里一核難求啊，越來越慢的原因是由于，各個核之間存在通訊時間啊，兩原子計算量本來就小，被你這樣分配到那么多核中，每個電子步都要交換信息，所以在通訊上非常耗時啊，你可以查看你OUTCAR最后那幾行。傷不起啊~~32核，兩原子~~~ --------------------------------- 算大體系（一百個原子左右） --------------------------------- 這個估計和計算量比較大有關(guān)，所給的信息太少，不好判斷啦 --------------------------------- 還有一個異常的地方，我在 machines.LINUX 里沒有把主節(jié)點 libin 寫進去， 按理在主節(jié)點不應該有進程運行 vasp ， 但是在主節(jié)點上 top -------------------------------- 我記得好像是由于openmpi的調(diào)度就是這樣的，啟動mpirun的節(jié)點自動包涵在node-list里面，這個可以通過使用PBS排隊系統(tǒng)來解決，或者換mpich -------------------------------- 安裝并行版本一定要有 scalapack庫 嗎？ ------------------------------- 這個一般用不上，除非你各個節(jié)點之間網(wǎng)絡(luò)交換非常慢。 VASP 裝在我家里，整個 /home 目錄都共享出去了。 ------------------------------ 神馬意思？裝你家？ |
4樓2011-09-03 22:46:34
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5樓2011-09-04 20:21:45
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