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csi505新蟲(chóng) (初入文壇)
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[求助]
vasp 在parallel 3dFFT wavefunction 后死掉
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各位大蝦，小弟vasp剛?cè)腴T(mén)， 最近嘗試編譯了VASP，編譯沒(méi)出錯(cuò)， 但是運(yùn)行時(shí)有問(wèn)題。 提交直接： /usr/local/openmpi/bin/mpirun -np 40 -machinefile ~/machines.LINUX /home/chenshi/softwares/vasp/vasp.4.6/vasp machines.LINUX 內(nèi)容如下: node01 slots=8 node02 slots=8 node03 slots=8 node04 slots=8 node05 slots=8 node06 slots=8 node07 slots=8 一，算小體系Si（兩個(gè)原子） 核數(shù) 2 4 8 16 計(jì)算用時(shí)/秒 2.537 4.798 8.934 275.012 32核的沒(méi)算完，估計(jì)要一兩千秒，似乎是核越多越慢... 二，算大體系（一百個(gè)原子左右） 提交32個(gè)核，可以運(yùn)行； 提交40個(gè)核，OUTCAR里進(jìn)行到： parallel 3dFFT wavefunction: minimum data exchange during FFTs selected (reduces bandwidth) 不再繼續(xù)，但vasp也不報(bào)錯(cuò)，死在那里... 有時(shí)連 OUTCAR 都沒(méi)有產(chǎn)生，直接就死在那里， 不知什么原因？ 還有一個(gè)異常的地方，我在 machines.LINUX 里沒(méi)有把主節(jié)點(diǎn) libin 寫(xiě)進(jìn)去， 按理在主節(jié)點(diǎn)不應(yīng)該有進(jìn)程運(yùn)行 vasp ， 但是在主節(jié)點(diǎn)上 top 310 chenshi 20 0 252m 15m 9280 R 100.0 0.0 10055:21 vasp 312 chenshi 20 0 252m 15m 9256 R 100.0 0.0 10055:35 vasp 315 chenshi 20 0 252m 16m 9244 R 100.0 0.0 10055:41 vasp 27401 chenshi 20 0 252m 16m 9276 R 100.0 0.0 10767:00 vasp 27416 chenshi 20 0 252m 16m 9308 R 100.0 0.0 10767:26 vasp 32759 chenshi 20 0 252m 15m 9304 R 100.0 0.0 10056:04 vasp 323 chenshi 20 0 252m 16m 9272 R 99.7 0.0 10055:48 vasp 27400 chenshi 20 0 252m 16m 9284 R 99.7 0.0 10767:47 vasp 27408 chenshi 20 0 252m 15m 9256 R 99.7 0.0 10767:27 vasp 22973 chenshi 20 0 13312 1408 860 R 0.7 0.0 0:01.06 top 1 root 20 0 23480 1100 896 S 0.0 0.0 0:14.41 init 2 root 20 0 0 0 0 S 0.0 0.0 0:00.01 kthreadd 卻發(fā)現(xiàn)9個(gè)進(jìn)程在運(yùn)行 vasp ， 而且奇怪的是 MEM 利用率為零... 現(xiàn)在真是迷惑。安裝并行版本一定要有 scalapack庫(kù) 嗎？ 我的編譯用的庫(kù): BLASLAPACK=-L$(MKLROOT)/lib/intel64 -lmkl_blas95_lp64 -lmkl_lapack95_lp64 -lmkl_cdft_core -lmkl_intel_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_core -lmkl_blacs_intelmpi_lp64 -lpthread -limf -lm -lsvml LIB = -I/usr/local/openmpi/include/mpif.h \ -L../vasp.4.lib -ldmy \ $(BLASLAPACK) \ ../vasp.4.lib/linpack_double.o FFT3D = fftmpi.o fftmpi_map.o fft3dlib.o /export/opt/intel/composerxe/mkl/lib/intel64/libfftw3xf_intel.a MKL庫(kù)和Intel編譯器都只在主節(jié)點(diǎn)安裝，放在 /export 文件夾， 共享給其他節(jié)點(diǎn)； 在各節(jié)點(diǎn)都裝了 opnempi 和 hpmpi（裝MS要用）。 MKL庫(kù)和fft庫(kù)是不是在各節(jié)點(diǎn)都裝，并行會(huì)快些？ VASP 裝在我家里，整個(gè) /home 目錄都共享出去了。 現(xiàn)在不知是 vasp 沒(méi)編譯好， 還是 并行系統(tǒng)的問(wèn)題，或者是 其他問(wèn)題？ |
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后天一
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【答案】應(yīng)助回帖
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youzhizhe(金幣-1): 看不懂？！從哪里復(fù)制過(guò)來(lái)的嗎？ 2011-09-04 00:14:00
youzhizhe(金幣+5, 1ST強(qiáng)帖+1): 謝謝交流。授予epi一個(gè)。 2011-09-05 07:56:45
youzhizhe(金幣-1): 看不懂？！從哪里復(fù)制過(guò)來(lái)的嗎？ 2011-09-04 00:14:00
youzhizhe(金幣+5, 1ST強(qiáng)帖+1): 謝謝交流。授予epi一個(gè)。 2011-09-05 07:56:45
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32核的沒(méi)算完，估計(jì)要一兩千秒，似乎是核越多越慢... -------------------------------- 對(duì)于兩個(gè)原子的小體系來(lái)說(shuō)，用32核跑。。。。哎，資源不能這么浪費(fèi)，我這里一核難求啊，越來(lái)越慢的原因是由于，各個(gè)核之間存在通訊時(shí)間啊，兩原子計(jì)算量本來(lái)就小，被你這樣分配到那么多核中，每個(gè)電子步都要交換信息，所以在通訊上非常耗時(shí)啊，你可以查看你OUTCAR最后那幾行。傷不起啊~~32核，兩原子~~~ --------------------------------- 算大體系（一百個(gè)原子左右） --------------------------------- 這個(gè)估計(jì)和計(jì)算量比較大有關(guān)，所給的信息太少，不好判斷啦 --------------------------------- 還有一個(gè)異常的地方，我在 machines.LINUX 里沒(méi)有把主節(jié)點(diǎn) libin 寫(xiě)進(jìn)去， 按理在主節(jié)點(diǎn)不應(yīng)該有進(jìn)程運(yùn)行 vasp ， 但是在主節(jié)點(diǎn)上 top -------------------------------- 我記得好像是由于openmpi的調(diào)度就是這樣的，啟動(dòng)mpirun的節(jié)點(diǎn)自動(dòng)包涵在node-list里面，這個(gè)可以通過(guò)使用PBS排隊(duì)系統(tǒng)來(lái)解決，或者換mpich -------------------------------- 安裝并行版本一定要有 scalapack庫(kù) 嗎？ ------------------------------- 這個(gè)一般用不上，除非你各個(gè)節(jié)點(diǎn)之間網(wǎng)絡(luò)交換非常慢。 VASP 裝在我家里，整個(gè) /home 目錄都共享出去了。 ------------------------------ 神馬意思？裝你家？ |
4樓2011-09-03 22:46:34
賀儀
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2樓2011-09-02 15:46:53
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3樓2011-09-03 14:21:17
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5樓2011-09-04 20:21:45
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