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小木蟲論壇-學術科研互動平臺 » 生物醫(yī)藥區(qū) » 分子生物 » 綜合其他 » SNP檢測問題
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liweiwei0812銅蟲 (小有名氣)
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[交流]
SNP檢測問題 已有3人參與
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| 用HRM方法檢測SNP位點，目的片段是否有大小限制？ |
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 【分子生物】EPI帖 |
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wanhscn
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dhd997(金幣+10, MolEPI+1): 三樓一起獎勵了 2011-09-13 18:09:17
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dhd997(金幣+10, MolEPI+1): 三樓一起獎勵了 2011-09-13 18:09:17
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先發(fā)個簡單介紹 HRM技術服務之SNP檢測（snp檢測的最佳方案） 單核苷酸多態(tài)性（Single Nucleotide Polymorphisms，SNPs），指單個核苷酸堿基的改變，包括置換、顛換、缺失和插入，導致的核酸序列的多態(tài)性。在不同個體的同一條染色體或同一位點的核苷酸序列中，絕大多數(shù)核苷酸序列一致而只有一個堿基不同的現(xiàn)象，這就是SNP。SNP在人類基因組中數(shù)量較多，發(fā)生頻率較高，因此被認為是繼微衛(wèi)星之后的新一代遺傳學標記。 HRM檢測SNP技術是依據(jù)在一定的溫度范圍內將PCR擴增的產物進行變性，期間實時檢測體系內熒光信號。熒光值隨著溫度變化，可繪制溶解曲線。每一段DNA都有其獨特的序列，因而也就有了獨特的熔解曲線形狀，如同DNA指紋圖譜一樣，具有很高的特異性、穩(wěn)定性和重復性。根據(jù)曲線準確區(qū)分野生型純合子、雜合子和突變性純合子（下圖）。 檢測SNP的方法有很多種。成本較低、通量較大的方法大都局限于已知、特定位點，如Taqman探針法。既要對已知位點分析又要查找未知位點，一般采用PCR+測序的方法，成本高、操作繁復較低。 優(yōu)點（商家宣稱）： 作為新一代的遺傳掃描工具,HRM技術是一種低成本、高通量、快速，且不受位點局限的檢測方法，是SNP篩查的最佳選擇。其具有"簡、效、快、廉"等其他技術難以比擬的優(yōu)勢: 簡：無需序列特異性探針,不受堿基位點局限,同時檢出已知或未知突變、SNP和甲基化位點：閉管操作，避免交叉污染。 效：最低檢測0.1%-0，01%的突變或異常甲基化檢測SNP靈敏度和特異性均為100%，。 快：1次同時不多于384個樣本，在60-90分鐘內完成檢測。 廉：簡化操作步驟、降低人工和試劑成本，費用遠少于測序、Taqman探針等方法。 HRM技術特別適用于樣本量多、檢測位點較少的SNP、突變或甲基化分析，是不同于基因芯片檢測方法（檢測位點多，樣本少）的高通量方法。同時，也是基因芯片篩選后的多個基因在更多標本中驗證的最佳方法。 [ Last edited by wanhscn on 2011-9-13 at 18:03 ] |
2樓2011-09-13 17:52:08
wanhscn
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關于這項技術的不同聲音： 1.HRM技術一個反應只能檢測一個片段中的突變，從SNP檢測數(shù)目上根本不能稱為高通量。Illumina的GoldenGate可以同時檢測上千個SNP，BeadXpress也能同時檢測幾百個SNP，Sequenome的MassArray一個反應可以檢測20個以上的SNP，Luminex的xTAG也能在一個反應中檢測20個甚至更多的SNP。這一點上，HRM沒有任何優(yōu)勢； 2.如果說的是樣品的高通量，那么以上的技術都有基于96孔板和384孔板的平臺，這一點上HRM也沒有優(yōu)勢； 3.HRM的結果判斷依賴于變性-復性曲線的擬合，每一個片段必須反復摸索，費時費力；而且結果的判斷依賴于對照，并不是直接基于核酸序列獲得的結果，結果受儀器的狀態(tài)的影響很大；其精度無法與Sequenome或Luminex、TaqMan等相比。 SNP分析基于不同的目的，應該選用不同的平臺： 1.如果是在一個群體中分析大量SNP（幾百甚至上千），研究群體遺傳結構和進化等，建議選用Ilumina的GoldenGate或BeadXpress； 2.如果檢測幾十個SNP，建議采用Sequonome的MassArray或Luminex的xTAG; 3.如果只檢測少數(shù)幾個SNP，而樣品較多，HRM是一個選擇，但不是唯一的選擇，TaqMan，Luminex甚至直接測序都可以考慮。 [ Last edited by wanhscn on 2011-9-13 at 18:04 ] |
3樓2011-09-13 17:57:15
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