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我只有xtc文件，按照以下幾種方法，都不行
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我只有xtc文件，按照以下幾種方法，都不行 以前介紹過如果使用 GMX 3.x 重新由于種種原因停止的模擬，以下為 GMX 4.x 下重啟模擬的方法。 GMX 4.x 的模擬程序 mdrun 較以往版本有不少不同。在模擬過程中，mdrun 按照 mdp 文件在一定時間間隔保存一個斷點文件（checkpoint file, .cpt文件），該文件保存了該時刻模擬系統(tǒng)的所有物理量信息。如果由于不可預(yù)見原因，模擬中斷，則可以使用該文件重新在該時刻開始進(jìn)行模擬。 重啟模擬的命令如下： ------- mdrun -s topol.tpr -cpi state.cpt -append ------- 以上 state.cpt 文件為最新生產(chǎn)的斷點文件（ mdrun 會保存另外一個斷點文件：state_prev.cpt，為上一個時刻保存的斷點文件，雙保險。）使用 “-append " 的作用是將模擬輸出添加到已有文件中，包括軌跡文件，記錄文件，能量文件等，相同幀的信息將被后生產(chǎn)的信息覆蓋。 當(dāng)然，也可以繼續(xù)像 GMX 3.x 一樣使用 tpbconv 生產(chǎn)新的 tpr 文件繼續(xù)模擬，詳細(xì)請參見舊文或手冊 1 使用tpbconv重啟gromacs模擬 在使用gromacs的mdrun進(jìn)行模擬計算過程中，很多因素可以是模擬計算終止。比如突然斷電，斷網(wǎng)或者磁盤空間滿，或者windows死機(jī)（^_^）等等。重啟gromacs模擬計算是一件十分方便的事情，因為gromacs眾多的程序里面就有一個專門（或者吧）用來修改tpr文件的，就是tpbconv。 gromacs把模擬需要的所以文件都打包成一個tpr二進(jìn)制文件，里面包含了分子坐標(biāo)，各個原子在給定溫度下速度和能量的分布。當(dāng)模擬突然終止時，只要將終止時候系統(tǒng)的狀態(tài)，即各個原子的位置、速度、坐標(biāo)等裝入tpr文件即可。tpbconv的參數(shù)也不少，可以使用"tpbconv -h "查看，但是制作一個重啟tpr文件的參數(shù)和格式一般如下： tpbconv -s topol.tpr -f traj.trr -e ener.edr -o newtopol.tpr 其中topol.tpr為原來的tpr文件，traj.trr為雙精度坐標(biāo)文件（不要用xtc文件，因為精度不夠），ener.edr為系統(tǒng)能量輸出文件，newtopol.tpr是重啟模擬文件。以上的命令得到的是在計算突然終止前一個系統(tǒng)構(gòu)象的信息。也可以在命令中加上一個"-time "參數(shù)來指定從那一個時間重新開始，如一下指定從一納秒處重新開始模擬： tpbconv -s topol.tpr -f traj.trr -e ener.edr -time 1000 -o newtopol.tpr 同時，如果模擬正常結(jié)束，而模擬時間讓人覺得不夠長時，可以使用tpbconv寫一個延長模擬的tpr文件，一般格式如下： tpbconv -s topol.tpr -f traj.trr -e ener.edr -extend 1000 -o newtopol.tpr 其中"-extend 1000"表示延長1000ps的模擬時間。呵呵，非常好用。 這樣斷了又開始，就會產(chǎn)生很多軌跡文件，分析的時候非常不方便，gromacs有其他常用的命令把坐標(biāo)文件，能量文件連接成一個文件，其中比較常用的如trjcat和eneconv，格式分別如下： trjcat -f traj1.trr traj2.trr.... -o traj_all.trr eneconv -f ener1.edr ener2.edr... -o ener_all.edr 即使用"-f "讀入所有軌跡或者能量文件，使用"-o "輸出完整的軌跡和能量文件。 最后說說一個tpbconv的弱點。tpbconv不能更改你原來tpr文件中并行計算的節(jié)點數(shù)，比如你原來的tpr文件是8個節(jié)點的，那么使用tpbconv得到的重啟tpr文件也是8個節(jié)點的。如果想更改使用節(jié)點數(shù)，那只能用grompp重新做一個了。但是使用grompp做重啟模擬文件時，就算你指定了原來的軌跡文件和能量文件，它還是會根據(jù)麥克斯韋分布重新給各個原子指定速度，真氣人。 嗯，如果你覺得這是一個大問題，那就伸長脖子等gromcas新版本出來吧。 2 使用grompp提取上一次模擬最后速度和能量 在上面提到的使用gromacs程序包中tpbconv命令制作新的tpr文件中，最后提到新制作的.tpr文件只能使用跟原來.tpr文件一樣多的CPU數(shù)目。還抱怨說這是tpbconv一個不足的地方。使用grompp可以制作一個新的.tpr文件，從上一步模擬的軌跡文件中提取速度，并從上一步能量文件中提取能量，也可以無縫的鏈接重啟模擬計算。 要做到從上一步的最后的一個系統(tǒng)狀態(tài)開始新的模擬計算。首先要在.mdp文件中把“ gen_vel ”參數(shù)定義為" no "，這樣做是為了告訴grompp不要重新為系統(tǒng)中的原子指定隨機(jī)速度。指定新模擬開始的時間，即修改" tinit "參數(shù)。然后可以使用一下命令制作一個從上一步模擬文件中提取速度和能量的.tpr文件： ---------------------------------- grompp -f [.mdp文件] -c [上一步模擬最后的系統(tǒng)坐標(biāo)文件] -p [拓?fù)湮募⺌ -t [上一步的trr軌跡文件] -e [上一步能量文件] -time [坐標(biāo)文件對應(yīng)的模擬時間] -o [輸出tpr文件] -np [CPU數(shù)目] ---------------------------------- 提取上一步模擬系統(tǒng)的速度時使用trr文件，是因為xtc為單精度，沒有trr文件精確。" -time "參數(shù)告訴grompp在上一步模擬文件中提取該時間的能量和速度，所以該時間要和系統(tǒng)的坐標(biāo)文件相一致。 看起來好像要比tpbconv命令復(fù)雜一點，但是可以改變CPU數(shù)目，還算十分靈活。Gromacs是靈活的人的MD工具。^_^ |
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