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我只有xtc文件，按照以下幾種方法，都不行
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我只有xtc文件，按照以下幾種方法，都不行 以前介紹過如果使用 GMX 3.x 重新由于種種原因停止的模擬，以下為 GMX 4.x 下重啟模擬的方法。 GMX 4.x 的模擬程序 mdrun 較以往版本有不少不同。在模擬過程中，mdrun 按照 mdp 文件在一定時(shí)間間隔保存一個(gè)斷點(diǎn)文件（checkpoint file, .cpt文件），該文件保存了該時(shí)刻模擬系統(tǒng)的所有物理量信息。如果由于不可預(yù)見原因，模擬中斷，則可以使用該文件重新在該時(shí)刻開始進(jìn)行模擬。 重啟模擬的命令如下： ------- mdrun -s topol.tpr -cpi state.cpt -append ------- 以上 state.cpt 文件為最新生產(chǎn)的斷點(diǎn)文件（ mdrun 會(huì)保存另外一個(gè)斷點(diǎn)文件：state_prev.cpt，為上一個(gè)時(shí)刻保存的斷點(diǎn)文件，雙保險(xiǎn)。）使用 “-append " 的作用是將模擬輸出添加到已有文件中，包括軌跡文件，記錄文件，能量文件等，相同幀的信息將被后生產(chǎn)的信息覆蓋。 當(dāng)然，也可以繼續(xù)像 GMX 3.x 一樣使用 tpbconv 生產(chǎn)新的 tpr 文件繼續(xù)模擬，詳細(xì)請(qǐng)參見舊文或手冊(cè) 1 使用tpbconv重啟gromacs模擬 在使用gromacs的mdrun進(jìn)行模擬計(jì)算過程中，很多因素可以是模擬計(jì)算終止。比如突然斷電，斷網(wǎng)或者磁盤空間滿，或者windows死機(jī)（^_^）等等。重啟gromacs模擬計(jì)算是一件十分方便的事情，因?yàn)間romacs眾多的程序里面就有一個(gè)專門（或者吧）用來修改tpr文件的，就是tpbconv。 gromacs把模擬需要的所以文件都打包成一個(gè)tpr二進(jìn)制文件，里面包含了分子坐標(biāo)，各個(gè)原子在給定溫度下速度和能量的分布。當(dāng)模擬突然終止時(shí)，只要將終止時(shí)候系統(tǒng)的狀態(tài)，即各個(gè)原子的位置、速度、坐標(biāo)等裝入tpr文件即可。tpbconv的參數(shù)也不少，可以使用"tpbconv -h "查看，但是制作一個(gè)重啟tpr文件的參數(shù)和格式一般如下： tpbconv -s topol.tpr -f traj.trr -e ener.edr -o newtopol.tpr 其中topol.tpr為原來的tpr文件，traj.trr為雙精度坐標(biāo)文件（不要用xtc文件，因?yàn)榫炔粔颍�，ener.edr為系統(tǒng)能量輸出文件，newtopol.tpr是重啟模擬文件。以上的命令得到的是在計(jì)算突然終止前一個(gè)系統(tǒng)構(gòu)象的信息。也可以在命令中加上一個(gè)"-time "參數(shù)來指定從那一個(gè)時(shí)間重新開始，如一下指定從一納秒處重新開始模擬： tpbconv -s topol.tpr -f traj.trr -e ener.edr -time 1000 -o newtopol.tpr 同時(shí)，如果模擬正常結(jié)束，而模擬時(shí)間讓人覺得不夠長(zhǎng)時(shí)，可以使用tpbconv寫一個(gè)延長(zhǎng)模擬的tpr文件，一般格式如下： tpbconv -s topol.tpr -f traj.trr -e ener.edr -extend 1000 -o newtopol.tpr 其中"-extend 1000"表示延長(zhǎng)1000ps的模擬時(shí)間。呵呵，非常好用。 這樣斷了又開始，就會(huì)產(chǎn)生很多軌跡文件，分析的時(shí)候非常不方便，gromacs有其他常用的命令把坐標(biāo)文件，能量文件連接成一個(gè)文件，其中比較常用的如trjcat和eneconv，格式分別如下： trjcat -f traj1.trr traj2.trr.... -o traj_all.trr eneconv -f ener1.edr ener2.edr... -o ener_all.edr 即使用"-f "讀入所有軌跡或者能量文件，使用"-o "輸出完整的軌跡和能量文件。 最后說說一個(gè)tpbconv的弱點(diǎn)。tpbconv不能更改你原來tpr文件中并行計(jì)算的節(jié)點(diǎn)數(shù)，比如你原來的tpr文件是8個(gè)節(jié)點(diǎn)的，那么使用tpbconv得到的重啟tpr文件也是8個(gè)節(jié)點(diǎn)的。如果想更改使用節(jié)點(diǎn)數(shù)，那只能用grompp重新做一個(gè)了。但是使用grompp做重啟模擬文件時(shí)，就算你指定了原來的軌跡文件和能量文件，它還是會(huì)根據(jù)麥克斯韋分布重新給各個(gè)原子指定速度，真氣人。 嗯，如果你覺得這是一個(gè)大問題，那就伸長(zhǎng)脖子等gromcas新版本出來吧。 2 使用grompp提取上一次模擬最后速度和能量 在上面提到的使用gromacs程序包中tpbconv命令制作新的tpr文件中，最后提到新制作的.tpr文件只能使用跟原來.tpr文件一樣多的CPU數(shù)目。還抱怨說這是tpbconv一個(gè)不足的地方。使用grompp可以制作一個(gè)新的.tpr文件，從上一步模擬的軌跡文件中提取速度，并從上一步能量文件中提取能量，也可以無縫的鏈接重啟模擬計(jì)算。 要做到從上一步的最后的一個(gè)系統(tǒng)狀態(tài)開始新的模擬計(jì)算。首先要在.mdp文件中把“ gen_vel ”參數(shù)定義為" no "，這樣做是為了告訴grompp不要重新為系統(tǒng)中的原子指定隨機(jī)速度。指定新模擬開始的時(shí)間，即修改" tinit "參數(shù)。然后可以使用一下命令制作一個(gè)從上一步模擬文件中提取速度和能量的.tpr文件： ---------------------------------- grompp -f [.mdp文件] -c [上一步模擬最后的系統(tǒng)坐標(biāo)文件] -p [拓?fù)湮募⺌ -t [上一步的trr軌跡文件] -e [上一步能量文件] -time [坐標(biāo)文件對(duì)應(yīng)的模擬時(shí)間] -o [輸出tpr文件] -np [CPU數(shù)目] ---------------------------------- 提取上一步模擬系統(tǒng)的速度時(shí)使用trr文件，是因?yàn)閤tc為單精度，沒有trr文件精確。" -time "參數(shù)告訴grompp在上一步模擬文件中提取該時(shí)間的能量和速度，所以該時(shí)間要和系統(tǒng)的坐標(biāo)文件相一致。 看起來好像要比tpbconv命令復(fù)雜一點(diǎn)，但是可以改變CPU數(shù)目，還算十分靈活。Gromacs是靈活的人的MD工具。^_^ |
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