 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 4319 | 回復(fù): 6 | |||
| 本帖產(chǎn)生 1 個 MolEPI ，點(diǎn)擊這里進(jìn)行查看 | |||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點(diǎn)擊這里查看本話題的所有回帖 | |||
whuthefen新蟲 (初入文壇)
|
[求助]
基于氨基酸的系統(tǒng)發(fā)育樹的構(gòu)建
|
||
| 大家好。我最近構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹，我通過PCR擴(kuò)增到功能基因片段，功能基因片段通過NCBI上面的blastx檢索到最相似的氨基酸序列，然后構(gòu)建氨基酸序列系統(tǒng)發(fā)育樹。我的問題是：首先，這樣做對嗎？其次，同一個DNA序列，我通過BLASTn和BLASTx檢索，發(fā)現(xiàn)BLASTn檢索最相似的DNA序列和Blastx檢索出最相似的氨基酸序列不是同一個片段，這就意味著基于氨基酸的系統(tǒng)發(fā)育樹不能反映基于DNA的系統(tǒng)發(fā)育樹？而什么時候選基于氨基酸的系統(tǒng)發(fā)育樹，什么時候選基于DNA的系統(tǒng)發(fā)育樹呢？我覺得，應(yīng)該是看自己論文的需要，如果論文想反應(yīng)DNA序列的遺傳適應(yīng)性，應(yīng)該選基于DNA的系統(tǒng)發(fā)育樹，如果傾向于功能分析，選擇基于氨基酸的系統(tǒng)發(fā)育樹。但是，這兩個都可以反應(yīng)同源關(guān)系吧,因?yàn)橄到y(tǒng)發(fā)育樹基于相似性構(gòu)建的，相似性大意味著可能是同源的。最后，我還有一個問題，如果要證明兩個序列是同源的，如何證明呢？ |
回復(fù)此樓» 收錄本帖的淘帖專輯推薦
 【分子生物】EPI帖 |
» 猜你喜歡
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)中的趣事：實(shí)驗(yàn)器材的 “烏龍”
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)中的趣事：和實(shí)驗(yàn)材料的 “斗智斗勇”
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
化學(xué)工程及工業(yè)化學(xué)論文潤色/翻譯怎么收費(fèi)?
已經(jīng)有153人回復(fù)
-
蛋白質(zhì)檢測：精準(zhǔn)分析，解鎖生物分子的密碼
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)之小鼠實(shí)驗(yàn)：嚴(yán)謹(jǐn)設(shè)計(jì)，解析生命機(jī)制的重要載體
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)之重金屬檢測：精準(zhǔn)篩查，守護(hù)健康與環(huán)境的防線
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)之“蛙測重金屬我背鍋三千”
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)之“鼠逃三次我發(fā)三篇SCI”
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
納米粒度分析
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
林科院林化所招收材料與化工專業(yè)碩士，坐標(biāo)南京
已經(jīng)有0人回復(fù)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對您同樣有幫助:
- 菜鳥求助——我系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建不出來——構(gòu)建出來的怎么是這樣的
已經(jīng)有15人回復(fù)
- 系統(tǒng)發(fā)育樹如何分析，得出結(jié)論？
已經(jīng)有13人回復(fù)
- 建系統(tǒng)發(fā)育樹時怎么樣才能調(diào)高bootstrap值�。克徒饚�
已經(jīng)有34人回復(fù)
- MEGA 5.0構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹的問題
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 關(guān)于怎樣建立基因文庫，并通過文庫建系統(tǒng)發(fā)育樹
已經(jīng)有9人回復(fù)
- 系統(tǒng)發(fā)育樹的節(jié)點(diǎn)與親緣關(guān)系問題求助
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 真菌種屬鑒定 系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 【求助/交流】序列人工校正與構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 【求助/交流】關(guān)于系統(tǒng)發(fā)育樹，如何鑒定菌種
已經(jīng)有12人回復(fù)
- 【分享】《分子進(jìn)化與系統(tǒng)發(fā)育》【已搜索無重復(fù)】
已經(jīng)有9人回復(fù)
- 請教：系統(tǒng)發(fā)育樹怎么做？
已經(jīng)有14人回復(fù)
whuthefen
新蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 22.2
- 散金: 3
- 帖子: 25
- 在線: 10.3小時
- 蟲號: 1189308
- 注冊: 2011-01-13
- 專業(yè): 環(huán)境微生物學(xué)
5樓2011-10-08 14:56:51
紅多多
木蟲 (正式寫手)
版筑飯牛的日子
- MolEPI: 12
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 2295.5
- 紅花: 7
- 帖子: 340
- 在線: 22.3小時
- 蟲號: 303085
- 注冊: 2006-12-03
- 專業(yè): 生物化學(xué)
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★
dhd997(金幣+5, MolEPI+1): 歡迎以后多交流，鼓勵之 2011-10-08 07:51:59
dhd997(金幣+5, MolEPI+1): 歡迎以后多交流，鼓勵之 2011-10-08 07:51:59
|
其實(shí)你的問題我也同，但是我說說我的看法把。 我覺得通過序列做進(jìn)化樹僅僅是一種很低級的手段，不能說低級，怎么說呢，有一定科學(xué)性，但是不絕對。通過序列差異來判斷兩個基因是否同源是基于肯定兩個基因有著共同起源這種理論采用的方法。這種方法如任何一種方法一樣有著它的局限性，比如來自不同功能的基因，或者說在進(jìn)化史上曾經(jīng)有著功能分化的基因在不斷衍化的過程中又產(chǎn)生了功能的交叉。那么這種情況你就說不清楚了他們的同源關(guān)系了。另外現(xiàn)在很多關(guān)于序列差異小但是功能差別大的報(bào)道。所以嘛，方法只是方法，我一般寫文章都會在討論的時候弱化這個問題，沒辦法，大家都明白的，這個不絕對。 關(guān)于你說的BLASTn和BLASTx檢索出來的結(jié)果不一樣是因?yàn)閮蓚�是在不同數(shù)據(jù)庫里面檢索的緣故。一般來說BLASTn的覆蓋范圍更廣泛。關(guān)于用是用DNA序列還是氨基酸序列做進(jìn)化樹我的看法和你大致一樣，就是有功能的看氨基酸，非編碼序列則用DNA，但是線粒體葉綠體編碼相關(guān)的蛋白貌似很多人用DNA序列做進(jìn)化樹。原因你明白的，密碼子不一樣帶來了很多麻煩…… 至于你最后一個問題，怎么證明兩個序列同源，這個地方我認(rèn)為說證明不太合適，說推測吧。道理你懂的，這個不絕對，所以…… |
2樓2011-10-08 00:32:22
whuthefen
新蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 22.2
- 散金: 3
- 帖子: 25
- 在線: 10.3小時
- 蟲號: 1189308
- 注冊: 2011-01-13
- 專業(yè): 環(huán)境微生物學(xué)
★ ★
wanhscn(金幣+2): 鼓勵交流! 2011-10-08 13:42:02
wanhscn(金幣+2): 鼓勵交流! 2011-10-08 13:42:02
|
我同意樓主說的，系統(tǒng)進(jìn)化樹有一定的科學(xué)性，但是不絕對。其實(shí)進(jìn)化樹可能給你一個線索，你可以根據(jù)這個線索推斷，進(jìn)而在去證明自己的推斷。樓主說，寫文章的時候弱化這個問題，是指在寫文章的時候，只是提到序列可能具有什么功能，和什么已知的片段相似，而不去可以討論差異由多少，進(jìn)而過多推斷功能差別有多大嗎？ 我還想和樓主討論一個問題，因?yàn)槲覄倓偨佑|進(jìn)化樹，有些不太確定的地方。我測出來的DNA序列進(jìn)行氨基酸比對。首先，我把DNA翻譯成氨基酸，為了保證翻譯的正確性，我直接通過BLASTx搜索，搜索結(jié)果反映該序列最有可能正確的翻譯，可能是從正向第1，2，或3個堿基開始翻譯的，也可能從反向1，2，3個堿基翻譯。然后直接根據(jù)這個提示，采用bioedit 和primer軟件把DNA翻譯過來。 樓主是如何翻譯DNA的呢？有沒有什么軟件，能直接把DNA翻譯成6種氨基酸，然后在通過比對找出最有可能的氨基酸。 |
3樓2011-10-08 13:06:31
紅多多
木蟲 (正式寫手)
版筑飯牛的日子
- MolEPI: 12
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 2295.5
- 紅花: 7
- 帖子: 340
- 在線: 22.3小時
- 蟲號: 303085
- 注冊: 2006-12-03
- 專業(yè): 生物化學(xué)
【答案】應(yīng)助回帖
|
寫文章的時候如果是單單做克隆而沒有準(zhǔn)確的功能上的比較的話最好不要提功能差異有多大，你就寫具有多少多少同源性，和誰具有較高的親緣關(guān)系，千萬不要提功能差異等字眼，因?yàn)樾蛄胁町惡凸δ懿町悰]有直接關(guān)系。 翻譯DNA一般來說有一段DNA序列根據(jù)讀碼框不一樣會翻譯出6中結(jié)果，一般來說讀碼框最長的那個就是你要的氨基酸序列。我覺得你在克隆基因的時候應(yīng)該是帶有目的性的克隆把，這樣把你翻譯的結(jié)果和數(shù)據(jù)庫里的數(shù)據(jù)同源比對下，比出來相似性最高的那個蛋白的功能和你想要的目的片段功能是否相同，如果不是，你就在比對第二長的翻譯出來的序列。一般就這么個套路。 我不是樓主，別叫我樓主，樓主是你呀~~~ |
4樓2011-10-08 14:23:34
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 302求調(diào)劑 +6 | 呼呼呼。。。。 2026-03-17 | 6/300 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 能源材料化學(xué)課題組招收碩士研究生8-10名 +3 | 脫穎而出 2026-03-16 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 268求調(diào)劑 +7 | 好運(yùn)連綿不絕 2026-03-12 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 材料專碩326求調(diào)劑 +6 | 墨煜姒莘 2026-03-15 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 312求調(diào)劑 +4 | 陌宸希 2026-03-16 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 211本，11408一志愿中科院277分，曾在中科院自動化所實(shí)習(xí) +6 | Losir 2026-03-12 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 289求調(diào)劑 +6 | 步川酷紫123 2026-03-11 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 0854控制工程 359求調(diào)劑 可跨專業(yè) +3 | 626776879 2026-03-14 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 304求調(diào)劑 +3 | 曼殊2266 2026-03-14 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 中科院材料273求調(diào)劑 +4 | yzydy 2026-03-15 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 285求調(diào)劑 +6 | ytter 2026-03-12 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 一志愿華中師范071000，325求調(diào)劑 +6 | RuitingC 2026-03-12 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 080500，材料學(xué)碩302分求調(diào)劑學(xué)校 +4 | 初識可樂 2026-03-14 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 330求調(diào)劑 +3 | ?醬給調(diào)劑跪了 2026-03-13 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 304求調(diào)劑 +7 | 7712b 2026-03-13 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 四川大學(xué)085601材料工程專碩 初試294求調(diào)劑 +4 | 祝我們好在冬天 2026-03-11 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 【考研調(diào)劑求收留】 +3 | Ceciilia 2026-03-11 | 3/150 |
|
|
|
[碩博家園] 085600 260分求調(diào)劑 +3 | 天空還下雨么 2026-03-13 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 290求調(diào)劑 +3 | ADT 2026-03-13 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 321求調(diào)劑（食品/專碩） +3 | xc321 2026-03-12 | 6/300 |
|